Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  28  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8110261--8111084
133
6.2
133
93
0
1288
28
18
24
28
1.98
8110713--8110909
45
4.4
46
69
11
149
30
17
25
26
1.97
8111092--8111258
90
1.9
90
89
0
262
32
19
20
27
1.97
8111150--8111346
44
4.4
44
72
8
141
28
21
22
26
1.99
8113338--8113370
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
8116182--8116234
27
2.0
27
92
0
88
11
28
24
35
1.90
8131376--8131507
45
2.9
45
86
0
174
40
12
19
27
1.88
8131423--8131497
24
3.2
24
66
11
66
42
10
21
25
1.85
8131390--8131505
22
5.2
22
61
15
58
41
13
18
25
1.88
8131579--8131691
34
3.3
35
80
3
97
44
14
11
30
1.80
8135371--8135448
18
4.3
18
85
0
111
30
20
14
34
1.92
8142646--8142707
30
2.1
31
82
11
76
48
8
0
43
1.32
8144497--8144603
44
2.4
44
84
3
124
28
22
14
34
1.94
8146272--8146296
6
4.2
6
100
0
50
20
0
0
80
0.72
8158468--8158508
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
8160077--8160113
20
1.9
20
88
5
58
40
0
8
51
1.32
8162274--8162734
46
10.0
46
88
0
580
41
15
23
20
1.90
8162284--8162689
139
2.9
139
95
0
706
40
15
23
19
1.90
8162284--8162756
139
3.4
138
91
1
680
41
15
23
19
1.89
8165387--8165423
20
1.9
20
88
5
58
40
0
8
51
1.32
8167592--8167963
46
8.2
45
85
5
439
42
15
23
19
1.89
8182820--8182860
21
2.0
21
90
0
64
29
19
29
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8184758--8184791
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
8191247--8191290
23
1.9
24
86
9
65
59
6
2
31
1.36
8209624--8209751
46
2.8
47
92
3
215
29
28
21
19
1.98
8209632--8209771
46
3.0
45
87
6
142
29
28
21
20
1.98
8217138--8217313
46
3.8
46
78
11
189
29
28
21
21
1.98
8217145--8217316
93
1.8
93
92
2
292
28
28
21
21
1.99
8218793--8218821
14
2.1
14
100
0
58
6
41
20
31
1.79
8226034--8226249
109
2.0
111
88
3
330
42
29
9
18
1.82
8228651--8228689
17
2.3
17
86
8
53
25
0
0
74
0.82
8237324--8237410
21
4.0
23
80
10
92
37
25
21
14
1.92
8238934--8238964
5
6.0
5
92
7
53
61
0
0
38
0.96
8249359--8249404
22
2.0
23
87
4
67
32
8
15
43
1.77
8251355--8251464
26
4.2
26
97
0
184
33
5
24
36
1.79
8257135--8257244
26
4.2
26
97
0
184
33
5
24
36
1.79
8259966--8260015
10
5.0
10
85
4
66
22
8
0
70
1.13
8263843--8263870
14
2.0
14
100
0
56
14
7
0
78
0.95
8263846--8263909
21
3.1
21
76
10
69
7
4
4
82
0.93
8263890--8263922
13
2.5
13
90
9
50
0
9
9
81
0.87
8271297--8271322
12
2.2
12
100
0
52
11
42
30
15
1.82
8271310--8271380
35
2.0
35
88
0
106
29
30
22
16
1.96
8279231--8279282
13
4.0
13
87
7
70
25
1
3
69
1.16
8279225--8279275
9
5.8
9
76
21
54
23
0
1
74
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8281702--8281782
27
3.0
27
96
0
144
30
7
45
16
1.74
8294965--8295027
5
13.0
5
79
12
53
19
3
0
77
0.90
8294972--8295025
20
2.7
20
81
16
67
20
1
0
77
0.86
8294954--8295027
16
4.6
16
76
15
64
16
4
0
79
0.87
8294965--8295038
37
2.0
37
84
10
98
22
2
1
72
1.04
8295954--8296184
118
2.0
118
91
0
372
23
17
30
28
1.97
8298267--8298362
21
4.5
21
89
2
129
36
27
22
13
1.92
8298267--8298372
42
2.5
43
84
3
142
35
26
22
15
1.93
8298745--8298802
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
8300072--8300118
5
9.2
5
97
2
85
57
0
0
42
0.98
8300141--8300169
8
3.6
8
100
0
58
62
0
0
37
0.96
8301513--8301663
72
2.1
72
83
0
185
32
13
6
47
1.69
8316443--8316478
18
2.1
17
89
5
54
63
0
2
33
1.08
8320372--8320425
26
2.1
25
83
10
65
55
3
9
31
1.49
8321347--8321372
12
2.2
12
100
0
52
69
7
7
15
1.35
8332837--8332899
27
2.3
26
76
10
63
50
11
0
38
1.38
8332866--8332895
15
2.0
15
93
0
51
40
10
0
50
1.36
8337095--8337196
51
2.0
51
100
0
204
35
11
15
37
1.84
8338247--8338280
17
1.9
18
94
5
61
50
8
5
35
1.58
8348531--8348599
29
2.3
29
90
5
102
27
8
7
56
1.56
8349834--8349869
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
8354557--8354639
40
2.1
40
90
0
130
44
2
7
45
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8355833--8355869
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
8356336--8356372
2
18.5
2
94
0
65
51
2
0
45
1.15
8356362--8356422
21
2.9
21
83
11
63
49
1
9
39
1.46
8356379--8356422
21
2.2
20
91
4
70
52
2
6
38
1.41
8356442--8356509
33
2.1
33
88
5
102
60
8
1
29
1.36
8356475--8356537
26
2.4
27
78
5
74
58
6
3
31
1.39
8356442--8356561
28
4.2
28
75
18
81
56
8
1
33
1.39
8356475--8356561
26
3.3
26
75
15
72
55
6
2
35
1.40
8356658--8356709
3
17.7
3
92
4
88
69
0
0
30
0.89
8357374--8357482
26
4.2
26
95
1
184
33
4
24
36
1.76
8361046--8361096
21
2.4
21
90
0
84
31
0
33
35
1.58
8361619--8361668
2
25.0
2
95
0
91
50
2
0
48
1.12
8362438--8362475
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
8362657--8362856
72
2.8
72
85
0
274
32
11
11
45
1.75
8374407--8374451
22
2.0
22
100
0
90
42
22
8
26
1.83
8376635--8376851
72
3.0
72
82
2
265
32
12
10
44
1.76
8377210--8377297
44
2.0
44
90
0
140
29
22
10
37
1.87
8378603--8378636
14
2.4
15
90
9
54
2
14
0
82
0.79
8379410--8379461
19
2.9
18
78
16
54
23
1
3
71
1.13
8379917--8379960
12
3.6
12
78
6
52
22
9
2
65
1.32
8379912--8379984
26
2.9
25
82
8
78
24
5
2
67
1.26
8380232--8380329
18
5.5
18
87
4
146
39
11
12
36
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8380223--8380327
35
2.9
35
92
4
165
39
10
12
38
1.77
8380813--8380872
17
3.5
17
74
21
63
33
1
0
65
1.03
8380814--8380872
16
3.5
16
76
23
59
33
1
0
64
1.04
8380849--8380898
26
1.9
26
83
0
64
34
4
2
60
1.27
8382199--8382256
2
29.5
2
84
3
73
41
0
5
53
1.23
8394254--8394555
73
4.1
75
81
8
343
29
19
19
31
1.96
8394254--8394560
146
2.1
146
85
4
418
28
18
19
32
1.96
8394544--8394577
16
2.1
16
88
0
50
17
8
0
73
1.08
8394635--8394670
14
2.7
13
83
8
54
30
13
8
47
1.73
8394574--8394789
88
2.5
88
87
4
285
27
14
20
36
1.92
8395672--8395703
16
1.9
17
93
6
57
3
12
0
84
0.74
8396822--8396900
26
3.0
26
80
7
81
25
5
2
67
1.24
8399994--8400026
2
17.0
2
93
6
59
48
0
0
51
1.00
8401161--8401216
28
2.0
28
92
0
94
44
12
3
39
1.60
8402267--8402374
43
2.5
43
86
1
162
29
31
22
16
1.96
8405406--8405454
23
2.2
21
79
13
53
38
42
4
14
1.64
8405411--8405455
23
2.0
22
86
8
63
37
42
4
15
1.67
8406203--8406258
16
4.0
16
68
31
56
0
53
0
46
1.00
8406211--8406269
25
2.4
25
100
0
118
0
47
0
52
1.00
8411021--8411056
12
3.0
12
91
0
54
27
25
8
38
1.84
8413701--8413832
25
5.3
24
95
4
219
37
25
3
33
1.74
8413701--8413832
49
2.6
50
96
2
239
37
25
3
33
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8417968--8418020
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
8419453--8419583
24
5.2
25
93
6
214
38
24
3
33
1.74
8419453--8419583
50
2.6
50
95
3
230
38
24
3
33
1.74
8420389--8420455
33
2.0
33
97
0
125
35
23
29
10
1.89
8425034--8425199
40
4.2
40
78
8
162
25
22
27
24
2.00
8425034--8425183
79
1.9
79
84
5
205
26
22
27
24
2.00
8433039--8433205
40
4.2
40
78
6
160
25
22
27
24
2.00
8436141--8436283
71
2.0
71
98
0
277
25
24
23
25
2.00
8440060--8440152
46
2.0
46
87
0
132
40
13
21
23
1.89
8440607--8440650
23
1.9
23
100
0
88
56
11
9
22
1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770