genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.501.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  501  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154985702--154985953	54	4.6	54	77	9	183	31	9	20	38	1.84
154985785--154985938	80	1.9	81	86	6	224	30	8	20	40	1.82
154985931--154986139	27	7.9	27	86	5	257	39	8	23	28	1.84
154985932--154986133	80	2.5	81	86	4	268	40	8	22	28	1.84
154985932--154986139	107	2.0	106	87	4	303	39	8	23	28	1.84
154986145--154986234	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
154985805--154986193	80	4.8	79	73	10	245	35	8	22	33	1.85
154986145--154986249	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
154989252--154989393	23	6.1	23	84	8	189	26	21	22	30	1.99
154989230--154989394	48	3.5	47	83	10	212	25	21	22	30	1.99
154989231--154989394	71	2.3	69	88	7	233	25	21	22	29	1.99
154989452--154989508	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
154989448--154989510	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
154995740--154995923	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
154995780--154995968	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
155004628--155004850	39	5.7	40	86	4	267	25	26	21	26	2.00
155004628--155004848	79	2.8	78	83	8	261	25	26	21	26	2.00
155020728--155020837	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
155028780--155028889	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
155031390--155031453	27	2.4	27	84	5	76	32	15	23	28	1.95
155032112--155032163	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
155037136--155037275	69	2.0	69	100	0	280	26	17	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155040657--155040821	40	4.2	39	75	6	147	26	23	27	23	2.00
155040658--155040805	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
155040657--155040821	78	2.1	78	81	7	192	26	23	27	23	2.00
155048640--155048790	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
155048676--155048806	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
155050227--155050266	16	2.5	16	100	0	80	12	7	10	70	1.35
155053115--155053178	32	2.0	32	93	0	110	34	15	25	25	1.95
155057375--155057436	31	2.0	31	100	0	124	29	3	6	61	1.37
155059233--155059272	21	1.9	21	85	10	55	55	20	25	0	1.44
155069644--155069714	23	3.0	22	81	10	70	35	2	4	57	1.33
155076921--155077038	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
155076889--155077052	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
155084491--155084608	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
155084459--155084622	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
155086194--155086368	46	3.8	44	76	11	174	21	19	29	29	1.98
155086190--155086358	92	1.8	92	90	0	275	21	19	30	27	1.98
155089529--155089713	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
155089528--155089734	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
155089527--155089734	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
155097460--155097644	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
155097459--155097665	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
155097458--155097665	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155105417--155105601	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
155105416--155105622	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
155105415--155105622	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
155118281--155118340	24	2.5	24	100	0	120	33	0	38	28	1.57
155119771--155119862	27	3.3	27	76	3	76	17	20	25	36	1.94
155119794--155119880	27	3.2	28	82	9	92	16	20	24	39	1.92
155124418--155124608	40	4.8	40	86	0	238	26	23	26	23	2.00
155124416--155124634	80	2.7	79	80	3	249	26	24	25	23	2.00
155124418--155124649	40	5.8	39	82	8	209	27	23	25	23	2.00
155124418--155124649	120	1.9	120	82	3	288	27	23	25	23	2.00
155124579--155124661	39	2.1	40	82	6	98	26	26	25	21	2.00
155132504--155132722	40	5.5	40	84	7	259	26	23	26	24	2.00
155141760--155141962	40	5.1	40	81	3	203	24	27	22	26	2.00
155141760--155141962	80	2.5	80	84	3	239	24	27	22	26	2.00
155155899--155155983	26	3.3	26	67	23	79	24	12	25	36	1.92
155155896--155156177	50	5.6	50	83	2	323	24	17	25	32	1.97
155155900--155156174	151	1.8	152	88	1	426	23	16	26	33	1.96
155156389--155156418	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
155160219--155160376	27	5.9	27	80	0	174	24	12	17	45	1.82
155160219--155160366	54	2.7	54	90	0	233	25	10	17	46	1.80
155160219--155160376	81	2.0	80	82	3	192	24	12	17	45	1.82
155170930--155170997	30	2.3	30	87	5	93	32	27	2	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155170949--155171010	30	2.1	30	100	0	124	25	29	3	41	1.71
155173076--155173228	53	2.8	52	86	3	189	26	13	16	43	1.86
155173077--155173233	80	2.0	80	84	2	208	25	13	17	43	1.86
155173076--155173228	27	5.7	27	79	3	166	26	13	16	43	1.86
155173548--155173594	18	2.6	18	86	0	67	21	17	17	44	1.86
155177260--155177324	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
155178179--155178213	18	2.1	16	89	10	52	51	0	20	28	1.47
155187375--155187459	41	2.1	41	97	0	161	18	15	23	42	1.88
155194215--155194273	6	10.2	6	98	1	104	83	0	0	16	0.66
155196643--155196835	29	6.7	29	93	0	305	30	21	15	33	1.94
155196643--155196862	87	2.5	87	88	1	325	29	24	15	31	1.95
155196645--155196862	58	3.8	58	89	1	303	29	24	15	31	1.95
155206098--155206131	17	2.0	17	100	0	68	47	17	0	35	1.48
155209141--155209176	18	2.0	18	100	0	72	27	11	11	50	1.72
155209244--155209296	23	2.2	24	90	3	81	41	1	1	54	1.22
155209737--155209766	12	2.5	12	94	0	51	56	20	3	20	1.56
155212317--155212732	208	2.0	205	96	1	769	37	12	12	37	1.80
155219213--155219390	89	2.0	89	100	0	356	40	17	12	29	1.86
155219591--155219847	40	6.5	40	87	2	315	25	28	22	22	1.99
155234286--155234493	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
155234287--155234493	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
155242435--155242642	40	5.2	40	83	0	209	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155242436--155242642	80	2.6	80	83	4	247	25	23	26	25	2.00
155253967--155254126	39	4.1	39	94	0	266	25	30	23	21	1.99
155256940--155257160	28	7.8	28	72	3	181	29	35	18	17	1.93
155256919--155257162	57	4.2	57	90	1	380	29	36	17	17	1.92
155256919--155257132	29	7.4	29	71	4	173	30	36	16	16	1.91
155259172--155259215	22	2.0	22	100	0	88	40	18	9	31	1.81
155259418--155259577	39	4.1	39	95	0	275	25	30	22	21	1.99
155261643--155261706	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
155261898--155262054	47	3.3	46	89	5	217	31	22	21	24	1.98
155261898--155262054	24	6.7	23	89	4	217	31	22	21	24	1.98
155265852--155265898	20	2.3	20	92	0	76	34	21	12	31	1.91
155270216--155270379	40	4.1	40	79	3	177	24	21	28	25	1.99
155270212--155270379	80	2.1	80	82	2	203	25	22	27	25	2.00
155274472--155274603	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
155287753--155287920	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
155287769--155287918	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
155295430--155295532	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
155298869--155299036	40	4.2	40	77	3	151	23	26	22	27	2.00
155299469--155299571	38	2.7	38	83	0	107	28	22	24	25	1.99
155300542--155300574	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
155314947--155315022	40	1.9	40	84	10	102	22	7	1	68	1.23
155322334--155322500	46	3.9	40	82	16	194	37	16	24	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155322377--155322549	46	3.8	46	89	1	240	39	15	23	20	1.91
155327576--155327742	46	4.0	39	78	19	160	37	16	25	21	1.93
155327615--155327787	46	3.8	46	89	1	240	39	15	23	20	1.91
155332808--155332983	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
155332805--155332976	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
155340377--155340552	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
155340374--155340545	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
155342153--155343121	48	20.0	48	92	1	1596	31	27	6	34	1.82
155345660--155345788	47	2.8	46	77	5	125	21	14	25	37	1.92
155356318--155356499	40	4.6	39	78	10	165	26	25	19	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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