genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.603.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  603  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188668963--188669186	119	1.9	120	82	8	287	25	27	22	25	2.00
188668944--188669187	40	6.1	40	83	7	266	25	27	22	25	2.00
188672409--188672633	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
188672628--188672757	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
188672590--188672757	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
188680674--188680803	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
188680637--188680803	80	2.1	79	81	7	196	25	23	27	23	2.00
188687121--188687221	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
188692052--188692200	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
188692093--188692200	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
188699436--188699586	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
188699472--188699602	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
188706381--188706566	40	4.7	40	88	5	252	26	27	21	23	1.99
188711510--188711690	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
188711512--188711682	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
188714607--188714685	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
188714598--188714684	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
188717038--188717218	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
188717040--188717210	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
188728680--188728843	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
188728680--188728877	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
188759668--188759851	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188759708--188759896	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
188767786--188767969	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
188767826--188768014	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
188770956--188771045	40	2.2	40	82	7	121	23	23	28	24	1.99
188772461--188772539	29	2.7	29	94	0	113	18	20	27	32	1.96
188774922--188775124	60	3.4	60	73	5	169	37	13	21	26	1.91
188774902--188775048	30	4.9	30	73	8	104	34	14	23	27	1.93
188775001--188775065	30	2.2	30	83	5	78	40	13	20	26	1.89
188780058--188780125	31	2.3	30	82	10	77	38	11	10	39	1.76
188784239--188784414	46	3.8	46	81	10	223	20	21	29	28	1.98
188784235--188784406	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
188787365--188787433	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
188787356--188787443	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
188789799--188789972	47	3.8	46	79	13	189	20	21	29	27	1.98
188789804--188789977	45	3.8	45	81	12	219	20	21	29	28	1.98
188793461--188793666	41	5.2	40	78	8	179	25	22	26	25	2.00
188793541--188793666	39	3.2	40	85	3	164	23	23	27	24	2.00
188795041--188795138	27	3.6	27	68	13	74	29	28	20	21	1.98
188795018--188795140	55	2.2	55	90	5	187	28	31	19	20	1.97
188795347--188795640	40	7.5	39	90	6	461	25	28	24	20	1.99
188795347--188795640	117	2.5	115	92	4	473	25	28	24	20	1.99
188795347--188795640	77	3.8	79	91	4	465	25	28	24	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188795738--188795816	37	2.2	37	84	6	99	21	29	15	34	1.94
188797766--188798199	47	9.3	47	91	1	701	27	29	8	34	1.87
188803594--188803654	30	2.0	30	100	0	122	32	13	19	34	1.90
188807569--188807768	40	5.0	40	89	1	278	27	27	22	23	1.99
188815643--188815844	40	5.1	40	90	3	286	25	28	23	22	1.99
188817714--188817921	40	5.2	40	81	1	175	22	26	23	27	1.99
188817768--188817921	80	1.9	80	86	0	218	22	26	22	27	1.99
188819518--188819681	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
188826616--188826733	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
188826584--188826747	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
188832425--188832591	40	4.2	40	79	2	149	22	26	23	26	2.00
188842980--188843084	43	2.4	43	81	6	106	23	14	26	35	1.93
188846589--188846687	41	2.4	41	86	0	144	31	26	15	27	1.95
188846547--188846703	41	3.8	41	72	13	108	32	24	16	26	1.96
188850355--188850458	33	3.2	33	84	0	136	25	20	25	28	1.99
188851788--188851812	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
188852685--188852754	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
188855147--188855299	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
188855148--188855329	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
188863223--188863375	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
188863224--188863405	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
188870112--188870287	76	2.2	80	85	7	229	23	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188870112--188870287	40	4.5	40	89	5	227	23	21	29	25	1.99
188883123--188883190	27	2.5	28	97	2	129	29	11	26	32	1.92
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188897733--188897892	57	2.8	57	85	0	203	25	33	15	25	1.95
188902621--188902738	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
188902589--188902752	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
188910197--188910314	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
188910165--188910328	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
188917761--188917878	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
188917729--188917892	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
188925341--188925458	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
188925309--188925472	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
188932920--188933037	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
188932888--188933051	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
188942655--188942862	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
188942657--188942862	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
188944825--188944951	6	20.7	6	73	16	100	49	16	15	18	1.80
188944845--188944954	31	3.5	31	93	0	175	50	16	15	17	1.78
188944824--188944951	25	5.0	24	76	20	109	49	16	15	18	1.80
188945070--188945151	28	3.0	26	82	8	92	36	21	21	19	1.95
188945309--188945367	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188945455--188945536	27	3.1	26	89	5	119	36	20	23	19	1.95
188945736--188945923	27	7.0	27	85	0	232	24	20	19	35	1.96
188945736--188945923	54	3.5	54	87	0	268	24	20	19	35	1.96
188945755--188945923	81	2.1	81	89	0	257	23	19	20	36	1.95
188945943--188946297	27	13.1	27	83	8	411	40	9	22	27	1.85
188945943--188946289	108	3.2	105	87	4	455	40	9	21	27	1.85
188946293--188946549	27	9.6	27	84	2	261	31	9	19	39	1.84
188947526--188947619	33	2.8	33	100	0	188	40	6	20	32	1.78
188948199--188948244	16	2.8	17	80	6	58	52	0	0	47	1.00
188951263--188951291	14	2.0	15	93	6	51	31	6	20	41	1.79
188956896--188957145	46	5.5	43	81	7	232	25	30	18	25	1.98
188956933--188957145	44	4.7	44	82	8	234	24	31	18	24	1.98
188956933--188957149	90	2.4	90	82	7	253	24	31	19	24	1.98
188959327--188959367	21	2.0	21	90	0	64	36	7	0	56	1.27
188974351--188974460	39	2.8	37	89	5	148	23	28	22	25	2.00
188982430--188982543	39	2.9	38	86	3	147	23	27	21	27	1.99
188982399--188982581	40	4.6	40	81	4	172	22	26	22	27	1.99
188984557--188984667	27	4.1	27	89	5	163	36	22	24	16	1.94
188988483--188988530	6	8.0	6	90	0	60	50	2	6	41	1.39
188988483--188988530	8	6.0	8	87	0	60	50	2	6	41	1.39
188988483--188988530	14	3.4	14	91	0	69	50	2	6	41	1.39
188989170--188989243	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188993301--188993460	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
188995915--188995998	27	3.2	26	88	5	114	36	22	23	16	1.94
188996387--188996416	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
188999174--188999336	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
189007087--189007249	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
189013328--189013458	29	4.5	29	95	3	237	23	24	14	37	1.92
189013328--189013458	59	2.3	57	95	2	235	23	24	14	37	1.92
189013444--189013600	67	2.2	71	91	6	250	24	31	15	29	1.95
189014818--189014853	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
189017888--189018070	40	4.6	40	80	4	176	23	26	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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