genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.728.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  728  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230359647--230360041	79	5.0	80	93	2	672	27	29	21	21	1.98
230359647--230360041	119	3.3	120	94	1	672	27	29	21	21	1.98
230364018--230364068	25	2.0	25	100	0	102	39	23	3	33	1.73
230370962--230371141	40	4.6	39	78	8	168	26	25	26	22	2.00
230370962--230371102	40	3.5	40	82	6	178	26	24	24	23	2.00
230372848--230373150	90	3.4	89	81	8	391	31	18	16	33	1.93
230373669--230374118	90	5.3	86	79	11	372	32	19	15	32	1.93
230373669--230373968	90	3.4	90	80	8	387	31	18	15	34	1.92
230373904--230374269	75	4.9	75	83	5	409	33	20	15	30	1.94
230373889--230374276	73	5.2	74	79	6	376	34	19	15	30	1.93
230373904--230374264	149	2.4	149	85	3	456	32	20	15	30	1.94
230375070--230375161	44	2.1	44	93	0	157	17	21	16	44	1.86
230391848--230391994	40	3.7	39	82	3	152	23	25	21	29	1.99
230399046--230399214	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
230406551--230406717	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
230411377--230411593	40	5.2	40	77	12	195	26	20	27	25	1.99
230419612--230419865	40	6.4	40	84	4	293	25	20	26	27	1.99
230419612--230419865	78	3.2	78	82	5	296	25	20	26	27	1.99
230432961--230433032	29	2.5	29	100	0	144	26	31	15	26	1.95
230440947--230441048	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
230443096--230443270	24	7.4	24	93	3	284	28	21	21	28	1.99
230443103--230443269	23	7.1	23	94	2	271	29	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230443103--230443270	47	3.6	47	92	3	284	29	20	21	28	1.98
230443328--230443384	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
230443316--230443386	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
230443321--230443375	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
230450521--230450678	23	7.0	23	88	7	234	29	22	20	27	1.98
230450521--230450678	45	3.5	45	90	6	239	29	22	20	27	1.98
230450521--230450678	68	2.3	68	89	6	232	29	22	20	27	1.98
230450735--230450791	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
230450728--230450793	20	3.3	20	95	0	123	31	19	12	36	1.89
230450728--230450782	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
230454656--230454834	39	4.6	40	85	10	246	25	27	22	25	2.00
230463646--230463775	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
230463662--230463813	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
230463662--230463811	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
230471616--230471745	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
230471632--230471783	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
230471632--230471781	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
230482119--230482287	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
230499295--230499478	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
230499335--230499523	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
230507360--230507543	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
230507400--230507588	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230509017--230509117	28	3.5	29	83	6	116	29	26	14	28	1.95
230516778--230516878	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
230531055--230531261	40	5.2	40	84	1	218	25	22	26	25	2.00
230531056--230531261	79	2.6	77	83	5	241	25	22	26	25	2.00
230539056--230539262	40	5.2	40	83	2	202	25	22	26	25	2.00
230545698--230545960	71	3.8	68	83	7	321	25	14	22	38	1.91
230545698--230545960	140	1.9	141	89	2	413	25	14	22	38	1.91
230545787--230546367	193	2.9	193	78	13	650	26	15	22	35	1.94
230545839--230546084	122	2.0	123	89	3	381	24	13	22	39	1.90
230545531--230546121	262	2.3	256	95	2	1038	25	14	22	37	1.93
230545960--230546396	73	6.1	71	70	11	331	25	16	21	36	1.94
230545978--230546402	70	6.0	70	70	12	285	25	17	21	35	1.95
230546387--230546421	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
230546402--230546563	74	2.1	76	86	6	222	29	18	20	31	1.97
230546242--230546898	164	4.0	164	89	4	931	27	18	20	33	1.96
230546755--230547261	72	6.5	73	76	12	415	29	16	19	34	1.94
230546754--230547471	88	9.0	76	73	14	436	28	16	19	35	1.94
230547113--230547148	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
230547243--230547304	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
230546894--230547472	254	2.3	248	85	6	762	27	16	18	36	1.93
230548117--230548154	14	2.8	13	92	8	58	89	2	7	0	0.57
230548117--230548154	19	2.1	19	90	5	60	89	2	7	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230548150--230548186	16	2.3	16	95	0	65	64	29	0	5	1.15
230548145--230548187	17	2.5	17	85	7	61	67	25	2	4	1.22
230548962--230549061	37	2.6	37	74	21	91	32	5	5	58	1.41
230550451--230550692	9	27.6	9	72	10	128	45	17	0	35	1.55
230550451--230550704	52	4.7	51	76	12	247	46	17	0	35	1.54
230550451--230550638	61	3.2	61	81	9	225	46	17	0	35	1.53
230550509--230550704	106	1.9	104	89	4	304	45	16	1	36	1.55
230553112--230553169	28	2.1	28	100	0	116	24	18	17	39	1.92
230556354--230556520	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
230556354--230556520	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
230557341--230557386	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
230567008--230567149	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
230567047--230567175	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
230570724--230570798	29	2.6	29	84	0	96	22	34	20	22	1.96
230578426--230578500	29	2.6	29	84	0	96	22	34	20	22	1.96
230582392--230582421	13	2.2	13	94	5	51	13	0	0	86	0.57
230583420--230583478	25	2.4	25	80	5	66	25	23	22	28	1.99
230583536--230583592	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
230583528--230583604	20	3.8	20	94	0	136	32	19	12	35	1.90
230583528--230583603	11	7.5	11	73	16	74	31	19	13	35	1.90
230583966--230584004	21	1.9	20	89	5	60	17	41	20	20	1.91
230587364--230587536	93	1.9	93	95	0	310	28	30	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230587357--230587532	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
230602437--230602570	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
230602223--230602729	160	3.2	160	97	0	946	28	17	21	32	1.96
230602597--230602846	74	3.5	71	83	4	286	31	16	21	30	1.95
230602980--230603004	13	1.9	13	100	0	50	16	16	4	64	1.44
230602794--230603048	67	3.8	68	75	12	217	28	14	14	41	1.86
230603618--230603738	23	5.2	24	89	2	133	34	50	4	10	1.56
230603634--230603738	23	4.6	23	89	2	140	33	53	3	9	1.51
230604269--230604298	14	2.1	15	93	6	53	0	53	0	46	1.00
230604256--230604308	22	2.4	22	75	12	54	0	52	1	45	1.11
230604773--230604822	21	2.3	22	83	12	68	32	0	2	66	1.03
230604858--230604888	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
230605411--230605468	13	4.3	13	71	16	55	36	1	8	53	1.42
230609093--230609120	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
230609599--230609668	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
230617075--230617100	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
230618949--230619084	29	4.6	29	80	8	141	28	14	30	26	1.95
230627011--230627145	29	4.6	29	81	7	148	28	14	30	26	1.95
230627011--230627143	60	2.3	58	82	5	151	27	15	30	27	1.96
230630721--230630887	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
230630721--230630887	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
230631711--230631756	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230638723--230638889	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
230638723--230638889	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
230639715--230639760	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
230641312--230641633	27	11.9	27	85	0	374	40	18	15	25	1.89
230645370--230645550	40	4.6	40	90	3	260	29	23	26	20	1.99
230651809--230651916	26	4.2	26	94	3	184	33	4	25	37	1.76
230654794--230654830	15	2.4	16	82	13	51	35	29	8	27	1.85
230659980--230660176	4	50.2	4	72	4	114	38	1	58	1	1.14
230659980--230660176	6	33.5	6	76	4	114	38	1	58	1	1.14
230659982--230660092	21	5.2	21	69	16	68	39	0	58	1	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770