genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  256  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76813546--76813590	23	1.9	24	82	13	58	24	11	31	33	1.90
76815397--76815580	27	6.7	27	89	1	235	26	15	17	40	1.90
76824216--76824431	68	3.3	64	76	13	183	30	14	30	24	1.95
76836978--76837060	26	3.2	25	84	5	103	44	13	14	27	1.82
76842076--76842162	24	3.6	24	100	0	174	20	17	26	35	1.95
76842076--76842184	48	2.3	48	90	3	166	23	17	24	33	1.96
76844998--76845146	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
76845039--76845146	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
76848378--76848455	27	3.4	21	70	23	59	51	12	10	25	1.71
76848376--76848442	27	2.8	22	74	20	71	50	13	10	25	1.73
76850100--76850266	70	2.4	70	85	2	237	32	13	22	31	1.93
76851855--76852079	40	5.7	39	87	3	272	25	28	23	23	2.00
76851855--76852039	79	2.3	80	90	0	282	25	27	23	23	2.00
76859525--76859706	40	4.7	39	84	10	221	26	26	21	24	2.00
76859525--76859706	76	2.3	81	82	10	234	26	26	21	24	2.00
76863413--76863637	40	5.7	39	86	3	263	25	28	22	23	1.99
76863415--76863597	79	2.3	80	90	0	278	25	27	23	23	2.00
76868048--76868086	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
76868047--76868086	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
76868133--76868201	25	2.8	25	91	2	104	26	27	23	23	2.00
76868133--76868208	24	3.1	24	88	3	107	30	25	21	23	1.99
76873919--76874083	42	3.9	42	80	1	186	29	24	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76877990--76878049	27	2.2	27	100	0	120	40	13	10	36	1.78
76878031--76878239	27	7.7	27	89	0	274	29	23	7	39	1.82
76878031--76878239	81	2.6	81	89	0	310	29	23	7	39	1.82
76878031--76878267	54	4.4	54	82	0	249	30	22	7	39	1.82
76878232--76878382	27	5.6	27	84	3	187	42	21	7	28	1.81
76878232--76878412	81	2.2	81	81	4	197	41	21	7	29	1.81
76878232--76878413	54	3.4	53	83	3	204	41	21	8	29	1.82
76878402--76878616	27	8.0	27	86	3	272	35	17	21	25	1.95
76878820--76878914	25	3.8	25	91	0	145	26	25	22	26	2.00
76879136--76879219	31	2.7	31	88	1	134	33	16	25	25	1.96
76881368--76881527	58	2.8	58	92	1	223	25	31	15	27	1.96
76881405--76881527	29	4.2	29	93	0	210	26	29	14	30	1.95
76885572--76885666	45	2.1	45	88	0	136	42	24	8	25	1.82
76887213--76887358	31	4.7	31	92	2	242	29	25	15	29	1.96
76887382--76887473	42	2.2	42	94	3	159	33	21	14	30	1.93
76887627--76887690	25	2.6	25	82	5	76	25	23	25	26	2.00
76888501--76888565	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
76888618--76888725	27	3.9	27	75	13	94	32	7	17	42	1.77
76895109--76895151	20	2.0	22	91	8	72	53	16	25	4	1.62
76911305--76911454	41	3.7	41	85	1	221	28	28	23	20	1.99
76913904--76914089	40	4.7	40	85	5	209	26	25	21	26	2.00
76931165--76931348	40	4.6	39	87	6	228	25	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76932770--76932879	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
76932770--76932919	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
76940804--76940913	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
76940804--76940953	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
76945575--76945794	80	2.8	80	81	6	232	25	27	22	25	2.00
76945654--76945800	40	3.7	40	92	1	233	25	26	23	25	2.00
76962409--76962594	21	8.9	21	74	1	131	17	22	18	42	1.89
76962409--76962600	42	4.6	42	80	1	181	16	22	18	42	1.89
76962409--76962600	84	2.3	83	81	2	215	16	22	18	42	1.89
76967688--76967765	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
76967637--76967953	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	32	1.84
76967637--76967953	96	3.3	94	87	6	442	29	31	7	32	1.84
76971693--76972040	43	8.1	43	94	1	601	32	32	21	13	1.92
76971693--76972040	170	2.0	172	93	1	601	32	32	21	13	1.92
76972023--76972234	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
76974209--76974286	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
76974158--76974474	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	32	1.84
76974158--76974474	96	3.3	94	87	6	442	29	31	7	32	1.84
76979459--76980063	47	12.9	47	94	0	1012	32	9	31	26	1.89
76981938--76982173	40	5.9	40	97	0	445	20	22	30	26	1.98
76986288--76986451	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76986288--76986485	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76993865--76994028	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76993865--76994062	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
76996083--76996687	47	12.9	47	94	0	1003	32	9	31	26	1.88
76999901--77000381	42	11.4	41	78	7	342	18	28	32	20	1.96
76999967--77000308	126	2.7	127	83	6	390	18	28	32	21	1.96
77000005--77000381	126	3.0	123	81	7	418	18	29	31	20	1.96
76999908--77000401	169	2.9	169	83	3	519	18	29	32	20	1.96
77003563--77003624	30	2.1	30	100	0	124	19	16	30	33	1.94
77008022--77008127	54	2.0	53	84	1	140	17	25	19	36	1.94
77008018--77008128	27	4.2	26	82	5	123	17	25	21	36	1.95
77014411--77014462	25	2.1	24	92	3	86	36	1	38	23	1.66
77015871--77015981	27	4.1	27	83	5	118	16	24	23	36	1.94
77015871--77015981	54	2.1	53	84	5	143	16	24	23	36	1.94
77021467--77021999	175	3.0	182	84	5	721	21	23	24	30	1.99
77023644--77023681	15	2.3	18	82	17	55	0	7	13	78	0.94
77024919--77024958	20	2.0	20	100	0	80	25	15	30	30	1.95
77029416--77029693	43	6.6	43	78	7	185	19	29	31	20	1.97
77029416--77029693	42	6.6	42	77	9	179	19	29	31	20	1.97
77029541--77031304	43	41.5	43	79	5	1429	17	30	31	20	1.96
77029504--77031305	426	4.2	424	79	6	1593	17	30	31	20	1.96
77059333--77059447	58	2.0	59	89	1	178	35	21	19	23	1.96
77065067--77065229	30	5.5	30	91	2	249	25	24	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77066829--77067197	85	4.4	85	80	4	318	15	30	33	20	1.94
77066827--77067197	43	8.7	43	77	5	296	15	30	33	20	1.94
77066827--77067197	128	2.9	127	82	5	376	15	30	33	20	1.94
77066976--77067228	128	2.0	128	85	1	346	15	27	35	20	1.93
77066879--77067233	85	4.2	83	79	6	284	15	29	35	20	1.93
77067328--77067358	13	2.4	13	100	0	62	6	61	25	6	1.45
77072526--77072572	24	2.0	24	82	0	58	17	36	29	17	1.92
77072611--77072729	58	2.0	59	83	4	152	31	21	21	25	1.98
77075036--77075112	24	3.2	24	90	0	127	9	41	33	15	1.79
77075290--77076048	42	18.5	42	85	8	863	14	32	34	18	1.91
77075290--77076055	123	6.2	125	85	8	834	14	33	33	18	1.91
77075288--77076006	206	3.5	208	85	7	933	14	33	33	18	1.91
77075502--77076120	123	5.1	119	83	9	374	14	31	35	18	1.90
77075339--77076120	165	4.8	160	81	11	515	14	32	34	18	1.91
77081809--77081882	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
77081866--77081940	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
77081809--77081940	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
77089685--77089758	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
77089742--77089816	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
77089685--77089816	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
77095036--77095165	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
77105449--77105614	40	4.2	39	80	5	165	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77105449--77105614	80	2.1	80	84	3	210	25	27	21	25	1.99
77107935--77108398	96	4.8	96	78	3	432	25	29	17	27	1.98
77107935--77108398	144	3.2	143	85	2	590	25	29	17	27	1.98
77107941--77108397	48	9.5	48	76	5	386	24	29	17	28	1.98
77113846--77114053	40	5.2	40	81	2	184	25	22	26	25	2.00
77113891--77114038	80	1.9	80	85	5	210	25	25	28	21	1.99
77124455--77124496	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
77126667--77126726	30	2.0	30	83	0	75	26	23	10	40	1.86
77128213--77128480	47	5.7	47	74	11	194	26	19	30	24	1.98
77128213--77128480	94	2.9	93	81	6	303	26	19	30	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770