genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  236  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70735948--70736131	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
70739556--70739910	49	7.3	49	97	1	635	29	29	8	32	1.87
70752100--70752177	39	2.0	39	94	0	138	32	24	11	32	1.91
70755021--70755047	11	2.5	11	100	0	54	55	14	0	29	1.40
70758276--70758766	27	18.2	27	85	5	616	26	21	10	41	1.85
70758771--70758965	27	7.2	27	83	2	239	35	17	20	26	1.95
70758771--70758966	54	3.6	54	85	2	268	35	18	19	26	1.95
70759165--70759247	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
70759335--70759393	22	2.7	22	83	0	73	20	23	22	33	1.97
70759558--70759624	27	2.5	27	85	4	82	20	25	17	35	1.95
70759778--70760025	6	41.0	6	76	16	228	20	16	13	48	1.80
70759748--70760025	85	3.2	85	92	4	432	20	17	13	48	1.80
70759748--70760025	91	3.1	91	90	7	453	20	17	13	48	1.80
70763810--70763927	43	2.8	42	74	7	105	26	19	27	27	1.99
70766828--70766902	36	2.1	36	87	0	105	56	1	14	28	1.47
70769844--70769984	40	3.5	40	92	0	228	21	18	29	30	1.97
70777175--70777244	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
70777175--70777256	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
70783220--70783244	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
70785162--70785225	31	2.1	31	87	0	92	25	21	14	39	1.91
70785434--70785541	25	4.4	25	92	3	166	33	21	18	26	1.96
70785589--70785635	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70793508--70793589	24	3.4	24	83	5	103	30	21	18	29	1.97
70793637--70793683	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
70800152--70800401	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
70810662--70810839	40	4.5	40	82	4	200	24	26	23	25	2.00
70818145--70818337	40	4.8	39	76	9	140	22	26	24	26	2.00
70818145--70818337	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
70818187--70818338	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
70821741--70821918	40	4.4	40	87	0	221	26	22	26	24	2.00
70821767--70821944	80	2.2	80	80	0	185	27	22	26	23	1.99
70825950--70826031	38	2.2	37	78	10	87	42	2	1	53	1.21
70825975--70826032	17	3.5	17	76	9	57	44	1	1	51	1.21
70825968--70826032	6	11.5	6	71	17	50	44	1	1	52	1.19
70826880--70826931	26	2.0	26	100	0	104	26	15	19	38	1.91
70828902--70829144	24	10.1	24	97	0	432	36	25	17	20	1.94
70836914--70837132	24	9.1	24	96	0	384	36	25	17	20	1.94
70842587--70842734	40	3.7	40	90	1	199	24	28	22	24	2.00
70851471--70851535	20	3.2	20	69	4	58	35	12	32	20	1.89
70851455--70851595	41	3.5	41	81	1	158	34	12	29	22	1.92
70851455--70851518	21	3.1	21	68	4	58	29	12	31	26	1.93
70853953--70854000	23	2.1	23	92	0	78	31	16	16	35	1.92
70859536--70859754	40	5.5	39	82	5	208	24	25	22	26	2.00
70859574--70859756	80	2.3	80	83	0	231	24	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70865193--70865417	40	5.6	40	84	2	281	23	27	24	25	2.00
70865157--70865417	80	3.3	80	82	3	294	24	26	23	26	2.00
70867664--70867714	22	2.3	22	89	0	75	25	25	29	19	1.99
70869559--70869747	50	3.8	50	86	3	256	21	30	20	26	1.98
70872391--70872428	14	2.6	14	91	4	58	60	15	13	10	1.59
70873674--70873707	16	2.1	16	100	0	68	32	23	11	32	1.91
70875950--70876232	100	2.8	99	84	4	338	24	28	19	27	1.99
70875994--70876238	50	4.9	50	85	3	314	22	28	19	29	1.98
70879947--70880174	41	5.6	40	77	8	165	32	15	28	23	1.95
70879995--70880169	82	2.1	83	84	7	232	34	15	25	24	1.94
70879939--70880174	123	1.9	121	80	5	269	32	16	27	23	1.96
70880192--70880302	58	1.9	58	96	0	204	45	9	10	35	1.71
70882946--70883037	27	3.4	27	84	0	112	28	22	7	41	1.81
70883029--70883170	27	5.3	27	69	12	96	35	22	11	29	1.90
70883069--70883180	27	4.2	28	75	8	108	40	21	8	29	1.84
70883003--70883180	80	2.2	81	78	6	193	37	21	10	30	1.87
70883121--70883250	27	4.7	27	77	11	113	42	18	7	31	1.78
70883308--70883367	26	2.3	26	79	2	66	36	20	23	20	1.95
70883326--70883377	26	2.0	26	84	3	68	32	21	21	25	1.98
70884120--70884150	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
70884445--70884527	31	2.7	30	89	7	123	31	15	25	27	1.96
70886575--70886635	30	2.0	30	84	6	79	42	3	24	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70891744--70892321	289	2.0	289	97	0	1102	38	15	14	31	1.87
70898901--70898946	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
70898908--70898952	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
70903238--70903369	61	2.2	59	85	6	169	53	6	3	37	1.41
70904346--70904463	41	2.9	41	96	0	209	32	29	23	14	1.94
70904453--70904701	44	5.7	43	77	8	175	28	21	20	29	1.98
70904584--70904745	87	1.9	86	87	3	236	30	22	19	27	1.98
70904500--70904735	129	1.8	129	80	5	289	30	21	20	27	1.98
70904544--70904745	44	4.7	44	72	7	155	31	22	20	25	1.98
70905042--70905086	21	2.1	21	100	0	90	0	57	17	24	1.40
70905642--70905679	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
70911227--70911266	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
70913210--70913461	133	1.9	133	98	0	486	51	18	9	19	1.73
70916833--70916861	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
70917153--70917228	39	2.0	38	85	7	102	40	23	5	30	1.77
70917408--70917791	41	9.4	41	89	2	517	19	22	23	34	1.96
70920810--70920857	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70920901--70920959	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
70920905--70920959	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
70921010--70921128	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
70921010--70921128	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
70921320--70921383	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70928560--70928585	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
70928763--70928859	39	2.5	38	78	5	97	31	29	18	19	1.96
70928798--70928952	78	2.0	78	83	5	197	27	30	21	21	1.98
70928844--70928955	39	2.9	39	95	0	197	25	31	22	20	1.98
70929509--70929553	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
70931575--70931627	26	2.0	26	100	0	106	37	13	22	26	1.91
70934020--70934057	20	1.9	20	88	0	58	39	2	13	44	1.57
70936441--70936503	31	2.0	31	100	0	126	42	0	15	41	1.47
70937613--70937645	12	2.8	12	95	0	57	9	39	0	51	1.34
70940799--70940867	35	2.0	35	97	0	129	52	18	13	15	1.75
70943057--70943130	36	2.1	36	97	0	139	31	12	14	41	1.83
70945250--70945306	21	2.5	22	81	16	55	28	3	3	64	1.26
70945209--70945314	49	2.1	54	84	8	141	28	4	5	61	1.39
70945220--70945332	49	2.2	51	81	6	131	25	7	4	62	1.39
70945250--70945343	22	4.0	22	70	12	71	25	5	5	63	1.37
70946978--70947031	17	2.9	19	89	10	94	38	11	14	35	1.82
70946993--70947040	19	2.5	19	75	25	55	41	8	16	33	1.78
70946978--70947054	17	3.8	22	83	13	71	37	9	15	37	1.79
70951954--70952006	6	7.7	7	84	16	67	86	0	11	1	0.64
70951951--70951984	1	34.0	1	87	0	50	94	0	5	0	0.32
70951952--70951992	9	4.6	9	90	0	64	90	0	9	0	0.46
70951954--70952008	14	4.0	14	80	17	62	83	0	12	3	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70952862--70953163	132	2.3	132	91	0	505	31	18	23	25	1.98
70952860--70953163	44	6.9	44	72	8	251	31	18	24	25	1.98
70953125--70953923	206	3.9	206	94	0	1330	31	18	21	28	1.97
70955403--70955552	40	3.8	40	84	3	194	23	28	22	26	1.99
70955371--70955592	80	2.8	80	81	2	214	23	27	22	26	2.00
70967567--70967747	80	2.2	80	84	6	233	39	18	9	31	1.84
70967565--70967753	27	7.0	27	80	7	179	39	19	10	31	1.84
70968167--70968268	27	3.8	27	73	2	89	19	19	18	42	1.90
70968254--70968316	32	2.0	32	87	0	90	25	23	19	31	1.98
70976291--70976420	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770