Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  337  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103103597--103103621
13
1.9
13
100
0
50
68
16
8
8
1.38
103104401--103104451
21
2.5
20
78
9
57
33
5
13
47
1.67
103110421--103110506
40
2.2
39
85
2
109
24
17
27
30
1.97
103127164--103127232
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
103128859--103128896
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
103135247--103135492
40
6.3
38
82
9
234
26
26
21
26
1.99
103135280--103135499
77
2.8
78
84
8
279
26
26
22
24
2.00
103135280--103135499
40
5.7
39
85
8
272
26
26
22
24
2.00
103143386--103143605
40
5.5
40
81
7
216
26
26
21
25
2.00
103145180--103145346
23
7.1
23
92
3
271
28
21
22
27
1.99
103145180--103145347
47
3.6
47
93
2
284
28
21
22
27
1.99
103145159--103145347
24
8.0
24
91
4
287
28
22
22
27
1.99
103145405--103145461
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
103145393--103145463
20
3.5
20
94
0
124
32
21
11
35
1.89
103145398--103145452
11
5.4
11
70
16
55
30
20
12
36
1.90
103150834--103151121
47
6.1
47
88
3
398
31
11
30
26
1.92
103150834--103151121
98
3.0
94
87
4
407
31
11
30
26
1.92
103150834--103151121
145
2.0
140
90
3
450
31
11
30
26
1.92
103151095--103151231
46
3.0
46
86
0
193
35
8
29
25
1.86
103158978--103159046
18
3.8
18
86
0
102
43
11
20
24
1.85
103159391--103159578
27
7.0
26
76
8
130
37
19
12
30
1.88
103159387--103159578
54
3.5
53
79
8
210
36
19
13
29
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103159378--103159566
81
2.3
81
86
0
261
37
19
12
30
1.88
103162998--103163191
27
7.2
27
80
6
205
38
19
13
28
1.90
103162994--103163191
81
2.4
81
88
3
308
38
19
13
28
1.90
103165310--103165490
40
4.6
40
90
2
267
23
20
30
25
1.98
103169846--103170021
46
3.8
46
79
12
216
20
20
28
30
1.98
103169843--103170014
93
1.8
93
96
0
317
20
20
29
29
1.98
103171894--103172026
47
2.8
49
79
16
172
29
29
20
21
1.98
103171902--103172042
46
3.0
44
77
14
135
29
29
19
21
1.98
103185035--103185082
18
2.7
18
80
6
53
47
14
14
22
1.81
103186292--103186339
3
16.0
3
100
0
96
33
0
0
66
0.92
103187946--103188143
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
103188012--103188129
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
103187980--103188143
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
103195517--103195714
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
103195583--103195700
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
103195551--103195714
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
103197988--103198086
40
2.5
40
96
0
180
28
17
23
31
1.97
103203747--103203827
27
2.9
28
87
7
121
33
22
22
22
1.97
103203728--103203827
27
3.6
27
85
5
119
33
22
23
22
1.98
103203937--103203998
28
2.2
28
91
0
97
30
9
27
32
1.89
103205045--103205077
12
2.6
13
85
9
50
45
0
45
9
1.35
103206652--103206704
26
2.0
26
82
14
63
71
1
3
22
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103211210--103211367
40
4.0
40
79
4
151
26
24
26
22
2.00
103211210--103211397
80
2.3
80
79
12
206
26
23
27
22
2.00
103219731--103219803
29
2.5
29
93
0
101
26
31
16
26
1.96
103233766--103233823
29
2.0
29
100
0
116
31
13
17
37
1.89
103234982--103235009
14
2.0
14
100
0
56
35
21
7
35
1.81
103235550--103235595
23
2.0
23
100
0
92
39
13
13
34
1.83
103240251--103240290
15
2.7
15
88
7
55
77
0
5
17
0.94
103240954--103240978
11
2.3
11
100
0
50
28
0
8
64
1.22
103241562--103241601
21
1.9
21
89
0
62
57
0
12
30
1.36
103241726--103241754
14
2.1
14
100
0
58
51
13
0
34
1.42
103243442--103243481
19
2.1
19
90
0
62
52
2
15
30
1.55
103244979--103245011
16
2.1
16
94
0
57
39
12
9
39
1.74
103250695--103250723
14
2.1
14
100
0
58
27
13
6
51
1.66
103254890--103254958
21
3.3
21
87
2
95
11
24
8
55
1.64
103257324--103257417
18
5.4
18
92
3
131
28
9
25
36
1.87
103265665--103265692
14
2.0
14
100
0
56
14
14
0
71
1.15
103265689--103265767
5
14.2
6
80
17
66
32
2
16
48
1.60
103265690--103265771
11
7.5
11
69
23
50
32
2
17
47
1.60
103265726--103265771
20
2.2
21
92
7
85
32
0
19
47
1.50
103273943--103274004
32
1.9
32
96
0
115
38
22
9
29
1.86
103278122--103278165
22
2.0
22
100
0
88
54
4
22
18
1.61
103280397--103280440
21
2.1
21
83
8
54
63
2
9
25
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103290346--103290373
13
2.2
13
100
0
56
50
14
7
28
1.69
103297669--103297730
32
1.9
32
96
0
115
29
9
22
38
1.86
103305906--103305984
5
14.2
6
77
19
66
48
16
2
32
1.60
103305902--103305947
20
2.2
21
92
7
85
47
19
0
32
1.50
103305902--103305948
11
4.5
11
87
12
73
46
19
0
34
1.50
103305981--103306008
14
2.0
14
100
0
56
71
0
14
14
1.15
103314257--103314350
18
5.4
18
92
3
131
36
25
9
28
1.87
103314257--103314337
9
9.0
9
70
0
54
34
27
9
28
1.89
103316716--103316804
21
4.1
21
84
5
90
53
10
23
12
1.68
103316716--103316784
21
3.3
21
87
2
95
55
8
24
11
1.64
103322603--103322753
40
3.8
39
80
6
153
27
23
27
22
1.99
103322640--103322769
40
3.3
39
80
4
161
24
23
27
24
2.00
103336448--103336489
5
8.6
5
80
15
52
61
2
0
35
1.09
103336448--103336498
13
3.7
13
80
14
57
60
3
0
35
1.15
103352675--103352866
40
4.8
40
85
2
260
27
26
21
24
1.99
103352651--103352866
80
2.7
80
83
7
255
28
25
21
24
1.99
103360906--103361126
40
5.6
40
85
4
279
27
26
21
25
1.99
103369778--103369923
43
3.4
43
80
12
142
27
15
24
32
1.95
103374970--103375008
10
3.9
10
86
0
51
61
10
0
28
1.28
103387102--103387363
27
9.8
26
85
4
292
29
22
8
40
1.83
103387088--103387391
54
5.6
54
83
1
198
31
22
8
38
1.83
103387102--103387362
81
3.2
81
88
2
337
29
21
8
40
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103386999--103387565
27
20.9
27
77
10
133
35
20
8
35
1.83
103387102--103387392
81
3.6
80
84
5
334
30
21
8
39
1.83
103387153--103387491
81
4.2
80
79
7
236
33
21
8
36
1.83
103387342--103387481
54
2.6
53
78
9
149
40
22
7
29
1.82
103387315--103387594
27
10.3
27
75
9
122
38
20
8
32
1.83
103387624--103387716
27
3.4
27
88
2
125
35
20
24
19
1.96
103388878--103388925
25
1.9
25
86
0
69
37
25
12
25
1.91
103388964--103389020
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
103388962--103389024
20
3.2
20
95
0
117
36
12
19
31
1.89
103389078--103389243
24
7.0
24
87
4
221
30
22
20
26
1.98
103389078--103389244
47
3.5
48
87
4
232
30
22
20
26
1.98
103389078--103389243
71
2.3
71
89
3
244
30
22
20
26
1.98
103389436--103389499
31
2.1
31
87
0
92
37
15
21
25
1.93
103395537--103395727
40
4.8
40
84
2
224
23
24
28
23
1.99
103398438--103398990
275
2.0
275
91
0
890
27
16
22
34
1.95
103399859--103399898
21
1.9
21
85
10
55
30
17
20
32
1.95
103406696--103406861
40
4.1
40
90
0
233
27
21
27
23
1.99
103406733--103406888
80
2.0
80
84
0
204
29
21
26
22
1.99
103413462--103413651
47
4.1
47
90
1
258
33
11
30
25
1.91
103413626--103413761
46
3.0
46
85
1
184
35
8
30
25
1.85
103417762--103417854
47
2.0
47
89
4
143
33
1
38
26
1.64
103417758--103417856
24
4.2
24
90
3
148
33
1
40
25
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103417980--103418050
38
1.9
37
82
5
90
5
35
1
57
1.31
103419256--103419364
27
4.2
26
89
5
157
14
24
22
37
1.92
103419256--103419364
52
2.1
53
89
1
166
14
24
22
37
1.92
103425534--103425634
24
4.2
24
90
0
148
33
2
39
23
1.70
103427031--103427141
54
2.1
53
82
1
132
15
24
20
39
1.91
103427031--103427141
27
4.1
27
80
5
100
15
24
20
39
1.91
103430422--103430555
40
3.3
40
79
14
134
26
13
29
31
1.94
103430423--103430581
41
3.9
39
74
16
119
27
13
27
31
1.94
103430544--103430641
42
2.3
42
87
0
142
22
21
21
34
1.97
103432096--103432155
29
2.0
29
83
3
75
40
21
20
18
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770