genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.698.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  698  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220189356--220189438	35	2.4	35	97	0	157	14	43	21	20	1.87
220190997--220191021	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
220193073--220193187	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
220193085--220193187	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
220193084--220193217	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
220194523--220194561	20	2.1	19	86	13	55	7	15	0	76	0.99
220200961--220201075	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
220200973--220201075	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
220200972--220201105	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
220202411--220202449	21	2.0	20	85	14	55	7	15	0	76	0.99
220212197--220212726	110	4.8	106	76	11	334	26	21	13	37	1.92
220212069--220212772	148	4.8	147	78	9	617	25	20	15	38	1.92
220212069--220212772	38	19.3	38	79	8	560	25	20	15	38	1.92
220212712--220212797	37	2.3	38	85	2	111	24	25	17	32	1.97
220217364--220217619	40	6.7	40	92	7	442	21	29	23	26	1.99
220217616--220217654	17	2.3	17	86	8	53	38	15	2	43	1.60
220217364--220217619	112	2.2	108	89	6	309	21	29	23	26	1.99
220225609--220225871	40	6.7	40	98	1	505	21	30	22	25	1.99
220230008--220230053	21	2.2	21	84	0	56	36	17	26	19	1.94
220230116--220230180	5	12.4	5	79	20	71	76	0	3	20	0.91
220230126--220230170	17	2.8	16	86	6	63	75	0	4	20	0.97
220231708--220231874	40	4.2	40	79	6	160	23	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220240256--220240354	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
220247891--220247989	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
220250100--220250227	63	2.0	64	98	1	249	33	20	10	35	1.88
220255978--220256047	27	2.6	27	90	2	113	31	25	14	28	1.95
220263764--220263833	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
220267766--220267914	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
220267807--220267914	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
220275884--220276032	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
220275925--220276032	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
220281468--220281670	39	5.1	40	81	9	229	25	22	27	25	2.00
220286421--220286739	40	8.0	40	92	0	512	22	20	29	27	1.99
220286903--220286953	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
220293909--220294092	40	4.7	40	81	9	209	24	20	28	26	1.99
220293961--220294125	79	2.1	78	82	6	190	26	19	27	26	1.99
220301616--220301795	77	2.3	79	83	8	226	24	22	27	25	2.00
220301616--220301797	40	4.7	40	83	10	225	24	21	28	25	1.99
220301617--220301797	39	4.7	38	79	13	165	24	22	28	25	1.99
220301617--220301830	77	2.7	77	81	10	206	25	21	27	25	1.99
220307881--220308064	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
220307921--220308109	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
220315997--220316180	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
220316037--220316225	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220320208--220320394	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
220320231--220320394	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
220320231--220320428	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
220326912--220327009	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
220334584--220334681	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
220342204--220342301	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
220344943--220345207	48	5.6	48	73	14	196	25	19	25	29	1.99
220347143--220347198	27	2.1	27	86	0	76	23	32	21	23	1.98
220349046--220349075	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
220353320--220353385	31	2.1	31	94	0	114	51	22	10	15	1.73
220353629--220353692	27	2.8	21	73	24	65	4	43	18	32	1.71
220354098--220354126	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
220356628--220356790	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
220356628--220356820	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
220364586--220364748	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
220364586--220364778	39	4.9	39	89	0	242	22	21	32	23	1.98
220371479--220371504	13	2.0	13	100	0	52	46	30	0	23	1.53
220379323--220379421	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
220381367--220381517	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
220381404--220381533	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
220389363--220389513	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
220389400--220389529	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220404406--220404537	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
220412545--220412647	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
220420558--220420660	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
220424962--220425132	93	1.8	93	89	2	272	22	20	28	28	1.98
220424966--220425137	46	3.7	45	74	14	163	22	20	27	29	1.98
220431262--220431445	79	2.3	80	82	7	223	25	22	27	25	2.00
220431262--220431445	40	4.7	40	86	7	218	25	22	27	25	2.00
220431315--220431468	79	2.0	78	83	6	195	26	21	26	25	1.99
220438680--220438862	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
220441544--220441600	27	2.1	27	100	0	114	33	21	26	19	1.97
220446687--220446830	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
220452756--220452825	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
220460660--220460729	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
220465561--220465633	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
220467436--220467606	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
220479968--220480140	46	3.7	46	79	13	210	21	20	28	29	1.98
220479965--220480135	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
220480365--220480402	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
220487538--220487710	46	3.7	46	79	13	210	21	20	28	29	1.98
220487535--220487705	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
220487934--220487971	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
220490220--220490427	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220490220--220490425	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
220498234--220498441	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
220498234--220498439	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
220501971--220502008	20	1.9	20	94	0	67	23	15	13	47	1.81
220504366--220504405	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
220510701--220510903	43	4.7	43	82	4	239	31	17	20	30	1.96
220510701--220510962	42	6.1	42	79	7	199	28	19	22	30	1.98
220510700--220510970	43	6.4	42	79	5	231	27	18	22	32	1.97
220510700--220510970	87	3.2	86	79	3	244	27	18	22	32	1.97
220511871--220511906	9	4.0	9	89	10	56	55	0	0	44	0.99
220514096--220514293	27	7.3	27	84	2	227	27	24	8	39	1.83
220514100--220514293	81	2.4	80	88	3	273	28	23	8	40	1.83
220514295--220514451	27	5.8	27	82	7	167	38	21	11	28	1.88
220514297--220514475	54	3.3	53	81	3	196	40	21	9	27	1.84
220514325--220514474	81	1.9	81	85	2	212	41	22	8	28	1.82
220514325--220514475	27	5.6	27	86	4	180	41	22	7	28	1.82
220514325--220514476	54	2.8	55	83	2	200	40	22	7	28	1.82
220514485--220514541	27	2.1	27	87	6	80	42	10	10	36	1.74
220515414--220515483	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
220515413--220515496	25	3.4	24	80	8	89	29	21	22	26	1.99
220515703--220515816	31	3.7	31	90	2	178	29	15	24	29	1.96
220519019--220519203	40	4.6	40	81	5	189	25	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220531077--220531301	114	2.0	114	100	0	450	32	23	16	27	1.96
220534231--220534294	20	3.4	19	76	19	62	32	0	6	60	1.21
220535083--220535118	16	2.2	17	90	5	56	80	0	0	19	0.71
220535229--220535273	22	2.0	23	91	4	74	0	48	0	51	1.00
220535225--220535283	27	2.2	28	84	6	77	0	49	0	50	1.00
220536047--220536085	10	4.0	10	83	6	53	38	0	2	58	1.12
220536047--220536106	28	2.1	29	82	11	72	35	0	6	58	1.24
220536079--220536122	23	1.9	23	81	9	54	22	6	11	59	1.55
220536259--220536285	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
220548730--220549110	72	5.0	73	79	14	380	27	17	22	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770