genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.323.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  323  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98868122--98868236	43	2.7	43	89	4	178	34	20	13	31	1.91
98876114--98876268	27	5.7	27	85	0	193	27	21	10	40	1.85
98876126--98876296	54	3.2	54	84	1	200	30	20	9	39	1.84
98876094--98876297	81	2.5	81	73	0	192	31	21	9	38	1.85
98876247--98876503	54	4.7	53	76	10	209	39	19	9	31	1.84
98876254--98876442	81	2.3	80	78	11	233	41	20	8	29	1.82
98876256--98876502	27	9.1	27	78	7	171	40	19	8	31	1.82
98877781--98877828	25	2.0	24	87	4	69	33	27	14	25	1.94
98877867--98877923	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
98877865--98877935	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
98877876--98877930	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
98877982--98878199	25	9.0	24	92	5	311	27	20	23	28	1.99
98877982--98878171	25	7.8	25	97	1	320	26	20	23	28	1.99
98878392--98878455	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
98882041--98882108	6	11.2	6	78	9	75	50	13	19	17	1.78
98882040--98882146	43	2.5	43	89	0	151	47	11	18	22	1.80
98882089--98882168	31	2.6	31	80	4	90	48	12	16	22	1.79
98882339--98882366	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
98882399--98882450	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
98882686--98883068	27	14.2	27	86	1	480	40	8	21	28	1.82
98889346--98889388	22	2.0	21	86	13	61	2	20	2	74	1.04
98890818--98890956	60	2.3	60	81	6	156	28	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98900439--98900595	43	3.7	42	80	10	176	22	18	27	31	1.97
98900478--98900587	42	2.6	42	84	4	132	24	20	25	30	1.99
98900889--98901018	64	2.0	64	100	0	260	20	7	23	49	1.74
98909984--98910035	27	1.9	27	84	7	70	40	9	11	38	1.74
98910089--98910180	27	3.4	27	84	3	114	32	19	27	20	1.97
98911334--98911381	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
98911420--98911476	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
98911418--98911480	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
98911535--98911725	24	8.0	23	89	5	267	28	23	21	26	1.99
98911535--98911703	47	3.6	47	92	3	286	28	23	20	27	1.99
98911535--98911724	71	2.7	70	88	7	267	28	23	21	26	1.99
98911916--98912009	30	3.1	31	93	3	163	38	15	22	23	1.93
98914792--98914869	26	2.9	26	80	3	84	42	21	6	29	1.78
98914880--98914931	27	1.9	27	84	7	70	40	9	11	38	1.74
98914993--98915075	27	3.1	26	86	5	112	30	20	27	21	1.98
98916231--98916277	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
98916316--98916372	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
98916314--98916376	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
98916431--98916597	24	7.0	23	87	6	228	28	22	21	26	1.99
98916431--98916596	47	3.5	47	90	4	253	28	22	21	27	1.99
98916788--98916882	31	3.1	31	93	0	163	38	15	22	23	1.92
98919010--98919194	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98919003--98919194	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
98923198--98923388	40	4.8	40	82	7	221	24	23	28	24	2.00
98923198--98923388	79	2.4	81	84	7	241	24	23	28	24	2.00
98931151--98931340	40	4.8	40	80	7	203	25	22	27	24	2.00
98931151--98931333	79	2.3	81	85	7	234	25	22	27	24	2.00
98932481--98932532	27	2.0	26	92	7	88	50	7	17	25	1.72
98938180--98938364	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
98938173--98938364	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
98956515--98956567	26	2.0	26	100	0	106	54	3	18	22	1.59
98956520--98956580	26	2.3	26	91	2	95	60	4	18	16	1.52
98957884--98958033	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
98957923--98958049	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
98961572--98961701	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
98969256--98969612	179	2.0	181	89	1	556	25	13	28	32	1.94
98971208--98971302	26	3.7	26	88	5	138	41	21	7	30	1.80
98971258--98971421	78	2.1	79	80	3	179	37	21	5	35	1.77
98971297--98971565	53	5.1	53	81	7	273	30	23	5	41	1.77
98971297--98971565	27	10.2	27	85	5	291	30	23	5	41	1.77
98971837--98972037	100	2.0	99	94	1	350	22	25	20	31	1.98
98972139--98972235	6	15.8	6	75	12	90	18	18	13	49	1.79
98972139--98972235	43	2.3	43	90	0	149	18	18	13	49	1.79
98974916--98975072	44	3.5	45	89	2	246	22	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98977408--98977506	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
98984626--98984724	28	3.5	27	81	4	99	30	25	15	29	1.95
98990949--98991124	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
98990945--98991116	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
98994072--98994140	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
98994063--98994150	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
98996532--98996707	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
98996528--98996699	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
99000757--99000974	45	5.0	45	82	3	250	25	21	26	27	1.99
99002698--99002739	20	2.1	20	86	0	57	23	9	21	45	1.81
99002748--99002902	77	2.0	77	100	0	310	38	9	22	29	1.85
99003881--99004094	47	4.6	47	74	10	163	27	19	29	24	1.98
99003879--99004094	95	2.3	91	82	4	254	26	19	29	24	1.98
99005593--99005804	40	5.3	40	81	2	203	24	26	22	26	2.00
99005593--99005804	80	2.7	80	81	2	239	24	26	22	26	2.00
99008205--99008323	55	2.2	55	87	0	166	20	23	33	22	1.97
99011035--99011095	27	2.1	30	82	14	76	75	1	16	6	1.09
99012263--99012314	27	1.9	27	100	0	104	28	15	30	25	1.96
99012264--99012325	27	2.2	27	91	5	97	30	17	29	22	1.97
99024322--99024423	40	2.5	40	85	0	123	29	21	26	22	1.99
99024361--99024489	40	3.2	40	83	6	154	24	21	27	26	1.99
99025206--99025266	27	2.2	29	85	11	83	73	1	18	6	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99026437--99026501	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
99035595--99035635	21	2.0	21	100	0	82	43	14	2	39	1.59
99035884--99035920	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
99037508--99037536	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
99053731--99053856	46	2.7	47	82	14	154	22	19	28	29	1.98
99059011--99059128	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
99058979--99059142	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
99066590--99066707	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
99066558--99066721	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
99075699--99075908	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99083014--99083217	40	5.1	39	82	7	225	24	21	27	26	1.99
99083014--99083231	79	2.8	80	81	10	252	24	21	27	26	1.99
99086231--99086290	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
99086774--99086871	18	5.5	18	86	4	137	36	12	11	39	1.78
99086774--99086871	35	2.7	35	95	3	169	36	12	11	39	1.78
99087252--99087684	83	5.2	83	92	0	686	27	20	20	32	1.97
99087525--99088005	202	2.4	202	95	0	847	28	19	18	32	1.96
99087822--99088287	119	3.9	119	94	0	806	29	19	18	32	1.96
99089285--99089347	15	4.5	13	77	16	56	1	17	0	80	0.78
99089279--99089352	23	3.2	21	77	11	67	1	16	0	82	0.74
99089279--99089352	10	7.2	10	72	15	62	1	16	0	82	0.74
99089279--99089352	6	12.8	6	74	17	68	1	16	0	82	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99089300--99089350	21	2.4	21	87	12	77	0	15	0	84	0.63
99089299--99089351	16	3.3	16	84	7	72	0	15	0	84	0.61
99095642--99095739	18	5.5	18	89	4	146	36	13	11	38	1.80
99095642--99095748	35	3.0	35	94	4	178	37	14	10	38	1.80
99097801--99097928	56	2.3	57	82	4	152	23	30	15	30	1.95
99097801--99097928	29	4.5	29	87	4	154	23	30	15	30	1.95
99104997--99105102	29	3.7	29	83	5	115	21	31	16	30	1.96
99106839--99106987	44	3.5	43	81	9	153	25	18	24	31	1.98
99106839--99106987	42	3.5	43	80	8	151	25	18	24	31	1.98
99106885--99106995	43	2.6	41	77	17	118	25	18	24	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770