genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.455.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  455  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140062209--140062274	32	2.1	32	100	0	132	53	3	6	37	1.41
140064767--140064974	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
140071217--140071243	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
140077966--140078067	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
140085842--140085904	27	2.2	28	94	5	110	26	15	30	26	1.96
140085887--140085922	16	2.2	16	90	0	54	36	16	27	19	1.93
140088493--140088720	40	5.7	40	90	3	352	25	22	26	25	2.00
140090662--140090828	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
140090678--140090826	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
140098659--140098826	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
140098675--140098824	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
140103004--140103113	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
140103004--140103153	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
140110537--140110646	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
140110537--140110686	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
140112988--140113147	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
140121854--140122039	40	4.7	40	90	6	299	24	22	27	25	2.00
140121858--140122072	39	5.5	40	89	6	298	25	22	27	24	2.00
140129878--140129978	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
140132774--140132828	25	2.2	25	93	0	92	56	9	16	18	1.66
140134464--140134573	56	2.0	54	82	10	134	35	18	17	29	1.93
140134956--140135122	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140141662--140141772	56	2.0	55	84	8	145	36	18	17	28	1.93
140142155--140142321	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
140148866--140148976	56	2.0	55	84	8	145	36	18	17	28	1.93
140149358--140149524	40	4.2	40	75	6	135	25	22	27	24	2.00
140153523--140153572	25	2.0	25	92	0	82	28	24	20	28	1.99
140164481--140164506	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
140169424--140169590	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
140169440--140169590	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
140170783--140170891	56	2.0	53	82	12	132	28	16	18	36	1.92
140177417--140177583	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
140177433--140177583	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
140178774--140178882	56	2.0	53	82	12	132	28	15	18	37	1.91
140185582--140185711	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
140190467--140190639	46	3.8	46	80	13	205	28	29	19	21	1.98
140190475--140190642	92	1.8	91	92	3	284	27	29	20	22	1.98
140193031--140193078	15	3.2	15	81	0	60	60	16	10	12	1.58
140196032--140196202	93	1.8	93	90	5	274	28	29	20	22	1.98
140196024--140196193	46	3.7	47	78	14	192	29	29	19	21	1.98
140196029--140196218	46	4.1	45	69	22	117	28	28	20	22	1.98
140202653--140202700	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
140202739--140202795	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
140202737--140202795	20	3.0	20	94	0	109	35	10	20	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140204492--140204564	29	2.5	29	97	0	137	36	15	24	23	1.93
140206027--140206124	47	2.1	47	88	5	144	32	19	19	28	1.96
140206026--140206145	23	5.0	24	83	10	147	31	20	20	27	1.97
140206338--140206401	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
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140219888--140220077	27	7.0	27	85	0	245	25	21	18	35	1.95
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140220082--140220274	27	7.1	27	81	3	190	30	10	19	39	1.85
140220267--140220662	27	14.8	27	86	2	503	39	6	23	30	1.80
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140232745--140232793	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
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140256023--140256131	48	2.3	48	95	0	182	37	9	12	40	1.76
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140259398--140259500	27	3.9	27	83	2	136	30	23	16	30	1.96
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140263952--140264176	79	2.8	78	82	4	263	25	28	23	22	1.99
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140279548--140279739	80	2.4	79	82	3	215	22	26	23	26	2.00
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140348594--140348799	40	5.2	40	89	4	294	26	29	20	23	1.99
140356480--140356647	40	4.2	40	81	2	187	25	26	22	25	2.00
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140380753--140380806	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
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140387153--140387211	21	2.8	21	92	0	100	3	52	15	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140387621--140387649	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
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140392995--140393167	27	6.2	27	77	10	159	38	1	13	46	1.50
140392995--140393167	9	18.6	9	78	9	132	38	1	13	46	1.50
140393272--140393327	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
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140393659--140400544	739	9.3	743	96	3	12531	40	9	14	36	1.79
140397552--140397593	21	2.0	21	86	9	59	66	0	0	33	0.92
140408872--140409042	39	4.3	40	91	3	233	24	21	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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