genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  257  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77130624--77130811	50	3.8	49	83	2	205	29	26	18	25	1.98
77130624--77130811	99	1.9	101	84	2	254	29	26	18	25	1.98
77134295--77134366	28	2.6	27	88	4	99	30	27	13	27	1.94
77142183--77142254	28	2.6	27	88	4	99	30	27	13	27	1.94
77149067--77149284	49	4.6	49	75	13	177	29	19	27	23	1.98
77149060--77149284	96	2.3	95	83	8	278	28	19	28	23	1.98
77154145--77154612	48	9.8	47	72	10	290	25	28	17	27	1.98
77154145--77154617	144	3.3	143	86	2	563	25	28	17	28	1.98
77154145--77154607	96	4.8	96	76	3	387	24	28	18	28	1.98
77157852--77157899	7	6.9	7	95	0	87	16	54	0	29	1.43
77157852--77157906	14	3.9	14	95	0	83	18	50	0	30	1.47
77157852--77157907	21	2.7	21	91	0	76	19	50	0	30	1.48
77157851--77157907	7	8.1	7	90	0	60	21	49	0	29	1.50
77159002--77159112	41	2.8	40	84	4	134	25	13	24	36	1.92
77166447--77166758	41	7.7	41	81	7	341	24	17	26	32	1.97
77166448--77166752	81	3.8	81	84	3	391	23	17	25	32	1.97
77166447--77166715	122	2.2	122	84	8	343	24	17	26	31	1.97
77166448--77166758	122	2.5	120	79	11	319	24	17	26	32	1.97
77167926--77167989	33	2.0	33	87	3	94	15	26	35	21	1.94
77169812--77169850	19	2.1	19	100	0	78	15	10	17	56	1.66
77169816--77169857	19	2.2	19	86	0	57	19	11	19	50	1.78
77175977--77176208	40	5.8	40	93	1	376	23	23	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77178275--77178399	46	2.7	46	91	3	198	20	18	29	32	1.96
77184129--77184302	46	3.8	46	76	14	178	20	18	30	30	1.97
77186999--77187097	29	3.4	29	83	1	119	25	17	30	27	1.97
77194501--77194561	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
77195296--77195479	67	2.8	64	75	8	176	29	15	30	23	1.96
77197507--77197558	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
77198210--77198301	27	3.4	27	92	0	139	23	21	20	33	1.97
77203748--77203858	56	2.0	56	83	3	143	24	15	27	32	1.95
77206940--77207012	29	2.5	28	84	4	83	31	32	15	20	1.93
77213719--77213885	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
77213719--77213885	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
77214711--77214756	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
77221725--77221890	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
77221741--77221890	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
77222716--77222761	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
77226201--77226384	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77226241--77226429	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77234317--77234500	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77234357--77234545	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77236085--77236162	28	2.8	28	88	0	111	35	10	23	30	1.88
77236235--77236496	39	6.7	39	91	1	382	18	22	29	29	1.97
77241162--77241225	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77241417--77241559	24	6.0	24	90	7	202	26	21	22	29	1.99
77241408--77241559	47	3.1	49	88	8	204	26	21	21	30	1.98
77241416--77241559	71	2.0	72	88	6	213	26	21	22	29	1.99
77241609--77241669	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
77255019--77255103	24	3.5	24	93	0	152	22	16	24	36	1.94
77261489--77261641	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
77261458--77261640	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
77267220--77267383	40	4.1	40	90	3	224	21	23	28	25	1.99
77281320--77281483	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77281320--77281517	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
77283255--77283432	40	4.4	40	90	2	261	21	25	26	25	2.00
77283255--77283458	40	5.1	40	86	4	252	22	24	26	26	2.00
77285303--77285345	17	2.5	17	100	0	86	18	34	34	11	1.87
77285442--77285505	27	2.4	27	89	5	94	20	23	32	23	1.98
77285543--77285697	27	5.7	27	77	12	124	38	23	9	28	1.86
77285535--77285695	54	3.0	54	80	4	191	37	23	9	29	1.86
77285689--77285827	27	5.2	27	86	1	172	32	20	7	40	1.79
77285705--77285826	53	2.3	54	88	1	183	32	18	6	42	1.76
77286131--77286194	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
77286156--77286215	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
77286334--77286406	31	2.4	31	83	0	92	20	17	12	49	1.79
77286334--77286427	6	15.3	6	69	16	59	20	17	12	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77297097--77297221	42	3.0	42	80	0	151	25	26	17	30	1.97
77304314--77304443	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
77304330--77304481	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
77304330--77304479	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
77312327--77312456	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
77312343--77312494	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
77312343--77312492	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
77314899--77314928	15	2.0	15	93	0	51	43	20	0	36	1.52
77314911--77314986	30	2.5	30	80	0	80	42	18	7	31	1.79
77317910--77317947	17	2.2	18	90	4	60	10	28	36	23	1.88
77325837--77325930	47	2.0	47	97	0	179	28	12	20	38	1.89
77327476--77327524	10	4.7	11	76	19	52	59	0	0	40	0.98
77327470--77327519	19	2.7	19	87	9	68	58	0	0	42	0.98
77330386--77330415	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
77337958--77338008	16	3.2	16	85	0	57	49	13	23	13	1.78
77337965--77338012	24	2.0	23	84	4	60	43	10	27	18	1.82
77338111--77338150	9	4.3	9	84	6	53	27	22	37	12	1.90
77338115--77338151	19	2.0	18	89	5	56	29	18	35	16	1.93
77338232--77338329	28	3.5	28	79	12	94	27	15	32	24	1.95
77348282--77348479	50	3.9	50	81	8	206	28	28	18	24	1.98
77348293--77348479	101	1.9	99	85	4	259	28	28	18	24	1.98
77356423--77356525	29	3.6	28	75	6	91	34	14	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77358430--77358611	39	4.6	39	87	2	240	23	30	22	24	1.99
77366293--77366395	29	3.6	28	75	6	91	34	14	25	25	1.94
77368295--77368475	39	4.6	39	87	2	240	23	29	22	24	1.99
77374785--77374966	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
77374970--77375080	47	2.4	47	87	0	159	36	8	27	27	1.85
77378706--77378868	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
77381005--77381097	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
77381005--77381110	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
77383911--77384088	40	4.5	40	89	0	268	28	26	20	24	1.99
77389554--77389661	43	2.5	42	80	2	126	36	25	14	23	1.93
77396003--77396201	107	1.8	109	89	4	314	34	17	24	23	1.96
77396438--77396468	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
77396771--77396909	68	2.0	68	100	0	278	30	8	27	33	1.87
77399426--77399515	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
77399611--77399825	49	4.4	49	96	0	376	29	32	9	29	1.88
77404170--77404300	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
77404169--77404300	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
77412124--77412254	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
77412123--77412254	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
77420293--77420465	27	6.4	27	91	0	256	36	17	20	25	1.94
77421215--77421274	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
77427871--77428069	27	7.4	26	82	3	218	35	17	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77427871--77428070	54	3.7	54	84	1	258	35	17	21	26	1.95
77427871--77428052	81	2.2	81	86	3	242	36	18	20	25	1.95
77428723--77428774	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
77428809--77428840	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
77436157--77436286	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
77444222--77444351	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
77446549--77446685	42	3.2	42	77	7	125	32	24	16	27	1.96
77450776--77451154	48	7.9	48	77	7	385	26	18	28	25	1.98
77450776--77451154	144	2.6	143	89	1	535	26	18	28	25	1.98
77450786--77451196	48	8.6	48	73	11	146	27	18	27	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770