genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.555.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  555  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172764946--172765284	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
172768360--172768538	40	4.4	40	84	2	207	26	23	26	22	2.00
172771691--172772123	143	3.0	143	97	0	812	20	19	24	35	1.96
172771691--172772117	24	17.9	24	97	0	777	20	19	24	34	1.96
172779891--172780318	24	17.9	24	97	0	777	20	19	25	35	1.96
172784174--172784227	24	2.2	24	83	3	63	18	25	12	42	1.86
172785294--172785373	40	2.0	40	80	11	92	17	37	22	22	1.94
172786681--172786878	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
172786747--172786864	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
172786715--172786878	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
172794247--172794444	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
172794313--172794430	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
172794281--172794444	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
172796679--172796891	49	4.4	49	81	9	199	24	30	19	25	1.98
172796679--172796891	50	4.4	48	80	9	204	24	30	19	25	1.98
172796679--172796854	96	1.8	96	86	6	255	24	30	19	25	1.98
172796667--172796944	48	5.9	48	73	10	198	24	29	18	27	1.98
172796903--172797086	46	4.0	47	71	14	132	26	27	17	28	1.97
172799065--172799092	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
172805252--172805341	38	2.4	38	96	0	171	25	12	27	34	1.92
172805938--172806123	40	4.7	40	85	5	225	24	20	26	27	1.99
172814959--172815201	40	6.1	40	92	2	393	23	20	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172821695--172821719	12	2.1	12	100	0	50	20	0	16	64	1.30
172823134--172823378	40	6.2	40	94	2	415	22	22	26	28	1.99
172823134--172823378	79	3.1	80	95	1	440	22	22	26	28	1.99
172823134--172823378	119	2.1	119	93	1	420	22	22	26	28	1.99
172827295--172827397	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
172835078--172835180	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
172845480--172845535	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
172845469--172845535	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
172845585--172845713	24	5.3	24	93	0	213	29	20	21	27	1.98
172847498--172847869	27	13.8	27	91	1	548	29	22	8	39	1.83
172847523--172847922	54	7.4	54	91	1	201	30	23	8	38	1.84
172847887--172848149	27	9.8	27	78	6	196	39	21	10	28	1.86
172848083--172848299	27	8.0	27	85	0	272	35	19	20	24	1.96
172848502--172848571	25	2.8	24	89	4	95	27	25	22	24	2.00
172848512--172848584	25	3.0	25	88	6	96	26	24	23	26	2.00
172848868--172849374	27	18.8	27	93	0	798	29	22	8	40	1.83
172849392--172849585	27	7.2	27	82	0	199	40	20	8	30	1.82
172849444--172849627	81	2.3	80	83	4	210	37	20	11	29	1.89
172849588--172849831	27	9.0	27	85	0	290	36	18	19	25	1.94
172850034--172850128	25	3.8	25	92	2	147	26	26	23	24	2.00
172850034--172850141	25	4.4	24	89	5	128	28	24	23	24	1.99
172850425--172850821	27	14.7	27	92	0	571	29	23	8	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172850801--172850991	27	7.1	27	83	2	177	40	20	7	30	1.81
172850814--172850991	81	2.2	81	84	4	225	41	20	7	30	1.80
172850814--172851007	54	3.6	53	82	2	217	40	19	8	31	1.81
172850869--172851022	27	5.8	26	76	12	118	38	20	9	31	1.85
172850814--172851049	81	2.9	80	78	6	210	39	20	10	29	1.86
172851010--172851069	27	2.2	27	96	0	111	36	21	20	21	1.95
172851066--172851138	27	2.8	26	79	10	85	39	20	9	30	1.84
172850922--172851212	143	2.0	143	85	5	392	38	20	14	27	1.91
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172851126--172851369	27	9.0	27	89	0	344	35	19	20	23	1.96
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172851582--172851680	25	4.0	25	81	6	103	25	23	24	27	2.00
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172897268--172897434	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
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172905275--172905441	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
172905275--172905441	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
172906265--172906310	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
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172927215--172927386	93	1.8	93	94	0	308	29	30	20	20	1.97
172927208--172927383	46	3.8	46	78	12	207	30	30	19	19	1.97
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172933831--172933870	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
172941146--172941311	40	4.2	40	78	8	160	25	22	27	24	2.00
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172949124--172949288	40	4.2	40	78	9	162	26	22	27	24	2.00
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172969726--172969931	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
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172977777--172977982	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
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173032786--173032860	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173032844--173032917	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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