Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  122  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
35550636--35550682
6
7.5
6
90
9
76
80
2
0
17
0.80
35550636--35550676
20
2.0
20
90
0
64
80
2
0
17
0.82
35550704--35550761
9
6.4
9
80
7
55
25
10
22
41
1.85
35550711--35550761
18
2.8
18
84
0
66
25
9
21
43
1.83
35550704--35550761
27
2.1
27
87
0
80
25
10
22
41
1.85
35550729--35550769
18
2.3
18
91
0
64
31
9
14
43
1.78
35550711--35550769
27
2.2
27
81
0
64
28
8
18
44
1.79
35551849--35551894
20
2.3
20
100
0
92
36
23
15
23
1.93
35553301--35553344
13
3.4
13
78
12
54
31
6
20
40
1.79
35555420--35555629
72
2.9
72
89
2
314
55
15
7
22
1.64
35556057--35556122
18
3.7
18
97
0
123
39
12
13
34
1.82
35559914--35559966
23
2.5
21
85
11
72
54
0
11
33
1.36
35559914--35559960
23
2.1
23
92
4
78
57
0
10
31
1.33
35565503--35565555
24
2.2
24
82
0
61
58
7
1
32
1.37
35566487--35566518
16
2.0
16
100
0
64
56
12
0
31
1.37
35567733--35567767
18
2.0
18
88
5
54
40
5
17
37
1.73
35570301--35570357
12
4.9
12
79
12
66
77
1
7
14
1.06
35570299--35570357
6
10.2
6
76
10
52
77
1
6
13
1.03
35572713--35572752
2
20.5
2
84
5
55
47
2
0
50
1.14
35574086--35574209
56
2.2
56
92
0
203
34
24
13
27
1.93
35580905--35581032
56
2.3
57
84
4
179
37
22
11
28
1.89
35583206--35583234
13
2.1
14
93
6
51
0
20
0
79
0.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
35586901--35586956
13
4.5
12
82
6
67
33
3
0
62
1.12
35586901--35586971
36
1.9
37
83
8
92
36
2
1
59
1.21
35587275--35587315
21
2.0
21
90
0
64
24
0
2
73
0.96
35587340--35587400
21
2.8
22
79
16
65
29
4
0
65
1.13
35588940--35589122
91
2.0
91
96
0
339
22
14
12
49
1.77
35600575--35600614
21
1.9
21
94
0
71
30
10
12
47
1.74
35602265--35602332
24
2.8
24
86
8
102
27
19
7
45
1.76
35602508--35602563
15
3.8
15
80
20
73
46
0
0
53
1.00
35602668--35602884
9
23.6
9
76
9
134
47
12
0
38
1.48
35602664--35602884
27
8.0
27
76
11
153
47
12
0
38
1.48
35602684--35602908
105
2.2
105
82
4
285
48
12
0
38
1.47
35602796--35602855
17
3.4
17
76
4
66
50
10
1
38
1.46
35602754--35602958
105
2.0
102
80
6
234
47
13
0
38
1.49
35608523--35608573
21
2.4
21
80
0
66
29
19
49
1
1.60
35608827--35608893
31
2.2
31
86
0
89
17
2
17
61
1.47
35608968--35609188
43
5.1
43
95
1
379
23
33
18
23
1.97
35610053--35610093
2
21.0
2
95
5
75
51
0
0
48
1.00
35611453--35611489
12
3.1
12
92
0
56
67
0
32
0
0.91
35615647--35615671
13
1.9
13
100
0
50
0
12
0
88
0.53
35617623--35617668
2
23.5
2
95
4
85
50
0
0
50
1.00
35619682--35619706
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
35620644--35620676
2
16.5
2
93
0
57
0
45
0
54
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
35624302--35624376
31
2.6
30
83
8
84
28
14
9
48
1.75
35628512--35628544
16
2.1
16
94
0
57
72
0
0
27
0.85
35628512--35628546
17
2.1
16
89
5
52
71
0
0
28
0.86
35628598--35628651
26
2.2
26
93
6
94
61
9
3
25
1.43
35629617--35629647
3
10.3
3
100
0
62
32
67
0
0
0.91
35643357--35643519
82
2.0
81
90
1
254
41
12
10
34
1.78
35650293--35650357
32
2.0
32
85
11
89
29
1
3
66
1.16
35650573--35650615
21
2.0
21
100
0
86
39
13
4
41
1.66
35651217--35651248
16
2.0
16
100
0
64
37
12
18
31
1.88
35656151--35656543
197
2.0
197
97
1
752
24
18
18
38
1.93
35661927--35661972
17
2.8
17
71
15
51
36
4
0
58
1.18
35671372--35671402
14
2.2
14
94
0
53
51
0
0
48
1.00
35674360--35674393
16
2.2
15
89
5
50
23
0
0
76
0.79
35679329--35679380
22
2.4
21
81
12
61
75
1
3
19
1.06
35679338--35679418
35
2.2
35
81
14
85
70
2
4
22
1.19
35679532--35679574
2
21.5
2
100
0
86
51
0
0
48
1.00
35691144--35691174
15
2.0
16
93
6
55
32
16
51
0
1.44
35691150--35691245
21
4.6
21
83
10
133
29
20
50
0
1.49
35701837--35702007
47
3.6
48
82
7
181
30
26
14
28
1.95
35702029--35702177
31
4.8
31
89
0
217
26
26
19
28
1.99
35702153--35702281
50
2.5
51
87
2
188
25
21
16
36
1.94
35705622--35705646
13
1.9
13
100
0
50
36
0
0
64
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
35711973--35712018
21
2.2
21
84
3
58
36
2
0
60
1.09
35720588--35720613
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
35725005--35725062
28
2.1
28
83
6
73
17
15
10
56
1.66
35728361--35728401
4
10.2
4
100
0
82
24
0
24
51
1.49
35736256--35736280
13
1.9
13
100
0
50
24
0
0
76
0.80
35753297--35753344
24
2.0
24
100
0
96
50
25
8
16
1.73
35753525--35753570
22
2.1
22
100
0
92
36
13
15
34
1.86
35759909--35759955
14
2.8
17
75
24
55
53
2
4
40
1.32
35764568--35764595
5
5.6
5
100
0
56
17
39
0
42
1.50
35771730--35771767
20
1.9
19
94
5
67
39
7
5
47
1.55
35772565--35772645
38
2.1
38
95
0
144
39
6
22
32
1.79
35774754--35774861
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
35778352--35778378
4
6.8
4
100
0
54
51
0
0
48
1.00
35800571--35800621
15
3.4
15
71
10
50
23
17
17
41
1.90
35800573--35800633
30
2.0
30
96
0
113
21
18
19
40
1.91
35802023--35802048
2
13.0
2
100
0
52
50
0
50
0
1.00
35807107--35807165
29
2.0
29
83
3
73
30
8
11
49
1.69
35810197--35810266
34
2.1
34
94
2
124
57
10
5
27
1.54
35825841--35825879
20
2.0
20
89
0
60
30
10
7
51
1.64
35828003--35828032
6
4.8
6
95
4
51
83
3
0
13
0.77
35836860--35836913
27
2.0
26
86
10
74
55
0
3
40
1.17
35837542--35837573
7
4.4
7
96
4
55
50
0
12
37
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
35838292--35838427
70
1.9
70
95
0
245
44
12
4
38
1.62
35840811--35840837
12
2.2
12
100
0
54
25
7
0
66
1.17
35860229--35860268
19
2.1
19
100
0
80
25
15
30
30
1.95
35867573--35867656
23
3.7
23
82
3
107
35
7
22
34
1.82
35867573--35867834
46
5.9
46
72
10
195
30
6
25
37
1.81
35867680--35867820
23
6.1
23
81
6
126
30
4
26
39
1.75
35867539--35867776
129
1.8
129
87
1
352
29
6
25
39
1.80
35869632--35869763
35
3.8
35
79
6
160
22
28
13
34
1.92
35869632--35869762
70
1.9
70
90
3
210
22
29
13
34
1.93
35882827--35882855
9
3.0
10
90
10
51
41
0
0
58
0.98
35883087--35883124
20
1.9
20
84
10
51
63
5
0
31
1.17
35883118--35883168
21
2.4
22
80
9
61
62
3
0
33
1.13
35883087--35883152
28
2.3
27
78
16
71
60
6
0
33
1.21
35883227--35883274
21
2.4
19
83
10
60
64
4
0
31
1.12
35883296--35883358
22
3.0
21
80
8
60
69
6
4
19
1.28
35883318--35883376
11
5.7
11
76
9
54
72
1
1
23
1.02
35886403--35887368
482
2.0
482
100
0
1932
37
14
18
29
1.91
35889807--35889864
21
2.9
21
80
14
77
12
15
24
48
1.79
35893197--35893228
16
2.0
16
100
0
64
43
6
25
25
1.77
35895041--35895111
35
2.1
35
97
2
135
19
19
14
46
1.84
35896319--35896401
39
2.1
39
90
0
130
21
39
18
20
1.92
35898692--35898754
31
2.0
31
100
0
126
6
33
3
57
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
35903555--35903663
56
2.0
53
82
12
132
36
18
16
28
1.92
35904856--35905022
40
4.2
40
78
6
160
25
22
27
24
2.00
35911548--35911656
56
2.0
53
82
12
132
36
18
16
28
1.92
35912850--35913016
40
4.2
40
78
6
160
25
22
27
24
2.00
35917904--35918224
49
6.7
48
92
2
423
32
9
29
28
1.88
35922098--35922203
52
2.0
52
100
0
212
33
9
13
43
1.76
35922419--35922461
22
2.0
22
90
9
70
20
13
27
37
1.91
35926569--35926783
94
2.3
90
83
6
254
26
20
29
23
1.98
35926569--35926820
46
5.5
44
73
13
163
26
19
29
24
1.99
35934308--35934351
19
2.3
19
84
0
52
45
0
2
52
1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770