genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.760.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  760  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241143910--241144083	45	3.8	46	79	15	216	28	29	21	20	1.98
241143918--241144087	92	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
241146469--241146500	14	2.3	14	94	0	55	59	9	18	12	1.59
241149426--241149597	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
241149418--241149593	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
241151630--241151796	40	4.2	39	78	8	153	25	22	26	25	2.00
241161425--241161536	37	2.9	37	85	9	136	24	27	22	25	2.00
241161395--241161535	40	3.7	38	83	8	144	24	28	22	24	2.00
241169457--241169609	40	3.8	40	80	2	139	24	28	23	22	1.99
241172500--241172671	93	1.8	93	89	0	272	28	28	20	22	1.99
241172492--241172667	46	3.8	46	79	10	196	29	27	20	22	1.98
241172543--241172686	46	3.1	46	71	18	127	30	27	19	22	1.98
241175501--241175610	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
241183427--241183534	39	2.7	39	80	11	114	24	27	23	25	2.00
241184619--241184787	92	1.8	93	92	1	286	28	28	20	21	1.98
241184612--241184786	46	3.8	46	76	14	189	29	29	20	21	1.98
241184655--241184805	46	3.3	45	74	16	132	31	29	17	22	1.96
241192127--241192259	47	2.8	49	79	16	172	29	29	20	21	1.98
241192135--241192275	46	3.0	44	77	14	135	29	29	19	21	1.98
241196867--241196978	29	4.0	27	72	14	91	27	14	32	25	1.95
241199566--241199731	40	4.2	40	79	3	149	23	27	22	26	1.99
241207435--241207601	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241207451--241207601	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
241210699--241210849	26	5.9	27	82	14	212	27	23	10	37	1.88
241213183--241213390	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
241213183--241213388	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
241221328--241221534	40	5.2	39	82	4	218	25	26	22	26	2.00
241227809--241227994	40	4.7	40	88	5	236	25	26	21	26	1.99
241235775--241235833	30	2.0	30	100	0	118	37	27	15	20	1.92
241235929--241236066	40	3.5	39	82	10	138	28	26	18	26	1.98
241240841--241241061	40	5.6	40	92	2	340	21	28	23	26	1.99
241243491--241243658	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
241248453--241248504	26	2.0	26	100	0	104	34	19	3	42	1.69
241257000--241257122	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
241257225--241257302	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
241259316--241259623	29	10.7	29	93	2	505	25	17	33	24	1.96
241263295--241263416	49	2.5	49	94	1	210	27	9	33	29	1.89
241263519--241263596	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
241266420--241266524	43	2.4	44	85	4	151	28	27	16	27	1.97
241266767--241267453	203	3.4	203	89	7	1084	28	21	18	30	1.97
241275211--241275241	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
241275285--241275334	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
241281588--241281719	29	4.6	29	87	3	178	31	15	24	28	1.96
241281588--241281719	58	2.3	58	89	5	196	31	15	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241282728--241282863	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
241288565--241288699	26	5.2	26	94	1	227	33	5	25	36	1.78
241288565--241288699	51	2.6	52	96	1	245	33	5	25	36	1.78
241297857--241298040	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
241297897--241298085	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
241308234--241308397	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
241308234--241308397	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
241316327--241316530	40	5.1	40	85	4	214	24	27	22	25	1.99
241321862--241321991	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
241321862--241322025	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
241329933--241330058	39	3.3	39	81	5	150	24	29	22	23	1.99
241339788--241339961	46	3.8	46	78	13	205	20	20	29	28	1.98
241347712--241348020	48	6.4	48	80	4	313	25	27	18	28	1.98
241347744--241348023	144	1.9	144	84	4	368	25	27	18	28	1.98
241347712--241348019	96	3.2	96	88	0	438	25	27	18	28	1.98
241350971--241351079	39	2.8	40	82	2	139	23	26	22	26	2.00
241358568--241358677	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
241362261--241362426	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
241362277--241362426	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
241363616--241363725	56	2.0	54	82	10	134	28	16	18	37	1.92
241370000--241370056	28	2.0	28	90	6	89	36	19	1	42	1.62
241370227--241370394	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241370243--241370392	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
241378640--241378787	40	3.7	40	76	8	124	23	22	28	25	1.99
241393899--241394065	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
241404394--241404464	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
241405873--241405985	27	4.2	26	82	8	118	17	23	21	38	1.94
241407040--241407073	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
241416298--241416519	40	5.6	40	88	1	270	25	27	22	23	2.00
241416937--241418368	714	2.0	716	99	0	2814	36	22	11	29	1.90
241425175--241425390	79	2.7	78	85	4	283	24	27	23	24	2.00
241425175--241425390	39	5.5	40	87	3	262	24	27	23	24	2.00
241429570--241429743	36	4.5	39	83	10	198	22	22	28	25	1.99
241429570--241429743	76	2.2	78	82	11	207	22	22	28	25	1.99
241429570--241429743	40	4.5	39	84	9	191	22	22	28	25	1.99
241437631--241437808	40	4.5	40	86	6	222	22	23	29	25	1.99
241441903--241442128	121	1.8	124	89	9	363	34	25	16	23	1.95
241443908--241444015	25	4.2	25	95	3	180	36	25	4	34	1.77
241443908--241444015	51	2.1	51	94	0	189	36	25	4	34	1.77
241447715--241448000	136	2.1	137	96	0	529	31	25	18	24	1.97
241449785--241449894	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
241456675--241456877	40	5.1	40	84	7	227	24	21	27	26	1.99
241456675--241456853	79	2.3	79	83	5	220	24	22	26	26	2.00
241456676--241456891	79	2.7	77	79	10	215	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241466207--241466362	39	4.2	39	83	13	170	23	21	28	26	1.99
241468264--241468311	10	4.6	10	78	16	53	33	0	0	66	0.92
241468269--241468320	23	2.3	23	93	3	88	42	0	0	57	0.98
241470412--241470456	23	1.9	24	86	13	67	35	4	0	60	1.17
241470476--241470545	27	2.7	25	76	8	70	34	7	4	54	1.47
241470569--241470627	25	2.5	24	81	10	77	33	6	6	52	1.54
241470806--241470847	22	2.0	22	90	4	68	28	11	0	59	1.33
241470780--241470849	37	1.9	36	83	13	90	30	11	0	58	1.33
241470953--241471007	23	2.3	25	75	18	62	38	16	1	43	1.58
241470961--241471006	23	2.0	22	87	4	65	41	15	2	41	1.59
241471014--241471044	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
241482640--241482861	40	5.7	39	85	7	283	25	29	21	23	1.99
241482640--241482861	76	2.9	78	85	9	294	25	29	21	23	1.99
241482647--241482865	116	1.9	117	88	5	336	25	28	21	24	1.99
241490839--241491058	40	5.7	39	86	8	274	25	30	20	23	1.99
241499533--241499719	46	3.8	46	73	18	169	20	20	29	28	1.98
241502223--241502253	14	2.2	14	100	0	62	25	29	35	9	1.88
241508035--241508148	29	4.0	29	82	7	128	27	30	15	26	1.96
241508207--241508240	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
241510062--241510162	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
241510091--241510166	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
241517901--241518001	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241517930--241518005	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
241522147--241522316	40	4.2	40	84	1	216	24	22	27	25	2.00
241530146--241530351	40	5.2	40	82	4	220	25	22	26	25	2.00
241539896--241540721	48	17.0	48	93	3	1404	36	5	26	31	1.80
241539896--241540712	98	8.4	98	95	1	1420	36	5	25	31	1.80
241539896--241540721	146	5.7	146	95	2	1430	36	5	26	31	1.80
241540862--241540969	37	2.9	37	94	1	182	23	18	31	26	1.97
241542387--241542429	20	2.2	20	100	0	86	37	23	4	34	1.76
241552198--241552309	40	2.8	39	87	5	152	27	22	27	22	1.99
241552155--241552324	40	4.3	39	76	10	150	28	21	25	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770