genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.632.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  632  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198218615--198218816	55	3.7	54	78	4	167	23	23	17	35	1.95
198218850--198218958	48	2.3	48	98	0	209	17	20	22	39	1.92
198221137--198221169	16	2.1	16	88	5	50	12	33	30	24	1.91
198222024--198222185	49	3.3	49	83	2	193	23	29	19	27	1.98
198222109--198222226	46	2.5	46	84	5	148	23	30	20	25	1.98
198222878--198222928	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
198224888--198224912	13	1.9	13	100	0	50	40	32	4	24	1.73
198225063--198225087	13	1.9	13	100	0	50	12	0	56	32	1.36
198226827--198226927	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
198234786--198234886	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
198245181--198245331	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
198245218--198245347	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
198247750--198247849	40	2.5	40	87	6	141	25	29	23	23	1.99
198247750--198247901	80	1.9	80	82	5	191	25	28	23	23	2.00
198252647--198252679	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
198256233--198256361	38	3.4	38	86	1	177	23	22	29	24	1.99
198260471--198260621	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
198260507--198260637	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
198268485--198268635	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
198268521--198268651	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
198274800--198274828	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
198278998--198279066	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198281432--198281525	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
198289773--198289800	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
198289797--198289875	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
198289798--198289879	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
198289834--198289879	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
198298051--198298112	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
198302227--198302270	22	2.0	22	100	0	88	54	4	22	18	1.61
198310693--198310843	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
198310729--198310859	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
198319307--198319457	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
198319343--198319473	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
198322727--198322752	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
198322760--198322934	40	4.4	40	92	0	287	21	20	29	28	1.98
198322760--198322958	80	2.5	80	86	1	220	23	21	27	27	1.99
198326660--198326826	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
198334668--198334834	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
198336159--198336220	31	2.0	31	96	3	117	11	19	40	29	1.86
198338936--198339119	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
198338976--198339164	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
198347025--198347208	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
198347065--198347253	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
198353249--198353309	30	2.0	30	83	0	77	29	24	4	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198358019--198358342	46	6.8	50	73	16	201	28	19	28	23	1.98
198361247--198361377	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
198369379--198369509	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
198372218--198372304	45	1.9	45	100	0	174	37	17	16	28	1.91
198373151--198373300	41	3.7	41	85	1	221	28	28	23	20	1.99
198380506--198380611	55	1.9	55	98	0	203	39	12	15	33	1.84
198382203--198382355	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
198390223--198390375	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
198393500--198393627	40	3.2	39	81	6	141	27	21	26	24	1.99
198401462--198401588	40	3.2	39	81	7	141	27	21	26	24	1.99
198404791--198404943	45	3.5	42	82	8	148	31	25	18	24	1.98
198404833--198404955	45	2.7	45	88	0	183	33	26	17	22	1.96
198404792--198404955	90	1.9	86	82	7	204	33	25	17	23	1.96
198405993--198406021	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
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198410208--198410272	28	2.2	31	78	10	73	36	21	3	38	1.69
198415432--198415466	12	2.8	12	86	4	52	40	25	2	31	1.70
198422639--198422670	7	4.6	7	100	0	64	56	31	0	12	1.37
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198436330--198436556	77	2.9	79	85	3	298	22	22	29	25	1.99
198440468--198440597	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
198440484--198440635	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
198440484--198440633	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
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198446828--198446912	43	2.0	44	90	2	136	12	23	30	32	1.92
198446885--198446921	17	2.2	17	100	0	74	10	35	32	21	1.88
198446845--198446972	60	2.2	59	88	4	186	13	27	28	30	1.94
198446902--198447015	43	2.7	43	95	0	201	13	24	30	31	1.93
198447175--198447340	58	2.9	58	86	2	219	24	18	27	30	1.98
198447266--198447361	28	3.4	29	71	9	90	21	16	33	28	1.95
198449216--198449466	40	6.3	40	90	0	376	33	29	18	18	1.95
198457070--198457336	40	6.7	40	88	0	354	34	28	18	19	1.95
198472542--198472708	40	4.2	40	84	2	194	25	26	21	26	1.99
198473532--198473577	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
198480510--198480676	40	4.2	40	84	2	194	25	26	21	26	1.99
198481499--198481544	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
198483189--198483364	46	3.8	46	76	12	180	21	19	28	30	1.98
198483186--198483357	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	29	1.98
198484694--198484748	25	2.2	25	96	0	101	58	9	1	30	1.40
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198498654--198498819	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198498653--198498819	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
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198498877--198498933	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
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198498870--198498924	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
198498972--198499019	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
198500257--198500593	27	12.6	27	85	5	391	40	9	22	28	1.85
198500258--198500593	106	3.1	107	83	4	446	39	9	22	28	1.85
198500258--198500593	133	2.5	133	84	4	462	39	9	22	28	1.85
198503421--198503481	29	2.1	30	87	9	90	24	24	14	36	1.93
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198510753--198510936	78	2.3	82	83	9	238	26	27	21	24	1.99
198513253--198513292	16	2.5	16	79	0	53	7	22	17	52	1.69
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198520680--198520770	27	3.4	27	81	6	103	29	21	7	40	1.81
198520775--198520846	27	2.7	26	80	6	81	45	22	5	26	1.74
198520823--198520908	27	3.1	27	77	17	79	40	13	9	36	1.77
198522531--198522756	40	5.7	40	87	4	255	26	26	21	26	2.00
198525205--198525643	47	9.3	47	90	1	655	28	30	9	32	1.89
198525255--198525333	25	3.3	25	69	16	76	32	30	3	32	1.76
198525423--198525545	22	5.3	22	62	18	61	26	30	10	32	1.90
198525205--198525643	190	2.3	187	92	1	700	28	30	9	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198527658--198527731	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
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198535529--198535602	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
198535470--198535602	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
198538501--198538544	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
198540337--198540405	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
198542768--198542811	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
198545233--198545403	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
198545225--198545405	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
198547777--198547864	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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