genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.512.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  512  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158764502--158764664	53	3.1	53	86	4	208	33	22	24	19	1.97
158766264--158766397	26	5.2	26	94	3	218	37	24	5	32	1.78
158766264--158766397	50	2.6	52	92	3	227	37	24	5	32	1.78
158771776--158771842	34	2.0	34	85	5	91	28	5	22	43	1.76
158774763--158774811	18	2.7	18	87	0	62	44	14	18	22	1.85
158775087--158775157	35	2.0	35	97	0	133	38	19	14	28	1.91
158778077--158778107	16	1.9	16	100	0	62	58	16	19	6	1.59
158778814--158778896	34	2.4	34	89	0	121	26	25	26	21	2.00
158782274--158782404	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
158790202--158790352	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
158790238--158790368	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
158818185--158818347	44	3.8	42	74	11	143	28	18	25	28	1.98
158825942--158825973	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
158836436--158836566	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
158836435--158836566	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
158844395--158844525	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
158844394--158844525	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
158848255--158848336	29	2.8	29	96	0	146	29	14	31	24	1.95
158850570--158850668	29	3.5	29	91	5	150	33	25	13	28	1.93
158851125--158851154	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
158855488--158855565	20	3.9	20	86	0	93	37	25	24	12	1.91
158856281--158856315	8	4.4	8	88	0	52	2	20	20	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158857326--158857400	36	2.1	36	97	0	141	36	30	5	28	1.79
158859374--158859492	43	2.8	42	77	9	134	25	20	22	31	1.98
158861972--158862167	39	5.0	39	87	1	234	31	30	20	17	1.95
158863446--158863603	68	2.3	67	95	0	262	31	14	29	24	1.94
158866125--158866218	29	3.2	29	95	0	161	25	28	15	29	1.96
158866087--158866218	58	2.3	58	82	2	158	25	33	15	25	1.95
158867535--158867572	20	2.1	18	85	14	51	10	15	0	73	1.09
158869667--158869876	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
158877559--158877780	66	3.3	67	80	9	236	34	16	28	20	1.94
158877584--158877740	66	2.3	67	93	3	271	31	15	29	22	1.95
158884608--158884804	39	5.1	38	87	4	243	30	28	21	18	1.97
158886984--158887150	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
158895228--158895302	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
158895286--158895359	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
158903101--158903175	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
158903159--158903232	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
158904744--158904783	20	2.0	20	85	0	53	27	27	25	20	1.99
158909881--158909990	31	3.5	31	91	0	175	30	26	17	26	1.97
158910196--158910303	25	4.4	24	87	4	110	25	22	23	28	1.99
158910209--158910302	25	3.8	25	91	1	145	25	22	25	26	2.00
158911180--158911244	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
158911288--158911345	27	2.1	27	80	0	62	36	12	18	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158911303--158911699	27	14.7	27	79	5	196	33	8	20	37	1.83
158911304--158911578	54	5.1	54	75	7	220	29	8	21	40	1.83
158911278--158911565	81	3.6	77	78	7	252	29	8	21	39	1.83
158914005--158914114	31	3.5	31	94	0	184	30	25	16	28	1.97
158914333--158914426	25	3.8	25	90	1	145	27	22	23	26	1.99
158915207--158915271	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
158915324--158915658	27	12.4	27	77	6	169	31	8	20	39	1.83
158915331--158915617	81	3.6	78	75	9	217	29	7	20	42	1.80
158915303--158915631	54	6.1	54	75	9	260	30	8	21	40	1.82
158915609--158915739	27	4.9	27	90	0	208	41	9	21	28	1.83
158915609--158915766	54	2.9	54	89	3	221	39	9	22	29	1.85
158915610--158915766	81	1.9	81	86	0	224	38	9	22	29	1.86
158918650--158918816	40	4.2	40	76	4	142	23	26	23	26	2.00
158928846--158929029	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
158928886--158929074	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
158936966--158937149	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
158937006--158937194	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
158941606--158941756	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
158941643--158941772	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
158941605--158941772	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
158943149--158943242	42	2.2	43	85	9	122	32	20	19	27	1.96
158944071--158944179	54	2.0	54	90	0	173	32	15	17	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158944390--158944424	18	1.9	18	88	11	54	40	14	5	40	1.69
158951004--158951170	40	4.2	40	81	3	176	24	26	22	26	2.00
158951020--158951170	79	1.9	80	82	6	191	23	26	23	26	2.00
158953912--158953937	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
158955319--158955562	40	6.1	40	92	2	386	23	20	26	29	1.99
158958786--158958935	42	3.5	42	80	5	160	30	24	19	26	1.98
158960217--158960257	20	2.0	20	100	0	82	56	9	9	24	1.62
158961695--158961733	20	2.0	20	100	0	78	20	17	20	41	1.91
158963009--158963150	27	5.3	26	81	6	158	41	21	7	28	1.81
158963009--158963179	54	3.2	55	83	1	186	39	21	9	29	1.85
158963158--158963286	27	4.8	27	82	1	125	31	22	6	39	1.81
158963009--158963199	54	3.5	54	77	4	143	38	21	8	30	1.84
158963158--158963286	53	2.4	54	78	1	134	31	22	6	39	1.81
158963279--158963482	27	7.6	27	88	0	273	35	20	19	24	1.96
158967256--158967304	25	2.0	25	84	8	64	30	30	8	30	1.86
158967468--158967704	40	5.9	40	85	2	325	27	29	20	22	1.99
158969201--158969337	46	3.0	46	87	0	202	25	30	8	35	1.86
158969216--158969407	46	4.1	47	80	6	144	26	30	8	34	1.87
158975814--158975903	43	2.1	42	83	2	108	32	15	22	30	1.95
158977436--158977488	20	2.7	20	96	0	97	18	30	32	18	1.96
158982671--158982940	48	5.6	48	77	4	222	24	28	18	28	1.98
158982669--158982952	144	2.0	144	81	1	336	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158993450--158993698	40	6.2	40	89	2	376	25	23	28	22	1.99
158995334--158995555	49	4.7	49	75	8	215	25	29	18	26	1.98
158996107--158996139	11	2.9	11	95	4	57	45	6	30	18	1.73
158996877--158997215	123	2.8	123	95	0	606	29	10	25	33	1.90
158997184--158997387	40	5.1	40	82	0	201	25	22	26	25	2.00
158997184--158997387	80	2.5	80	83	3	232	25	22	26	25	2.00
159010667--159011060	33	12.0	33	82	1	479	34	9	20	35	1.85
159010668--159011059	66	6.0	66	90	1	592	34	9	20	35	1.85
159016807--159016925	57	2.1	56	81	9	143	40	16	16	26	1.90
159018114--159018279	40	4.2	40	77	5	160	27	22	26	24	2.00
159026692--159027176	47	10.3	47	92	1	774	33	8	29	27	1.87
159028866--159028975	37	2.9	38	84	5	141	27	21	28	22	1.99
159028823--159028990	40	4.3	39	73	11	148	27	21	26	23	1.99
159035988--159036088	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
159036017--159036092	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
159043826--159043926	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
159043855--159043930	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
159048514--159048578	34	1.9	33	82	14	80	23	26	26	24	2.00
159049977--159050184	40	5.2	40	84	2	249	26	26	21	25	1.99
159071397--159071478	40	2.1	39	86	2	110	28	17	26	28	1.97
159073458--159073610	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
159073427--159073609	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159081694--159081844	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
159089682--159089848	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
159092875--159093063	55	3.5	54	81	3	211	22	23	18	35	1.96
159093050--159093149	47	2.1	47	90	0	155	28	24	14	34	1.93
159097778--159097850	37	2.0	37	97	0	137	39	17	2	39	1.64
159099427--159099615	55	3.5	54	82	5	213	21	24	17	36	1.95
159099427--159099623	54	3.6	54	81	4	227	21	24	17	37	1.94
159099602--159099723	47	2.6	47	94	0	208	26	24	13	36	1.92
159101088--159101217	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
159101104--159101254	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770