genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.540.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  540  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167863551--167863638	28	3.3	26	90	4	131	17	21	25	36	1.94
167865637--167865741	43	2.5	42	80	7	122	28	21	19	30	1.97
167868790--167868967	40	4.4	40	83	2	198	26	23	26	23	2.00
167878494--167878538	24	1.9	23	81	4	54	26	13	22	37	1.91
167879565--167879779	40	5.6	40	89	5	313	23	22	26	26	2.00
167887745--167887965	40	5.6	40	90	2	340	23	21	25	28	1.99
167892240--167892409	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
167892240--167892659	48	8.8	48	90	2	317	33	8	28	29	1.86
167892387--167892654	48	5.6	48	93	0	428	34	8	27	29	1.86
167892703--167892788	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
167894685--167895076	40	9.8	40	92	1	617	26	20	27	25	1.99
167898542--167898711	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
167898542--167898961	48	8.8	48	90	2	317	33	8	28	29	1.86
167898689--167898956	48	5.6	48	93	0	428	34	8	27	29	1.86
167899005--167899090	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
167914359--167914386	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
167915090--167915268	40	4.4	40	78	7	166	26	24	25	24	2.00
167915090--167915240	80	1.9	81	84	4	207	25	23	26	25	2.00
167915090--167915268	80	2.2	80	81	6	193	26	24	25	24	2.00
167926594--167926799	40	5.2	40	90	3	303	23	20	29	26	1.99
167934654--167934860	40	5.2	40	89	4	287	23	21	28	27	1.99
167934650--167934860	79	2.7	79	88	2	309	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167936480--167936657	40	4.5	40	88	3	236	23	22	28	25	1.99
167944443--167944620	40	4.5	40	90	3	254	24	23	28	24	2.00
167952388--167952520	38	3.4	39	88	6	198	24	22	28	24	1.99
167963708--167963817	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
167963708--167963856	40	3.8	39	79	7	124	26	22	26	24	2.00
167966548--167966660	38	2.9	38	83	10	138	25	23	28	23	1.99
167974497--167974608	40	2.8	40	87	0	152	28	21	27	22	1.99
167974453--167974623	40	4.3	39	76	10	150	28	21	26	23	1.99
167979606--167979637	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
167980665--167980752	45	1.9	46	83	2	115	37	14	23	23	1.92
167984837--167984981	27	5.4	27	84	1	166	34	17	22	26	1.95
167989342--167989459	27	4.4	27	90	0	173	35	19	20	24	1.96
167991856--167992026	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
167999891--168000061	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
168002834--168004024	423	2.7	429	84	6	1496	39	18	9	32	1.84
168009946--168010126	99	1.8	97	86	6	258	24	29	19	26	1.98
168009944--168010163	50	4.7	45	75	15	146	25	28	18	27	1.98
168009943--168010208	46	5.6	50	76	12	192	24	28	19	27	1.98
168012706--168012833	40	3.2	40	89	4	186	32	21	19	25	1.97
168012706--168012837	42	3.2	42	89	4	196	33	21	18	26	1.97
168020355--168020482	40	3.2	40	88	4	186	32	21	19	26	1.97
168020355--168020486	42	3.2	42	88	4	196	33	20	18	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168023502--168023544	15	3.0	15	80	19	56	0	23	2	74	0.93
168024472--168024523	13	4.0	13	82	7	61	63	1	0	34	1.06
168025105--168025137	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
168030899--168031029	57	2.3	57	81	7	142	29	16	24	29	1.97
168031860--168031901	21	2.0	21	100	0	84	38	0	19	42	1.51
168034258--168034309	21	2.5	21	87	0	77	19	25	3	51	1.63
168035580--168035868	29	10.0	29	83	3	250	26	14	21	37	1.93
168035578--168035868	58	5.0	58	80	8	292	26	14	21	36	1.93
168035578--168035793	88	2.5	87	84	6	276	26	15	21	35	1.94
168035578--168035858	117	2.4	117	81	9	326	26	14	22	36	1.93
168040060--168040203	39	3.7	39	94	0	243	25	22	31	20	1.98
168040066--168040239	78	2.2	78	86	4	235	23	24	31	20	1.98
168046452--168046538	43	2.0	45	86	6	126	29	22	27	19	1.98
168048146--168048246	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
168048146--168048296	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
168048142--168048313	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
168053432--168053602	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
168061459--168061638	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
168068879--168069060	28	6.5	28	85	0	247	31	28	14	25	1.95
168073012--168073561	49	11.3	49	94	1	901	29	29	8	32	1.88
168076475--168076569	40	2.3	42	77	10	99	25	24	23	27	2.00
168077289--168077489	40	5.1	40	95	0	341	23	29	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168077543--168077617	38	2.0	38	81	5	89	24	24	18	33	1.97
168080335--168080501	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
168080351--168080501	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
168081694--168081802	56	2.0	53	82	12	132	28	16	18	36	1.92
168088348--168088514	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
168088364--168088514	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
168089702--168089815	56	2.1	55	83	8	142	27	15	17	39	1.90
168091002--168091355	49	7.3	49	89	2	522	29	29	7	33	1.86
168091002--168091355	98	3.7	98	91	2	576	29	29	7	33	1.86
168091002--168091355	195	1.8	191	91	3	584	29	29	7	33	1.86
168101326--168101532	40	5.2	39	84	4	229	25	28	21	24	1.99
168105454--168105536	27	3.0	27	94	1	139	50	3	19	26	1.64
168111841--168111995	43	3.6	43	76	1	123	27	12	23	35	1.92
168127403--168127596	40	4.8	40	84	5	131	22	25	24	27	2.00
168127429--168127729	40	7.5	40	84	1	343	23	26	24	26	2.00
168127459--168127728	81	3.3	80	90	1	387	23	26	24	25	2.00
168132579--168132677	28	3.4	28	86	6	110	30	13	26	30	1.94
168138675--168138817	27	5.3	26	76	9	110	30	7	20	41	1.80
168141670--168141774	40	2.7	40	92	1	167	25	27	20	25	1.99
168149499--168149709	79	2.7	77	82	7	244	25	27	22	25	2.00
168149499--168149705	40	5.2	40	84	2	240	25	27	22	24	2.00
168154133--168154193	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168157265--168157471	40	5.2	40	84	2	240	25	28	22	24	2.00
168163325--168163492	40	4.2	39	78	5	151	25	26	22	25	2.00
168163316--168163492	80	2.2	80	79	3	196	24	26	22	25	2.00
168167914--168167974	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
168177069--168177272	46	4.5	45	82	11	197	23	30	20	25	1.98
168177112--168177328	92	2.4	91	82	4	249	22	31	19	25	1.98
168177112--168177320	46	4.6	44	79	11	190	22	31	19	26	1.98
168183361--168183493	47	2.8	49	79	16	172	29	29	20	21	1.98
168183369--168183509	46	3.0	44	77	14	135	29	29	19	21	1.98
168191167--168191269	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
168194016--168194190	46	3.8	46	77	14	198	29	29	21	20	1.98
168203501--168203548	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
168203585--168203627	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
168203592--168203635	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
168203681--168203800	24	5.0	24	91	7	190	30	20	21	27	1.98
168203992--168204055	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
168211551--168211598	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
168211637--168211693	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
168211635--168211697	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
168211750--168211892	24	6.0	24	91	7	229	29	20	21	27	1.98
168211750--168211871	47	2.6	48	96	3	221	30	20	20	28	1.98
168211751--168211892	71	2.0	72	91	6	236	28	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168212085--168212148	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
168215391--168215520	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
168215407--168215558	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
168215407--168215556	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
168223382--168223549	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
168223398--168223547	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
168229598--168229813	39	5.5	40	91	4	316	24	27	23	24	2.00
168229631--168229817	79	2.4	79	93	1	322	25	27	22	24	2.00
168238653--168238782	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
168246682--168246811	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770