genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.647.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  647  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203356758--203356869	58	1.9	58	83	7	147	27	16	17	38	1.91
203361925--203362090	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
203361941--203362090	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
203368053--203368131	13	6.1	13	96	0	149	16	36	31	15	1.90
203370139--203370189	18	2.7	19	71	14	52	25	0	15	58	1.37
203377237--203377315	23	3.4	23	81	11	81	36	17	20	25	1.94
203377274--203377370	23	4.1	23	88	5	115	38	22	21	17	1.93
203379401--203379498	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
203386622--203386719	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
203389057--203389214	45	3.5	45	91	0	255	27	27	22	22	1.99
203391912--203392008	6	15.8	6	75	12	90	49	13	18	18	1.79
203391929--203392005	19	3.8	19	74	15	73	46	15	19	18	1.84
203391912--203392014	43	2.4	43	88	0	152	48	12	19	19	1.80
203392111--203392316	100	2.1	98	92	1	349	32	20	25	21	1.98
203392115--203392355	100	2.4	98	86	6	308	32	21	25	20	1.97
203392585--203392859	27	10.2	27	89	1	327	41	5	22	30	1.76
203392585--203392859	81	3.4	82	86	3	360	41	5	22	30	1.76
203392855--203392951	27	3.6	27	94	0	158	28	7	22	41	1.80
203392865--203392977	54	2.1	54	81	3	129	30	11	20	38	1.88
203399244--203399341	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
203406923--203407020	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
203410900--203410998	29	3.5	29	90	5	141	27	24	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203418874--203418986	29	4.0	29	83	3	97	27	24	15	32	1.95
203418886--203419015	29	4.5	29	83	6	147	26	26	14	31	1.95
203426877--203427094	79	2.8	80	80	8	232	25	27	22	24	2.00
203426903--203427094	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	23	1.99
203430360--203430599	72	3.3	72	88	2	331	23	7	13	54	1.65
203432604--203432663	13	4.7	13	72	4	59	43	28	1	26	1.65
203445383--203445497	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
203445383--203445516	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
203451524--203451638	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
203451524--203451657	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
203459766--203459829	31	2.1	31	91	2	103	25	15	3	56	1.54
203463170--203463320	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
203463207--203463336	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
203471230--203471359	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
203478180--203478446	48	5.6	48	80	6	265	23	27	19	29	1.98
203478173--203478446	144	1.9	144	88	0	413	23	27	19	29	1.98
203478180--203478446	96	2.8	96	77	6	299	23	27	19	29	1.98
203483243--203483429	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
203483266--203483429	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
203483266--203483463	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
203490805--203490991	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
203490828--203490991	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203490828--203491025	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
203494547--203494713	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
203494547--203494713	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
203495537--203495582	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
203502549--203502715	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
203502549--203502715	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
203503541--203503586	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
203504927--203505051	46	2.7	46	88	3	182	21	19	26	32	1.97
203507973--203508022	15	3.4	15	83	2	57	12	18	10	60	1.59
203510418--203510543	46	2.7	46	91	0	198	22	19	26	31	1.98
203514256--203514477	40	5.6	40	92	1	358	27	26	22	23	2.00
203522204--203522422	40	5.6	40	92	3	358	26	26	22	23	2.00
203529361--203529939	27	21.6	27	85	4	697	27	21	9	41	1.84
203531177--203531224	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
203531263--203531339	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
203531272--203531343	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
203531261--203531343	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
203531398--203531517	23	5.1	23	88	4	186	29	22	20	27	1.99
203531397--203531539	24	6.0	23	85	7	189	29	22	21	26	1.99
203531396--203531539	47	3.0	47	89	4	218	29	22	21	26	1.99
203531730--203531793	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
203534639--203535220	27	21.6	27	84	3	672	27	21	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203536545--203536621	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
203536554--203536625	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
203536543--203536625	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
203536681--203536800	23	5.1	23	87	4	177	29	22	20	28	1.98
203536680--203536822	24	6.0	23	83	7	180	29	22	20	27	1.99
203536679--203536822	47	3.0	47	88	4	209	29	22	20	27	1.98
203537015--203537078	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
203547138--203547202	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
203547308--203547396	26	3.2	28	81	10	112	17	24	24	32	1.97
203551071--203555814	542	8.9	541	92	4	7718	33	10	18	36	1.86
203553468--203555814	540	4.4	540	93	2	3883	34	10	18	36	1.86
203566856--203566894	8	4.9	8	83	0	51	43	23	23	10	1.84
203566851--203566896	16	2.9	16	83	3	58	47	21	21	8	1.77
203566852--203566902	24	2.1	24	85	0	66	49	19	21	9	1.77
203567136--203567226	29	3.2	29	87	1	130	26	14	29	29	1.95
203568231--203568278	21	2.2	21	82	10	53	20	4	18	56	1.58
203575526--203575556	16	1.9	16	93	0	53	80	0	3	16	0.83
203575522--203575557	11	3.3	11	88	0	54	80	0	2	16	0.83
203575565--203575604	14	2.9	13	88	3	53	77	2	2	17	0.99
203578981--203579015	18	1.9	18	100	0	70	28	14	28	28	1.95
203582103--203582286	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
203590260--203590517	40	6.5	40	86	2	324	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203592538--203592690	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
203592539--203592720	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
203600624--203600776	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
203600625--203600806	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
203609119--203609151	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
203612479--203612627	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
203612520--203612627	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
203626581--203626723	40	3.6	40	80	2	146	25	26	19	27	1.99
203628760--203629001	49	4.9	50	82	4	292	25	18	26	28	1.98
203630744--203630844	29	3.5	28	86	5	130	26	13	32	26	1.94
203634214--203634280	27	2.5	27	90	0	89	14	19	26	38	1.91
203634228--203634288	27	2.3	27	97	0	113	16	21	19	42	1.89
203636002--203636115	29	4.0	28	76	9	99	28	28	16	27	1.97
203638338--203638371	18	1.9	17	94	5	59	41	5	17	35	1.74
203641205--203641385	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
203641207--203641377	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
203644333--203644411	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
203644324--203644410	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
203646313--203646493	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
203646315--203646485	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
203649436--203649514	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
203649427--203649513	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203653650--203653834	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
203653649--203653855	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
203653648--203653855	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
203661618--203661822	40	5.2	39	83	4	223	26	22	26	24	2.00
203661617--203661822	80	2.6	80	83	5	247	26	22	26	25	2.00
203665644--203665689	19	2.3	20	92	7	85	26	10	15	47	1.78
203666078--203666199	46	2.7	46	89	0	181	40	24	10	24	1.87
203668745--203668784	15	2.7	15	92	0	62	42	12	15	30	1.83
203672436--203672498	31	2.0	31	93	0	108	55	4	23	15	1.59
203673662--203673829	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770