genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.330.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  330  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101068117--101068151	8	4.1	9	92	7	56	37	0	28	34	1.58
101068117--101068151	17	2.1	17	89	10	54	37	0	28	34	1.58
101071268--101071475	40	5.2	40	82	0	218	24	27	23	25	2.00
101071264--101071475	80	2.7	80	82	2	257	24	26	22	25	2.00
101079263--101079470	40	5.2	40	82	0	218	24	27	23	25	2.00
101079259--101079470	80	2.7	80	82	2	257	24	26	22	25	2.00
101079589--101079624	17	2.1	17	100	0	72	36	19	22	22	1.95
101086016--101086506	47	10.3	47	94	1	784	29	29	7	32	1.86
101086066--101086238	25	7.3	25	62	20	84	31	30	5	32	1.81
101086016--101086506	145	3.4	145	94	2	823	29	29	7	32	1.86
101090374--101090845	40	11.8	40	94	0	809	25	29	22	22	1.99
101092254--101092788	47	11.3	47	91	4	817	30	30	7	31	1.86
101092304--101092382	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
101092376--101092498	22	5.3	22	62	11	66	29	31	9	29	1.89
101092254--101092788	96	5.6	96	92	2	827	30	30	7	31	1.86
101096408--101096591	40	4.6	40	81	6	212	25	22	26	25	2.00
101096408--101096591	80	2.3	80	85	6	239	25	22	26	25	2.00
101101378--101101521	40	3.6	40	82	3	130	27	22	27	22	1.99
101101416--101101544	40	3.2	39	83	6	143	24	21	27	26	1.99
101117403--101117456	25	2.2	24	90	3	81	22	27	16	33	1.95
101117448--101117509	25	2.5	25	81	0	88	25	22	20	30	1.98
101122314--101122443	47	2.8	47	80	8	149	24	16	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101125931--101126111	78	2.3	79	80	5	188	23	27	24	24	2.00
101125970--101126111	40	3.6	39	79	8	162	23	27	23	26	2.00
101129822--101130064	40	6.1	40	85	3	276	28	26	20	24	1.99
101130151--101130466	64	5.1	64	59	16	160	34	26	10	28	1.89
101130033--101130475	123	3.6	123	97	0	814	34	25	10	29	1.90
101132224--101132353	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
101140286--101140415	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
101147602--101147703	40	2.5	40	85	0	123	29	21	26	22	1.99
101147641--101147769	40	3.2	40	83	6	154	24	21	27	26	1.99
101150403--101150428	12	2.2	12	100	0	52	34	11	23	30	1.90
101155344--101155670	48	6.8	48	80	3	363	22	30	19	27	1.98
101155344--101155670	96	3.4	96	86	5	430	22	30	19	27	1.98
101161571--101161791	75	2.9	74	80	11	241	25	19	25	28	1.99
101161571--101161793	40	5.7	40	82	9	239	25	20	25	28	1.99
101164211--101164385	48	3.7	47	77	9	176	21	28	21	29	1.98
101164206--101164388	96	1.9	95	85	6	253	21	27	20	29	1.98
101168792--101169026	68	3.5	66	80	4	220	21	21	18	38	1.93
101174101--101174161	24	2.5	24	94	5	104	42	18	11	27	1.84
101174213--101174350	51	2.7	51	84	2	170	38	20	13	28	1.90
101175389--101175426	15	2.5	15	95	0	67	31	31	21	15	1.94
101177769--101177932	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	35	1.93
101177769--101177966	71	2.8	70	90	3	249	20	28	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101179672--101179715	21	2.1	21	91	0	70	38	11	22	27	1.88
101183307--101183534	43	5.4	41	75	7	179	33	26	15	24	1.95
101183306--101183578	86	3.2	85	76	4	185	32	26	15	24	1.95
101184146--101184910	114	6.7	114	73	10	408	37	23	5	33	1.78
101184160--101184860	206	3.4	206	85	5	870	37	23	5	33	1.78
101184126--101184861	183	4.0	182	83	7	840	37	22	5	33	1.78
101184138--101184906	23	33.6	23	77	9	589	37	23	5	33	1.78
101190057--101190114	29	2.0	28	83	3	71	29	20	13	36	1.91
101190319--101190353	7	4.7	7	89	10	52	25	0	2	71	1.00
101190305--101190379	8	8.9	8	75	16	62	32	0	5	62	1.17
101191165--101191216	14	3.6	14	76	2	50	57	21	0	21	1.41
101191184--101191224	21	2.0	21	85	0	55	56	26	0	17	1.41
101191354--101191417	21	3.0	21	73	8	58	39	40	0	20	1.52
101191395--101191446	14	3.6	14	84	5	77	44	34	0	21	1.52
101191391--101191446	22	2.6	21	83	5	76	46	32	0	21	1.52
101191395--101191443	7	6.9	7	83	4	62	44	32	0	22	1.53
101191688--101191795	40	2.7	40	84	2	137	29	27	19	23	1.98
101192093--101192182	40	2.2	40	90	0	144	18	21	22	37	1.94
101195019--101195126	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
101201853--101201960	32	3.3	32	80	6	110	38	8	9	43	1.67
101203459--101203501	21	2.0	21	82	8	52	18	27	9	44	1.80
101206294--101206331	16	2.3	17	86	4	51	34	2	2	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101206432--101206472	9	4.8	9	85	8	59	65	0	0	34	0.93
101206436--101206468	17	1.9	17	100	0	66	69	0	0	30	0.88
101207839--101207886	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
101208788--101208837	18	2.6	18	84	12	64	64	2	2	32	1.16
101208790--101208835	9	4.6	10	81	13	51	67	2	2	28	1.14
101209868--101210192	140	2.3	140	86	2	456	27	21	19	31	1.98
101214281--101214571	47	6.1	49	91	5	479	32	7	30	28	1.86
101214281--101214583	96	3.2	97	92	5	469	33	7	30	28	1.86
101217953--101218026	27	2.7	27	75	4	69	43	18	17	20	1.88
101218039--101218094	22	2.5	22	73	0	58	39	23	17	19	1.92
101218431--101218517	27	3.2	28	82	9	83	29	13	18	37	1.89
101218444--101218570	54	2.3	53	85	5	157	27	11	22	39	1.87
101218472--101218570	27	3.7	27	93	2	164	27	9	22	41	1.83
101222366--101222427	27	2.3	27	91	5	99	29	16	16	38	1.90
101222378--101222564	27	6.9	27	77	10	150	32	9	19	39	1.84
101222378--101222571	54	3.6	53	80	10	182	31	9	19	38	1.84
101222383--101222570	81	2.3	80	82	7	236	31	10	18	39	1.84
101222408--101222566	27	5.9	27	79	8	155	31	9	18	40	1.83
101224075--101224120	24	1.9	24	81	0	56	17	36	4	41	1.69
101232673--101232843	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
101240756--101240886	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
101240773--101240923	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101248777--101248945	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
101252095--101252142	15	3.4	15	75	21	50	66	4	2	27	1.21
101252055--101252142	12	6.9	12	72	11	59	62	6	3	27	1.37
101252656--101252706	6	9.4	5	78	21	50	76	5	0	17	0.98
101252652--101252703	12	4.6	11	81	18	63	76	5	0	17	0.97
101252652--101252706	16	3.3	16	80	14	67	76	5	0	18	0.97
101252652--101252706	21	2.8	20	84	15	80	76	5	0	18	0.97
101256447--101256519	38	1.9	38	91	0	119	17	10	19	52	1.74
101259681--101259853	39	4.4	39	94	0	283	24	20	31	23	1.98
101259681--101259883	39	5.2	39	90	0	271	24	21	31	23	1.98
101261782--101261835	21	2.5	22	76	8	58	68	3	20	7	1.30
101268241--101268310	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
101268241--101268322	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
101270600--101270659	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
101270606--101270653	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
101271476--101271532	25	2.2	25	87	3	78	40	14	7	38	1.73
101273607--101273670	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
101273648--101273672	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
101273705--101273729	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
101275941--101275991	25	2.0	25	84	0	66	43	9	9	37	1.71
101280589--101280649	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
101283011--101283040	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101285038--101285098	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
101286913--101286972	28	2.1	29	84	9	79	30	23	6	40	1.80
101290985--101291034	18	2.8	18	77	19	52	58	2	32	8	1.39
101295558--101295615	27	2.1	27	93	0	98	34	15	22	27	1.94
101300369--101300458	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
101300369--101300475	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
101300464--101300782	27	11.8	26	82	4	341	28	21	8	41	1.82
101300464--101300782	81	3.9	80	87	2	386	28	21	8	41	1.82
101300761--101300846	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
101300464--101300782	54	5.9	54	88	0	431	28	21	8	41	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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