genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  168  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49734693--49734816	26	4.8	26	91	1	178	25	18	25	30	1.98
49741366--49741435	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
49749279--49749318	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
49752601--49752807	80	2.6	79	81	6	220	26	22	26	25	2.00
49752600--49752807	40	5.2	40	82	5	197	26	22	25	25	2.00
49756563--49756809	51	4.9	49	83	5	280	31	27	16	24	1.96
49756574--49756809	101	2.4	99	82	5	287	31	28	16	23	1.96
49757057--49757110	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
49757408--49757464	30	1.9	30	85	7	80	29	21	8	40	1.83
49759069--49759342	94	2.9	93	76	10	259	26	17	31	24	1.97
49774732--49774764	14	2.4	14	90	5	50	84	3	0	12	0.72
49776087--49776125	20	2.0	20	89	0	60	33	0	2	64	1.08
49776080--49776184	43	2.4	43	83	9	126	30	1	1	65	1.14
49776521--49776554	11	3.0	12	87	12	54	20	0	0	79	0.73
49776521--49776552	16	2.0	16	100	0	64	18	0	0	81	0.70
49776716--49776749	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
49783672--49783743	33	2.2	33	87	0	108	23	20	26	29	1.99
49786444--49786613	46	3.7	46	74	13	159	30	27	18	22	1.98
49787977--49788118	27	5.3	27	85	0	185	35	19	20	25	1.96
49788852--49788885	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
49790827--49790864	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
49791091--49791234	46	3.1	45	71	18	118	29	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49801895--49802020	49	2.5	51	83	10	154	26	30	18	23	1.97
49801988--49802116	46	2.8	44	81	9	152	24	31	20	23	1.98
49813531--49813585	22	2.6	21	76	2	56	16	27	38	18	1.92
49815017--49815056	21	1.9	21	89	0	62	50	17	7	25	1.72
49817706--49817743	18	2.1	18	100	0	76	78	5	0	15	0.91
49820470--49820570	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
49820499--49820570	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
49826217--49826317	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
49826246--49826317	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
49828528--49828592	29	2.2	29	100	0	130	15	40	26	18	1.90
49831384--49831515	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
49839114--49839245	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
49841854--49842068	108	2.0	108	100	0	430	40	18	11	28	1.86
49843926--49843985	30	2.0	30	83	6	77	28	23	8	40	1.83
49849708--49849891	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
49849748--49849936	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
49854540--49854723	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
49854580--49854768	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
49864117--49864276	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
49869515--49869783	46	5.8	46	75	11	237	21	19	29	28	1.98
49869511--49869729	47	4.7	47	76	9	207	23	19	29	27	1.98
49869511--49869775	93	2.8	93	92	1	433	22	19	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49872267--49872312	23	2.0	23	82	4	56	21	47	8	21	1.77
49876754--49876911	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
49882712--49882879	40	4.2	40	75	6	160	24	20	29	25	1.99
49896052--49896121	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
49908195--49908256	31	2.0	30	87	3	88	30	24	4	40	1.76
49911857--49911940	40	2.1	40	93	4	143	29	29	8	32	1.87
49917740--49917795	28	2.0	29	82	10	71	28	23	3	44	1.70
49924356--49924474	49	2.3	50	91	7	195	33	5	28	31	1.81
49925900--49926090	39	4.9	39	91	0	301	22	31	21	24	1.98
49927698--49928202	49	10.5	49	95	2	846	32	9	29	28	1.88
49932977--49933160	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
49933017--49933205	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
49941652--49941827	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97
49941649--49941818	93	1.8	93	94	0	304	21	20	29	28	1.98
49949025--49949198	46	3.8	45	78	12	201	20	20	29	29	1.98
49950405--49950454	24	2.0	25	96	3	93	60	16	4	20	1.52
49955105--49955145	20	2.0	21	85	4	57	43	4	4	46	1.46
49955940--49956012	28	2.6	28	84	0	92	24	23	15	36	1.93
49960772--49960938	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
49968683--49968824	40	3.5	40	82	3	117	28	22	26	23	1.99
49968722--49968850	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
49971985--49972219	57	4.1	57	91	1	355	30	34	16	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49972008--49972217	28	7.4	28	72	4	152	31	34	16	17	1.92
49972035--49972189	29	5.4	29	74	3	152	32	36	14	16	1.89
49974192--49974260	28	2.5	28	85	2	86	30	26	11	31	1.91
49974183--49974260	27	2.9	27	82	1	84	29	24	11	34	1.91
49976830--49977009	35	5.1	35	77	4	175	41	17	10	30	1.83
49981959--49982122	40	4.1	40	80	3	177	25	21	26	25	2.00
49981959--49982122	80	2.0	80	82	2	195	25	21	26	25	2.00
49984441--49984487	16	2.9	16	80	0	58	46	25	17	10	1.79
49990164--49990325	35	4.6	35	78	0	171	42	18	9	29	1.81
49991806--49991975	27	6.3	27	86	0	198	28	18	17	36	1.93
50018110--50018286	40	4.4	40	81	4	198	26	27	21	24	1.99
50023750--50023798	18	2.7	18	83	3	62	48	14	20	16	1.80
50024148--50024281	27	5.0	27	76	0	124	35	19	15	29	1.93
50029372--50029437	24	2.8	24	76	0	60	28	43	0	27	1.55
50033585--50033714	48	2.7	48	85	2	127	23	24	17	34	1.96
50033613--50033714	24	4.2	24	94	0	168	22	25	16	35	1.95
50033756--50033809	24	2.3	24	80	3	65	18	24	20	37	1.94
50036738--50036788	27	2.0	26	84	7	68	21	19	17	41	1.91
50038856--50038894	17	2.4	16	83	8	51	38	7	17	35	1.79
50038999--50039029	15	2.1	15	100	0	62	67	12	0	19	1.22
50040219--50040251	17	2.0	17	94	5	59	78	12	3	6	1.04
50045632--50045799	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50053679--50053890	40	5.3	40	84	2	248	25	26	21	25	2.00
50056027--50056113	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
50056027--50056135	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
50056027--50056135	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
50060719--50060805	28	3.1	28	79	9	104	33	29	14	21	1.94
50061020--50061242	40	5.6	40	84	0	266	26	29	20	23	1.99
50061016--50061238	120	1.9	120	87	0	329	27	29	19	23	1.98
50062616--50062745	39	3.4	37	84	11	113	26	26	20	26	1.99
50062616--50062838	40	5.7	40	83	6	244	25	26	21	27	1.99
50062616--50062838	79	2.8	79	83	4	272	25	26	21	27	1.99
50064492--50064830	40	8.5	40	90	0	507	27	28	20	22	1.99
50066089--50066234	37	3.9	37	90	3	231	27	30	18	23	1.98
50066380--50066772	48	8.1	48	92	2	669	31	26	5	36	1.80
50066383--50066769	98	4.0	98	94	1	688	31	26	5	36	1.80
50066380--50066772	194	2.0	194	96	0	723	31	26	5	36	1.80
50073663--50073707	23	1.9	24	90	4	74	26	4	15	53	1.61
50084262--50084333	34	2.1	35	84	7	94	41	11	26	20	1.86
50091982--50092163	40	4.6	40	88	2	260	26	21	25	25	2.00
50093924--50093992	34	2.0	34	94	0	120	39	11	17	31	1.85
50100995--50101215	40	5.6	40	92	2	340	26	23	27	21	1.99
50109053--50109231	40	4.6	40	89	5	260	26	24	27	21	1.99
50111073--50111270	71	2.8	69	87	6	240	34	18	26	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50111107--50111270	71	2.3	71	93	3	285	35	18	26	18	1.95
50112809--50112922	55	2.1	56	80	8	126	35	22	22	18	1.95
50112834--50112903	27	2.5	28	88	4	97	34	24	24	17	1.96
50112834--50112922	27	3.2	27	79	7	90	33	24	22	19	1.97
50113028--50113091	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
50118377--50118544	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
50118393--50118542	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
50126388--50126555	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
50126404--50126553	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
50141504--50141538	10	3.4	10	84	7	52	54	8	8	28	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770