genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.767.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  767  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243527927--243528017	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
243527917--243528031	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
243529077--243529110	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
243536712--243536883	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
243536705--243536880	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
243544133--243544341	46	4.8	45	74	19	194	29	29	20	20	1.98
243546982--243547006	10	2.5	10	100	0	50	8	16	0	76	1.02
243547308--243547757	44	10.4	44	91	3	707	22	32	18	26	1.97
243547277--243547757	172	2.8	172	88	4	682	22	32	17	27	1.96
243547719--243547940	86	2.6	87	83	7	297	28	24	17	29	1.97
243551878--243551925	19	2.5	19	93	0	87	41	16	20	20	1.90
243551888--243551941	24	2.2	24	83	6	65	38	16	24	20	1.92
243559532--243559646	27	4.1	29	77	11	100	36	20	23	19	1.95
243559532--243559646	55	2.1	56	84	11	148	36	20	23	19	1.95
243559557--243559646	27	3.2	28	78	13	105	34	22	23	20	1.97
243559752--243559838	27	3.2	27	88	6	131	32	8	26	33	1.85
243559754--243559842	28	3.2	28	90	4	137	31	7	26	33	1.85
243566336--243566424	27	3.2	26	87	7	115	32	23	23	20	1.98
243566531--243566616	28	3.1	28	94	3	147	30	8	27	33	1.86
243569311--243569477	40	4.2	40	84	6	205	0	48	26	24	1.51
243577149--243577371	40	5.6	40	74	9	154	0	48	28	22	1.51
243577147--243577376	80	2.9	75	78	12	212	0	47	29	23	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243580516--243580645	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
243593941--243594196	40	6.5	40	90	4	360	22	23	28	25	1.99
243593941--243594196	79	3.2	80	88	4	360	22	23	28	25	1.99
243607952--243608059	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
243607911--243608059	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
243612518--243612615	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
243620135--243620232	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
243633104--243633151	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
243633195--243633258	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
243633199--243633253	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
243633303--243633482	23	8.0	23	87	10	234	28	21	23	27	1.99
243633672--243633735	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
243636458--243636496	19	2.1	19	100	0	78	35	10	33	20	1.86
243639880--243639927	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
243639977--243640050	20	3.8	20	92	1	114	32	13	22	31	1.93
243639991--243640045	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
243640097--243640263	23	7.1	23	95	2	271	28	22	21	28	1.99
243640096--243640285	24	8.0	23	91	4	274	28	22	22	27	1.99
243640097--243640284	47	4.0	46	90	6	279	27	22	22	27	1.99
243640473--243640536	30	2.1	32	94	5	114	39	14	21	25	1.91
243644137--243644305	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
243660443--243660608	40	4.2	40	79	7	160	24	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243660459--243660567	39	2.8	40	84	10	145	22	28	26	22	1.99
243665035--243665185	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
243665072--243665201	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
243677066--243677171	34	2.9	36	83	13	128	22	21	28	27	1.99
243677067--243677210	40	3.9	36	85	8	168	23	22	27	26	1.99
243677067--243677224	39	4.2	40	85	8	199	24	22	27	25	2.00
243677067--243677224	74	2.1	73	84	9	201	24	22	27	25	2.00
243685149--243685249	44	2.2	45	85	3	132	30	22	12	33	1.92
243692383--243692490	44	2.4	45	85	3	137	28	23	14	33	1.94
243695038--243695138	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
243695061--243695142	31	2.6	31	98	0	155	24	20	13	41	1.88
243695330--243695472	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
243695330--243695471	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
243695329--243695472	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
243695523--243695582	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
243695523--243695577	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
243695625--243695672	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
243696911--243697256	27	12.8	27	87	3	401	40	8	22	28	1.82
243697192--243697431	27	9.0	26	83	7	178	32	8	21	37	1.84
243697251--243697436	81	2.3	81	82	5	216	30	8	20	39	1.83
243697306--243697436	27	4.9	27	92	0	201	31	7	19	41	1.80
243700242--243700304	31	2.1	31	93	3	110	23	22	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243700494--243700636	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
243700494--243700635	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
243700493--243700636	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
243700687--243700745	19	3.0	20	90	5	102	33	20	11	33	1.89
243702061--243702399	26	12.9	27	80	12	314	41	8	21	28	1.83
243702137--243702399	27	9.8	28	80	13	149	39	9	22	28	1.85
243702062--243702399	53	6.4	54	79	13	330	40	8	21	28	1.83
243702389--243702565	27	7.0	25	78	12	114	30	9	20	39	1.84
243702448--243702554	24	4.4	25	80	9	78	31	8	19	40	1.82
243702461--243702556	24	4.0	24	81	9	97	32	8	18	40	1.81
243702394--243702570	25	7.0	26	77	10	143	31	9	20	39	1.83
243706221--243706362	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
243706260--243706388	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
243712239--243712301	31	2.1	29	94	5	108	30	25	17	26	1.97
243716482--243716645	39	4.2	38	78	15	131	26	23	26	23	2.00
243716520--243716645	39	3.2	38	81	15	157	24	23	27	23	2.00
243723294--243723318	12	2.1	12	100	0	50	32	8	32	28	1.86
243725884--243725932	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
243726754--243726920	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
243733877--243733925	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
243737377--243737598	40	5.6	40	87	5	274	23	23	27	25	2.00
243737377--243737598	79	2.8	80	83	4	281	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243737416--243737631	118	1.8	118	85	4	301	24	24	27	24	2.00
243749754--243749889	36	3.8	36	82	3	166	23	16	13	47	1.81
243754068--243754154	24	3.6	24	96	0	156	26	20	35	17	1.95
243753995--243754154	48	3.3	48	82	6	173	27	18	31	23	1.97
243757414--243757595	77	2.3	80	83	11	232	24	21	27	25	2.00
243757413--243757595	40	4.7	40	86	8	243	24	21	27	26	2.00
243766488--243766568	31	2.6	31	94	0	144	23	23	17	35	1.95
243766760--243766902	24	6.0	24	86	4	173	27	23	20	29	1.99
243766760--243766901	47	3.0	48	87	5	180	27	23	20	28	1.99
243766952--243767012	20	3.0	20	90	0	95	32	19	13	34	1.90
243767055--243767102	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
243772164--243772346	46	4.0	46	93	0	285	25	31	8	34	1.86
243772320--243772697	47	8.1	47	93	1	580	26	29	10	33	1.90
243772483--243772557	23	3.2	23	63	29	59	28	29	10	32	1.90
243772360--243772718	140	2.6	137	88	4	400	28	27	10	33	1.90
243778604--243778715	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
243778604--243778715	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
243779770--243779803	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
243793774--243793927	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
243797556--243797732	40	4.5	40	92	4	272	24	28	23	23	2.00
243797556--243797732	79	2.2	80	90	5	272	24	28	23	23	2.00
243808113--243808295	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243808152--243808340	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
243823539--243823609	36	2.0	36	94	5	128	43	5	22	28	1.76
243828299--243828444	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
243828331--243828482	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
243836953--243837170	40	5.6	40	77	8	207	26	25	22	25	2.00
243836992--243837170	80	2.2	80	84	4	229	26	24	22	26	2.00
243840521--243840683	39	4.2	39	91	0	245	23	20	31	24	1.98
243847023--243847068	20	2.2	21	88	3	67	67	23	2	6	1.25
243847023--243847075	21	2.6	19	80	14	61	67	22	3	5	1.28
243853339--243853376	20	1.9	20	88	0	58	68	23	2	5	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770