genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.656.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  656  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206120157--206120345	83	2.2	84	79	4	193	25	15	32	25	1.95
206120161--206120346	29	6.6	29	82	7	184	25	15	33	25	1.95
206124297--206124366	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
206132228--206132297	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
206134994--206135037	19	2.3	19	96	4	79	29	2	4	63	1.26
206135089--206135135	23	2.0	23	84	8	60	36	2	0	61	1.08
206135272--206135314	18	2.4	17	81	11	50	16	13	2	67	1.33
206135744--206135790	18	2.7	18	86	3	60	85	0	6	8	0.75
206136955--206137011	19	3.0	19	97	0	105	31	22	10	35	1.88
206147847--206147994	47	3.3	46	65	22	123	28	18	25	27	1.98
206147811--206148034	88	2.6	88	92	0	369	27	17	27	27	1.98
206147996--206148768	44	17.4	44	83	7	895	27	16	32	22	1.96
206147894--206148768	88	9.9	85	80	8	766	27	17	32	23	1.96
206148424--206148633	108	1.9	109	85	3	287	27	17	30	24	1.97
206148377--206148677	152	2.0	152	91	1	487	27	17	31	23	1.97
206148333--206148721	196	2.0	194	88	4	575	27	17	31	23	1.97
206150264--206150301	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
206160169--206160316	47	3.3	46	65	25	116	28	18	25	27	1.98
206160133--206160356	88	2.6	88	92	0	360	26	17	28	27	1.98
206160318--206161115	44	18.4	44	89	3	1161	29	16	31	21	1.96
206160318--206161096	302	2.6	304	90	2	1217	29	16	31	21	1.96
206161406--206161450	8	5.5	8	85	12	56	84	0	6	8	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206161685--206161728	16	2.7	16	86	10	54	13	4	4	77	1.08
206161728--206161757	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
206162632--206162669	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
206163992--206164042	25	2.0	25	100	0	102	33	7	19	39	1.81
206166065--206166139	29	2.6	29	84	0	96	22	34	20	22	1.96
206166123--206166194	28	2.6	29	86	6	112	26	31	15	26	1.95
206175143--206175305	71	2.3	71	97	1	310	19	28	17	34	1.95
206175143--206175339	71	2.8	70	89	4	249	20	28	17	32	1.95
206181404--206181611	40	5.2	40	86	1	267	27	27	20	24	1.99
206184291--206184315	12	2.1	12	100	0	50	40	24	0	36	1.55
206185615--206185742	46	2.8	46	92	3	206	20	20	28	31	1.97
206188659--206188742	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
206188668--206188746	15	5.4	15	80	10	92	10	17	12	59	1.60
206188753--206188781	12	2.4	12	100	0	58	20	13	10	55	1.68
206191143--206191271	46	2.8	46	95	0	222	20	20	28	31	1.97
206194188--206194262	14	5.4	14	80	13	75	9	17	13	60	1.59
206194411--206194454	19	2.4	19	96	3	81	38	13	22	25	1.91
206202516--206202565	24	2.0	25	85	11	68	26	14	24	36	1.93
206204022--206204118	32	3.0	32	96	0	185	38	23	6	31	1.80
206208953--206208983	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
206212124--206212220	32	3.0	32	96	0	185	38	23	6	31	1.80
206218703--206218750	25	1.9	25	87	8	71	45	8	0	45	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206223826--206223866	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
206229303--206229372	26	2.6	27	88	11	99	30	14	27	28	1.95
206232742--206232949	40	5.2	39	82	1	218	25	26	22	25	2.00
206232742--206232947	80	2.6	81	84	3	247	25	27	22	24	2.00
206241810--206241871	28	2.2	29	88	2	90	25	11	32	30	1.91
206256746--206256846	40	2.5	40	82	1	114	28	20	26	23	1.99
206256784--206256912	40	3.2	40	83	6	154	24	21	27	26	1.99
206261817--206261979	70	2.3	71	98	1	319	18	28	17	35	1.94
206261817--206262013	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	34	1.95
206265527--206265675	39	3.8	39	88	1	183	24	32	21	21	1.98
206272553--206272715	70	2.3	71	97	1	310	19	28	17	35	1.94
206272553--206272749	70	2.8	70	90	4	258	20	28	16	34	1.95
206284157--206284299	39	3.6	39	87	1	196	23	21	31	23	1.98
206284155--206284323	79	2.2	78	81	3	196	23	20	31	24	1.98
206292002--206292086	39	2.2	40	93	2	145	21	20	32	25	1.97
206292019--206292122	40	2.6	39	83	4	118	20	24	32	23	1.98
206299829--206299991	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
206299829--206300022	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
206302135--206302341	93	2.2	95	81	3	231	40	4	18	36	1.72
206302330--206302378	22	2.2	22	85	7	64	44	2	12	40	1.53
206302654--206302696	22	1.9	23	85	4	61	44	0	9	46	1.35
206306719--206306897	40	4.4	40	85	2	216	26	24	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206306753--206306923	80	2.1	80	80	2	182	28	24	25	21	1.99
206310492--206310601	55	2.0	55	100	0	220	34	21	21	21	1.97
206314287--206314335	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
206315158--206315324	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
206316773--206316800	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
206317506--206317683	40	4.4	40	84	3	207	26	23	26	22	2.00
206317506--206317683	79	2.2	81	81	5	209	26	23	26	22	2.00
206323017--206323205	29	6.5	29	85	3	238	26	16	30	25	1.97
206331128--206331287	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
206335992--206336151	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
206335992--206336151	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
206337959--206338036	29	2.7	29	81	0	93	21	32	17	28	1.96
206345790--206345862	29	2.6	29	84	4	96	23	34	16	26	1.95
206349323--206349482	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
206349323--206349482	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
206352491--206352591	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
206360450--206360550	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
206367135--206367269	67	2.0	67	98	0	261	28	28	18	25	1.98
206368530--206368651	43	2.9	42	77	9	140	27	22	15	34	1.94
206373836--206373962	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
206381851--206381997	40	3.8	39	79	10	146	23	27	23	25	2.00
206385013--206385143	29	4.5	29	86	3	156	30	16	31	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206392056--206392184	39	3.3	39	89	5	181	24	21	29	24	1.99
206392055--206392219	79	2.1	78	78	7	174	24	20	28	26	1.99
206395176--206395215	18	2.2	18	100	0	80	0	27	10	62	1.27
206396477--206396528	27	1.9	27	92	0	86	36	17	15	30	1.91
206398603--206398634	16	2.0	16	93	0	55	25	9	18	46	1.79
206399414--206399458	23	2.0	23	87	12	67	62	11	8	17	1.53
206400997--206401030	13	2.6	13	95	0	59	11	2	44	41	1.56
206403644--206403825	40	4.6	40	78	8	167	23	27	24	24	2.00
206403675--206403825	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
206411620--206411779	38	4.2	39	77	8	132	23	26	24	25	2.00
206411645--206411779	38	3.5	40	81	8	138	22	28	25	24	1.99
206422423--206422552	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
206424412--206424549	40	3.5	40	83	6	149	21	28	24	24	1.99
206424452--206424600	78	1.9	80	84	5	205	22	28	22	25	1.99
206430345--206430453	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
206430345--206430453	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
206433093--206433210	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
206433061--206433224	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
206435779--206435976	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
206435845--206435962	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
206435813--206435976	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
206443295--206443492	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206443361--206443478	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
206443329--206443492	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
206446062--206446228	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
206454073--206454202	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
206464213--206464327	29	4.0	29	82	6	128	26	31	15	26	1.96
206464386--206464419	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
206466243--206466343	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
206466272--206466347	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
206474089--206474189	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
206474118--206474193	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770