Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  718  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
226965220--226965618
116
3.4
116
96
0
719
35
23
14
26
1.94
226965621--226965649
14
2.1
14
100
0
58
65
6
13
13
1.45
226965635--226965782
78
1.9
79
90
5
237
30
21
17
30
1.96
226965558--226965863
165
1.8
166
97
0
578
33
21
18
27
1.96
226978813--226978858
20
2.3
21
82
14
62
26
17
28
28
1.98
226978947--226978999
28
1.9
28
84
3
72
28
18
26
26
1.98
226984271--226984316
20
2.3
21
82
14
62
26
17
28
28
1.98
226984405--226984457
28
1.9
28
84
3
72
28
18
26
26
1.98
226985372--226985432
3
20.3
3
100
0
122
67
0
0
32
0.91
226988179--226988295
43
2.7
43
83
10
150
28
27
19
24
1.99
226996921--226997022
28
3.6
28
85
5
127
28
30
13
27
1.94
226999538--226999640
29
3.6
29
90
0
152
27
15
33
24
1.95
227007489--227007591
29
3.6
29
90
0
152
27
15
33
24
1.95
227011603--227011845
79
3.1
79
85
5
305
24
21
27
25
1.99
227011603--227011826
40
5.7
40
87
6
305
24
21
28
25
1.99
227020192--227020367
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
227020189--227020360
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
227027770--227027945
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
227027767--227027938
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
227030968--227031137
40
4.3
39
77
10
159
28
21
26
24
1.99
227034932--227035117
40
4.7
40
85
7
211
26
21
26
25
2.00
227034985--227035136
40
3.8
40
85
6
107
27
21
26
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
227034966--227035136
80
2.1
81
80
10
192
28
21
25
25
1.99
227041515--227041617
29
3.6
27
78
5
89
28
32
16
23
1.96
227049503--227049605
29
3.6
27
78
5
89
28
32
16
23
1.96
227054283--227054464
40
4.6
40
91
4
262
28
18
25
26
1.98
227054320--227054506
40
4.7
40
89
5
111
28
19
26
25
1.99
227057968--227058134
40
4.2
40
86
3
214
26
28
20
23
1.99
227057959--227058133
79
2.2
79
83
2
217
26
28
20
24
1.99
227059339--227059462
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227060667--227060789
40
3.1
40
90
3
178
26
28
21
23
1.99
227061995--227062118
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227063324--227063447
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227064651--227064774
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227065980--227066103
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227067309--227067432
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227068636--227068759
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227069965--227070088
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227071295--227071418
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227072623--227072746
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227073952--227074075
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227075280--227075403
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227076609--227076732
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
227077931--227078054
40
3.1
40
91
2
187
26
28
21
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
227079236--227079353
38
3.0
40
86
8
163
27
27
21
23
1.99
227082657--227082757
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
227090611--227090711
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
227096744--227096953
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
227105844--227106047
40
5.1
40
89
1
284
22
21
29
26
1.99
227105840--227106051
80
2.7
80
89
2
320
23
21
28
26
1.99
227115294--227115444
40
3.8
40
80
6
164
26
23
27
23
2.00
227115331--227115460
40
3.2
40
82
2
163
23
23
27
25
2.00
227123277--227123380
40
2.6
40
84
1
129
29
22
26
21
1.99
227124761--227124964
40
5.1
40
88
2
277
23
20
29
26
1.99
227124757--227124968
80
2.7
80
88
3
313
24
20
28
26
1.99
227129381--227129428
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
227129472--227129530
20
3.0
20
97
0
109
37
10
20
32
1.86
227129476--227129530
11
5.4
11
70
16
55
38
10
20
30
1.87
227129582--227129674
23
3.9
24
86
8
120
26
20
24
27
1.99
227129866--227129928
31
2.1
31
93
3
110
39
14
22
23
1.91
227132131--227132166
18
1.9
19
88
5
56
25
5
22
47
1.73
227132184--227132432
39
6.4
39
83
8
294
27
22
26
23
2.00
227140076--227140296
40
5.6
40
92
2
340
26
23
27
21
1.99
227148177--227148432
40
6.6
40
89
6
375
26
24
27
22
2.00
227150890--227150920
13
2.4
13
94
0
53
38
0
3
58
1.15
227160558--227160724
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
227168498--227168664
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
227175387--227175451
27
2.4
27
84
5
87
20
24
20
35
1.96
227175505--227175560
27
2.1
26
83
9
69
39
12
10
37
1.78
227175513--227176123
27
22.8
27
82
5
233
34
8
20
35
1.84
227175630--227175867
81
3.0
80
87
4
345
39
9
23
27
1.85
227175633--227175894
133
2.0
135
87
1
384
38
9
22
29
1.85
227175844--227176118
27
10.4
26
81
8
261
31
8
20
40
1.82
227175916--227176136
53
4.2
54
84
8
260
33
7
19
40
1.80
227175945--227176135
26
7.3
26
82
5
179
32
7
18
41
1.78
227177892--227177942
26
2.0
26
92
7
86
39
11
1
47
1.52
227183966--227184138
46
3.8
46
79
14
214
20
21
29
28
1.98
227187085--227187153
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
227187076--227187163
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
227189548--227189723
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
227189544--227189715
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
227192673--227192741
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
227192664--227192751
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
227195133--227195308
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
227195129--227195300
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
227204380--227204561
40
4.6
40
90
2
269
27
26
23
23
2.00
227212020--227212148
30
4.3
30
94
0
222
25
49
6
18
1.70
227212628--227212755
23
5.5
23
71
12
84
35
6
3
55
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
227212703--227212762
25
2.4
26
80
8
79
36
5
1
56
1.31
227212720--227212831
29
4.0
27
73
17
88
30
6
4
58
1.42
227212776--227212842
25
2.9
23
78
10
73
29
5
5
58
1.46
227212906--227212961
25
2.3
24
79
14
62
37
16
3
42
1.65
227224963--227225146
40
4.6
40
82
4
174
28
22
26
23
1.99
227227284--227227462
38
4.7
38
90
0
268
22
21
25
30
1.98
227227460--227227616
43
3.6
43
89
3
242
11
24
33
30
1.91
227231916--227232287
48
7.8
48
83
2
462
25
16
29
29
1.97
227234892--227235141
40
6.2
40
91
1
385
22
28
24
25
1.99
227242986--227243232
40
6.2
40
89
3
358
22
28
24
25
1.99
227242986--227243232
79
3.1
79
89
4
356
22
28
24
25
1.99
227254367--227254420
24
2.2
24
84
12
67
29
37
16
16
1.91
227257368--227257518
40
3.8
40
75
15
134
27
23
26
23
2.00
227257404--227257534
40
3.3
40
79
6
158
25
22
27
24
2.00
227265361--227265527
40
4.2
40
78
6
160
26
22
26
23
2.00
227291870--227291916
22
2.0
22
84
8
58
23
17
10
48
1.77
227292806--227292915
39
2.8
39
94
2
186
24
32
20
22
1.97
227299944--227299990
22
2.0
22
84
8
58
23
17
10
48
1.77
227300877--227301024
39
3.8
39
92
3
246
25
32
19
22
1.98
227300879--227301024
77
1.9
78
92
4
251
25
32
19
23
1.97
227306426--227306609
67
2.8
64
78
8
203
29
17
30
22
1.97
227310244--227310307
33
1.9
33
87
6
94
37
14
18
29
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
227313228--227313332
29
3.6
29
80
2
95
25
32
17
24
1.97
227313287--227313357
29
2.4
29
100
0
142
26
28
15
29
1.96
227321901--227322001
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
227327447--227327627
40
4.6
39
78
6
161
23
28
24
24
2.00
227327478--227327627
77
1.9
80
86
4
216
23
28
22
25
1.99
227334533--227334563
15
2.1
15
94
5
55
38
16
19
25
1.92
227335490--227335627
40
3.5
40
83
6
149
21
28
24
24
1.99
227339888--227340080
39
4.9
39
90
1
271
24
31
20
23
1.98
227339888--227340080
77
2.5
78
88
2
271
24
31
20
23
1.98
227342490--227342693
40
5.1
40
89
1
284
22
21
29
26
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770