genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.525.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  525  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163072297--163072479	40	4.6	40	87	0	231	26	20	26	27	1.99
163072293--163072509	40	5.4	40	84	2	229	27	20	25	26	1.99
163076868--163076913	11	4.5	11	78	13	53	32	19	13	34	1.90
163081246--163081456	6	34.8	6	74	16	186	48	13	17	20	1.80
163081251--163081456	103	1.9	103	90	5	322	48	14	16	20	1.81
163081574--163081639	27	2.5	26	82	7	78	36	22	22	18	1.95
163081598--163081655	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
163081812--163081870	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
163081958--163082040	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
163082240--163082425	27	7.0	26	85	3	201	26	19	17	36	1.94
163082240--163082433	54	3.6	53	84	4	246	27	18	17	37	1.93
163082266--163082433	81	2.1	80	87	3	248	26	18	17	36	1.93
163082266--163082433	27	6.3	27	86	2	205	26	18	17	36	1.93
163082238--163082448	107	2.0	107	83	5	266	27	18	17	36	1.94
163082438--163082523	27	3.2	27	86	0	127	41	9	22	26	1.83
163082428--163082554	54	2.4	53	78	6	139	37	9	24	29	1.87
163087427--163087523	27	3.6	27	83	8	110	40	18	10	30	1.84
163087427--163087530	53	2.0	53	81	11	124	38	19	10	31	1.86
163087520--163087837	27	11.8	26	85	3	377	28	21	8	41	1.83
163087520--163087837	81	3.9	81	89	1	433	28	21	8	41	1.83
163087816--163087901	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
163087520--163087837	54	5.9	54	90	0	458	28	21	8	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163087830--163087974	27	5.4	26	84	4	130	42	18	11	27	1.84
163088593--163088661	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
163091704--163091793	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
163091704--163091810	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
163091799--163092117	27	11.8	27	86	0	332	28	21	8	41	1.83
163091745--163092035	81	3.6	81	84	0	206	29	22	9	38	1.85
163091799--163092116	81	3.9	81	89	0	429	28	21	8	41	1.83
163092096--163092181	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
163091799--163092117	54	5.9	54	90	0	449	28	21	8	41	1.83
163092110--163092236	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
163092110--163092208	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
163092135--163092254	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
163092872--163092940	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
163095983--163096072	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
163095983--163096089	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
163096078--163096396	27	11.8	27	86	0	323	28	21	8	41	1.83
163096024--163096233	81	2.6	81	82	1	206	30	23	9	36	1.87
163096078--163096395	81	3.9	81	88	0	422	28	21	8	41	1.83
163096375--163096460	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
163096078--163096396	54	5.9	54	90	0	440	28	21	8	41	1.83
163096389--163096515	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
163096389--163096487	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163096414--163096533	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
163097152--163097220	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
163100238--163100327	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
163100238--163100344	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
163100333--163100642	79	3.9	80	83	7	341	28	22	9	40	1.84
163100363--163100670	106	2.9	106	84	4	381	30	20	8	40	1.83
163100333--163100642	27	11.8	27	82	6	336	28	22	9	40	1.84
163100635--163100735	27	3.7	27	86	5	116	44	20	6	27	1.77
163100364--163100679	158	2.0	158	82	2	373	31	20	8	39	1.83
163100635--163100761	54	2.4	53	80	9	132	43	19	9	27	1.82
163100660--163100778	27	4.4	27	83	5	116	41	18	12	27	1.87
163101392--163101449	27	2.1	28	96	3	109	44	25	12	17	1.83
163109561--163109624	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
163109816--163109958	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
163109816--163109957	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
163109815--163109958	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
163110007--163110060	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
163110007--163110065	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
163110108--163110155	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
163116598--163116661	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
163116853--163116995	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
163116853--163116994	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
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163116852--163116995	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
163117041--163117104	20	3.2	20	91	4	103	32	23	9	34	1.87
163117147--163117194	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
163121342--163121490	43	3.5	43	79	10	153	34	26	15	22	1.94
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163125796--163125946	23	6.4	24	93	4	254	27	21	21	29	1.99
163125803--163125945	47	3.1	47	92	4	245	27	20	22	28	1.99
163125796--163125946	71	2.1	70	95	2	266	27	21	21	29	1.99
163125994--163126060	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
163125994--163126049	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
163126080--163126127	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
163133589--163133652	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
163133859--163133985	23	5.4	24	92	5	215	27	22	21	29	1.99
163133866--163133985	47	2.6	47	97	1	224	28	20	21	29	1.98
163134033--163134099	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
163134033--163134088	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
163134119--163134166	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
163138751--163138798	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
163138842--163138900	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
163138951--163139045	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
163138952--163139045	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
163139259--163139373	31	3.5	31	79	16	133	40	14	20	23	1.90
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163139289--163139396	38	2.8	38	92	1	180	39	15	22	22	1.91
163139236--163139373	69	2.0	67	95	2	249	39	15	21	23	1.92
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163147293--163147387	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
163149741--163149858	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
163149709--163149872	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
163157280--163157397	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
163157248--163157411	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
163159087--163159111	12	2.1	12	100	0	50	40	8	36	16	1.77
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163159257--163159423	79	2.1	80	82	3	194	21	23	31	23	1.99
163162751--163162967	40	5.5	40	87	3	289	22	23	29	25	1.99
163165188--163165219	12	2.6	13	85	14	50	46	0	0	53	1.00
163167199--163167268	33	2.1	33	89	5	106	12	32	25	28	1.93
163168834--163168915	27	3.1	27	82	8	105	29	14	23	32	1.94
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163168948--163169291	27	12.7	27	78	6	198	41	19	8	30	1.81
163168932--163169293	81	4.5	81	74	5	257	40	19	9	30	1.83
163168906--163169266	54	6.7	53	72	9	216	40	19	8	30	1.82
163169531--163169653	41	3.0	41	93	0	201	20	21	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163169795--163169859	22	3.0	22	80	13	80	20	23	23	33	1.97
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163176090--163176128	18	2.2	18	95	0	69	33	28	12	25	1.93
163182590--163182756	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
163182606--163182756	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
163190587--163190753	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
163190603--163190753	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
163195711--163195735	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
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163207133--163207342	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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