genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.357.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  357  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109674217--109674392	46	3.8	46	76	11	162	21	19	27	30	1.98
109674214--109674385	93	1.8	93	87	2	256	22	20	27	29	1.98
109677275--109677308	2	17.0	2	93	0	59	50	47	0	2	1.16
109678127--109678229	43	2.4	43	73	13	99	33	20	18	28	1.96
109678789--109678819	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
109682939--109682972	6	5.7	6	92	0	50	79	0	2	17	0.86
109689761--109689882	47	2.6	47	86	0	172	37	14	22	25	1.92
109689861--109690007	54	2.7	56	86	3	201	35	19	23	21	1.96
109689869--109690007	55	2.6	54	86	3	181	34	20	23	21	1.97
109694055--109694235	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
109694057--109694227	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
109697185--109697253	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
109697176--109697263	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
109699622--109699802	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
109699624--109699794	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
109701311--109701363	26	2.0	26	85	7	72	20	15	24	39	1.91
109702456--109702495	21	1.9	21	85	10	55	65	0	27	7	1.20
109702612--109702706	12	7.9	12	65	9	50	21	37	6	34	1.79
109702615--109702712	24	4.0	24	93	1	160	20	38	5	35	1.75
109710456--109710523	24	2.8	24	88	0	109	20	36	4	38	1.73
109712152--109712187	16	2.1	18	90	10	58	38	5	11	44	1.63
109720400--109720503	29	3.6	28	85	2	127	26	15	29	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109724737--109724836	29	3.5	29	87	1	139	28	14	28	30	1.95
109724750--109724860	58	1.9	57	87	1	159	27	15	29	27	1.96
109726031--109726101	37	1.9	37	100	0	142	35	14	14	36	1.86
109727549--109727598	23	2.2	23	85	0	64	24	30	24	22	1.99
109731134--109731634	47	10.7	47	95	0	867	32	7	30	28	1.85
109733061--109733522	40	11.8	40	87	5	649	25	21	27	26	2.00
109733234--109733295	30	2.1	30	96	0	115	27	20	27	24	1.99
109733194--109733415	70	3.0	70	84	12	309	26	20	26	26	1.99
109733076--109733455	190	2.0	190	97	0	724	25	21	26	26	1.99
109735527--109735713	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
109735550--109735713	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
109735550--109735747	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
109743090--109743253	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
109743090--109743287	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
109747107--109747582	47	10.2	47	94	0	812	32	8	30	28	1.87
109758533--109758714	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
109758533--109758714	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
109766890--109767041	42	3.6	41	81	6	153	27	14	25	32	1.94
109768712--109768760	24	2.0	24	100	0	98	32	16	20	30	1.94
109772173--109772199	14	1.9	14	100	0	54	14	14	0	70	1.17
109773667--109773767	22	4.3	23	71	12	73	23	24	17	33	1.96
109778181--109778310	57	2.3	58	97	1	244	29	14	29	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109778181--109778310	29	4.5	29	96	1	244	29	14	29	26	1.95
109786009--109786139	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
109786009--109786197	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
109791554--109791588	16	2.2	16	90	10	54	20	17	8	54	1.68
109794574--109794758	27	6.9	27	79	4	153	38	18	16	25	1.92
109794574--109794754	54	3.4	54	78	5	170	38	19	17	24	1.92
109794616--109794758	27	5.3	27	87	0	196	38	18	16	26	1.92
109798369--109798440	34	2.1	34	92	0	117	26	25	19	29	1.99
109802027--109802130	27	3.9	27	79	0	100	38	16	16	28	1.90
109803729--109803895	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	25	2.00
109810894--109811023	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
109810910--109811060	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
109810894--109811060	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
109812820--109812953	61	2.2	61	95	0	250	22	7	41	28	1.80
109812976--109813012	18	2.1	18	89	0	56	24	21	13	40	1.89
109817540--109817602	28	2.2	28	85	0	81	34	26	4	33	1.78
109817892--109817925	16	2.2	15	89	5	50	47	0	8	44	1.34
109817984--109818041	30	2.0	30	82	3	73	44	10	8	36	1.69
109818476--109818525	25	2.0	25	100	0	100	28	20	16	36	1.93
109831616--109831647	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
109836379--109836447	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
109836390--109836452	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109839329--109839500	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
109839321--109839496	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
109841868--109841936	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
109841879--109841941	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
109844844--109845014	93	1.8	93	93	2	299	28	29	21	21	1.98
109844840--109845010	46	3.7	45	80	10	202	28	29	21	21	1.98
109844841--109845030	46	4.1	46	72	20	137	28	29	20	21	1.98
109853334--109853362	15	2.0	15	93	6	51	55	0	6	37	1.27
109865440--109865475	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
109868205--109868278	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
109868146--109868278	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
109876023--109876154	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
109878182--109882827	540	8.6	540	94	1	7979	36	18	11	33	1.86
109884205--109884334	40	3.2	40	81	4	165	24	28	23	23	2.00
109884205--109884368	40	4.1	40	78	6	147	22	28	24	25	2.00
109892965--109893094	40	3.2	40	79	8	158	23	23	28	24	2.00
109894472--109902776	540	15.4	540	93	1	13705	33	11	18	36	1.86
109903363--109903395	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
109904460--109904524	28	2.3	28	86	5	87	35	26	7	30	1.84
109904630--109904719	28	3.2	28	85	4	119	17	25	24	32	1.97
109905667--109908105	542	4.5	541	94	1	4297	32	11	18	37	1.86
109909088--109909215	27	4.7	27	76	9	100	37	19	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109909097--109909215	54	2.2	54	80	5	134	38	20	10	31	1.85
109909192--109909483	27	10.9	27	84	5	315	28	21	7	42	1.81
109909300--109909681	27	14.1	27	79	9	107	35	19	8	36	1.83
109909461--109909600	54	2.6	54	84	4	183	39	22	7	30	1.83
109909249--109909519	134	2.0	134	81	4	314	30	21	8	40	1.82
109909461--109909628	54	3.1	54	79	8	155	39	22	8	29	1.83
109909476--109909630	81	1.9	81	85	7	217	40	21	9	29	1.84
109909639--109909690	27	1.9	27	84	7	70	40	9	11	38	1.74
109909744--109909834	27	3.4	27	81	6	105	32	18	26	21	1.97
109911077--109911137	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
109911187--109911329	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
109911187--109911329	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
109911187--109911330	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
109911521--109911615	31	3.1	31	95	0	172	40	15	22	22	1.91
109914340--109914467	27	4.7	27	76	9	100	37	19	10	32	1.85
109914349--109914467	54	2.2	54	80	5	134	38	20	10	31	1.85
109914444--109914735	27	10.9	27	84	5	331	28	21	8	42	1.81
109914605--109914933	27	12.1	27	76	9	114	36	19	8	35	1.83
109914713--109914852	54	2.6	54	85	4	192	38	22	8	30	1.84
109914713--109914965	81	3.1	80	71	13	201	38	20	9	32	1.84
109914713--109914880	54	3.1	52	80	8	151	38	22	8	29	1.85
109915004--109915086	27	3.1	26	86	5	112	31	19	26	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109916323--109916383	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
109916433--109916574	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
109916433--109916574	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
109916766--109916860	31	3.1	31	95	0	172	40	15	22	22	1.91
109919538--109919653	27	4.3	26	77	14	85	37	19	9	32	1.84
109919554--109919651	27	3.7	27	79	8	103	39	19	10	30	1.85
109919556--109919659	53	2.0	53	81	7	122	38	20	9	31	1.85
109919648--109919935	53	5.4	53	79	7	307	28	21	8	41	1.82
109919648--109919935	27	10.9	27	81	8	304	28	21	8	41	1.82
109919859--109920133	27	10.1	27	77	8	110	37	19	9	33	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770