genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.584.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  584  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182421964--182422095	29	4.6	29	94	0	219	25	32	15	26	1.95
182421935--182422095	58	2.8	58	88	0	187	25	33	15	25	1.95
182421935--182422095	87	1.9	87	85	0	223	25	33	15	25	1.95
182430005--182430136	29	4.6	29	94	0	219	25	32	15	26	1.95
182429976--182430136	58	2.8	58	88	0	187	25	33	15	25	1.95
182429976--182430136	87	1.9	87	85	0	223	25	33	15	25	1.95
182434828--182434892	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
182437790--182437888	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
182445469--182445567	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
182451232--182451360	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
182451267--182451413	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
182451248--182451413	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
182459311--182459439	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
182459346--182459492	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
182459327--182459492	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
182467388--182467516	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
182467423--182467569	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
182467404--182467569	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
182471982--182472443	123	3.8	123	97	0	843	29	10	25	33	1.90
182472133--182472325	64	3.1	64	60	15	150	28	10	26	34	1.90
182472412--182472615	40	5.1	40	87	0	237	24	21	26	26	1.99
182479481--182479940	123	3.8	123	97	0	843	30	10	25	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182479632--182479824	64	3.1	64	60	15	150	28	10	26	34	1.90
182479909--182480152	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
182485516--182485857	48	7.1	48	95	2	614	35	5	26	31	1.81
182486004--182486112	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
182490571--182490754	40	4.6	40	79	6	212	24	23	27	24	2.00
182496590--182496733	40	3.6	39	75	13	109	27	24	26	21	1.99
182496621--182496747	40	3.2	40	76	3	132	25	24	25	24	2.00
182501271--182501357	38	2.3	38	97	0	165	27	14	25	32	1.95
182501952--182502136	40	4.6	40	77	7	162	25	23	25	24	2.00
182501952--182502136	80	2.3	81	83	6	216	25	23	25	24	2.00
182507190--182507241	25	2.0	26	82	10	63	25	13	23	38	1.91
182519706--182519766	2	32.0	2	80	9	65	52	6	0	40	1.27
182521000--182521070	35	2.0	35	94	0	124	25	9	46	18	1.79
182525909--182525956	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
182525905--182525960	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
182525905--182525956	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
182526111--182526159	25	2.0	25	91	0	80	51	6	8	34	1.57
182526188--182526267	2	41.5	2	74	12	60	57	1	2	38	1.20
182526200--182526322	53	2.3	54	80	8	128	56	3	4	35	1.34
182526297--182526342	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
182526834--182526948	30	3.8	31	81	4	121	21	4	45	28	1.71
182530809--182530847	20	2.0	20	85	5	53	30	10	7	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182531972--182532012	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
182535880--182535935	18	3.4	18	65	27	52	26	48	5	19	1.70
182535870--182535968	30	3.3	30	92	0	171	27	50	5	17	1.66
182535910--182535963	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
182537878--182538043	35	4.6	35	84	8	192	33	24	10	31	1.90
182537873--182538043	74	2.4	73	83	9	217	33	23	11	31	1.90
182545366--182545531	35	4.6	35	84	8	192	33	24	10	31	1.90
182545361--182545533	75	2.4	72	83	11	221	33	23	10	31	1.90
182551104--182551386	142	2.0	145	83	4	369	43	8	5	42	1.58
182551564--182551605	22	1.9	22	85	9	59	78	0	14	7	0.95
182551806--182551839	11	2.9	12	91	4	52	73	5	20	0	1.04
182551893--182552493	248	2.5	233	83	5	738	37	9	6	45	1.64
182552366--182552402	14	2.7	15	84	16	53	32	0	2	64	1.07
182556030--182556069	18	2.2	19	90	4	64	27	17	0	55	1.43
182558944--182558982	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
182561361--182561387	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
182562551--182562656	48	2.2	48	89	0	158	33	4	26	34	1.77
182562790--182562861	37	1.9	37	88	0	108	23	19	34	22	1.96
182568904--182570689	888	2.0	889	85	3	2392	28	27	16	27	1.97
182571171--182571246	24	3.2	24	72	7	73	28	32	1	36	1.66
182574508--182574638	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
182576839--182577041	40	5.1	40	90	4	286	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182580290--182580324	8	4.4	8	100	0	70	60	11	0	28	1.32
182581143--182581187	22	2.0	22	83	8	56	35	13	15	35	1.87
182583936--182584014	28	2.8	28	92	0	131	34	10	27	27	1.89
182587654--182587820	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
182595652--182595818	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
182599473--182599535	15	4.1	16	83	8	78	57	14	17	11	1.65
182602447--182602620	46	3.8	45	77	13	167	28	28	21	21	1.98
182602454--182602624	92	1.8	93	89	1	272	28	28	21	21	1.99
182607024--182607117	27	3.5	26	87	8	127	18	23	19	39	1.92
182607007--182607126	54	2.2	53	80	4	143	18	26	20	35	1.95
182609908--182610009	40	2.5	40	87	0	132	28	21	33	16	1.95
182609908--182609975	20	3.4	20	70	0	64	26	20	35	17	1.95
182613784--182613950	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
182621776--182621942	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
182625869--182626066	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
182625935--182626052	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
182625903--182626066	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
182633430--182633627	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
182633496--182633613	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
182633464--182633627	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
182636101--182636174	29	2.6	27	82	14	87	14	12	1	71	1.21
182636131--182636173	22	2.0	22	86	9	61	13	9	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182638506--182638563	22	2.7	21	76	10	53	41	15	5	37	1.70
182638544--182638649	19	5.8	19	85	10	159	35	14	10	39	1.80
182638556--182638647	17	5.5	15	85	8	69	34	15	9	40	1.80
182638544--182638649	54	1.9	55	94	1	187	35	14	10	39	1.80
182639045--182639209	87	1.9	86	80	7	190	26	22	18	32	1.97
182638929--182639447	261	2.0	256	86	4	722	27	23	17	31	1.96
182639279--182640441	205	5.7	205	93	0	1933	28	22	18	30	1.97
182639279--182640441	409	2.8	410	93	1	1944	28	22	18	30	1.97
182641381--182641442	11	5.4	11	80	14	72	3	11	0	85	0.71
182641389--182641439	18	2.9	17	83	13	59	3	11	0	84	0.75
182641381--182641439	17	3.3	18	81	6	66	3	11	0	84	0.73
182641381--182641442	30	2.1	28	88	5	88	3	11	0	85	0.71
182641381--182641440	19	3.3	18	76	9	68	3	11	0	85	0.72
182648184--182648227	21	2.0	21	86	8	61	38	18	4	38	1.71
182648199--182648319	18	6.5	18	75	21	108	35	15	9	39	1.79
182648184--182648310	59	2.2	59	83	8	152	37	14	8	38	1.78
182648217--182648302	42	2.0	42	97	0	163	37	13	9	39	1.78
182648237--182648302	24	3.0	24	72	25	81	36	13	9	40	1.76
182652336--182652434	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
182653522--182653559	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
182660110--182660208	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
182661293--182661330	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182664492--182664594	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
182672496--182672598	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
182676919--182676981	29	2.2	29	100	0	126	36	6	15	41	1.73
182677939--182678199	47	5.5	47	94	1	441	32	12	29	25	1.92
182677939--182678182	96	2.6	94	96	1	434	32	12	29	25	1.93
182677939--182678199	143	1.8	141	92	1	441	32	12	29	25	1.92
182682556--182682584	14	2.1	14	100	0	58	31	13	6	48	1.69
182688298--182688478	40	4.6	40	90	2	260	27	24	28	20	1.99
182701455--182701563	40	2.8	39	83	12	134	22	25	29	22	1.99
182708601--182708701	40	2.5	40	80	0	94	30	23	26	18	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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