genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  287  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87339900--87339968	30	2.3	30	85	9	97	59	17	14	8	1.60
87339911--87339973	15	4.2	15	75	15	67	58	15	14	11	1.63
87340519--87340633	37	3.2	37	61	14	94	29	17	11	41	1.84
87340489--87340638	72	2.1	72	98	0	291	32	16	12	38	1.86
87343011--87343197	49	3.8	49	83	2	248	29	25	18	26	1.98
87343017--87343197	100	1.8	100	95	0	326	29	25	18	25	1.98
87354663--87354850	49	3.8	49	80	2	214	27	18	25	29	1.98
87354658--87354850	100	1.9	100	89	0	296	26	18	25	29	1.98
87359794--87359854	24	2.5	24	81	5	70	36	27	14	21	1.93
87370370--87370539	41	4.2	40	72	18	134	22	21	25	29	1.99
87372597--87372764	40	4.2	40	81	3	205	26	26	22	25	2.00
87372596--87372749	80	1.9	79	88	3	229	27	26	20	24	1.99
87374694--87374878	39	4.7	39	89	2	255	21	19	27	31	1.97
87382765--87382941	46	3.8	45	79	12	198	22	20	28	29	1.98
87382763--87382934	93	1.8	93	93	0	299	22	20	28	28	1.99
87394345--87394452	25	4.4	24	83	9	121	28	21	23	26	1.99
87394322--87394452	50	2.6	47	78	10	136	28	21	22	28	1.99
87394500--87394546	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
87408610--87408680	34	2.1	34	100	0	142	30	19	21	28	1.97
87419097--87419170	34	2.1	34	90	2	112	31	10	31	27	1.91
87422369--87422525	68	2.3	68	80	3	174	40	17	15	26	1.89
87427142--87427176	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87427141--87427184	13	3.3	13	83	3	52	47	0	4	47	1.22
87429654--87429836	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
87439105--87439146	22	2.0	21	85	4	57	16	19	45	19	1.86
87440606--87440656	24	2.1	24	96	0	93	49	13	23	13	1.78
87441741--87441884	27	5.3	27	88	0	207	26	24	9	39	1.86
87441883--87442122	27	8.8	27	74	8	146	40	19	9	30	1.82
87441795--87442040	54	4.6	54	76	6	167	36	22	9	32	1.86
87443787--87443885	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
87451462--87451560	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
87453065--87453134	27	2.7	26	84	6	97	27	22	24	25	2.00
87453355--87453526	31	5.5	31	95	0	299	30	16	24	27	1.97
87453355--87453560	93	2.2	93	88	4	267	31	17	23	26	1.97
87454393--87454476	29	2.9	28	74	11	80	30	15	28	25	1.96
87454736--87454790	26	2.2	26	86	3	76	40	23	21	14	1.90
87456449--87456488	20	2.0	20	95	0	71	35	22	27	15	1.94
87459546--87459592	14	3.3	15	85	5	53	34	0	29	36	1.58
87459806--87459863	29	2.0	28	86	3	80	15	1	41	41	1.57
87459815--87459875	29	2.1	28	82	8	70	19	1	34	44	1.61
87460181--87460221	19	2.1	20	86	4	57	73	4	4	17	1.19
87461734--87461758	12	2.1	12	100	0	50	20	8	16	56	1.65
87463050--87463079	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
87463109--87463271	48	3.2	48	65	14	128	34	5	3	56	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87463112--87463284	57	3.2	56	63	25	145	35	5	2	56	1.36
87463069--87463758	105	6.8	105	84	10	957	33	6	4	55	1.44
87463359--87463400	10	3.4	13	78	21	54	30	0	0	69	0.89
87463344--87463634	91	3.1	91	78	11	277	32	5	4	57	1.41
87463469--87463494	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
87464014--87464084	22	3.3	22	71	25	78	47	14	0	38	1.44
87470020--87470298	43	6.5	43	85	4	312	28	31	16	24	1.96
87478201--87478256	21	2.7	22	81	10	73	39	8	30	21	1.84
87478668--87478701	17	2.0	17	88	0	50	23	11	5	58	1.55
87482825--87482996	46	3.7	46	79	13	208	29	27	20	22	1.99
87482830--87483000	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
87483421--87483480	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
87485512--87485543	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
87485743--87486136	50	7.8	50	75	5	310	32	24	16	26	1.96
87485751--87486085	101	3.3	100	83	2	357	31	25	16	26	1.96
87485751--87486132	151	2.5	150	79	5	349	32	25	15	26	1.95
87486488--87486534	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
87486755--87486813	30	2.0	30	82	0	73	27	27	6	38	1.81
87488088--87488352	131	2.0	132	86	2	374	35	17	19	27	1.94
87491298--87491396	28	3.5	29	91	5	159	33	27	11	28	1.91
87492343--87492613	46	5.8	46	77	11	266	29	26	21	22	1.99
87492351--87492615	93	2.8	93	93	0	431	29	27	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87494836--87495020	40	4.6	40	79	5	171	22	26	23	27	2.00
87497596--87497624	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
87499052--87499183	44	3.0	43	80	8	140	26	23	21	28	1.99
87499099--87499194	44	2.2	45	83	5	115	26	27	17	29	1.98
87499225--87499436	45	4.8	45	72	11	150	32	23	14	29	1.94
87499398--87499604	78	2.4	84	79	15	237	22	25	19	32	1.97
87499426--87499582	78	2.0	79	91	1	253	21	25	19	33	1.97
87511070--87511330	131	2.0	131	87	3	373	35	17	18	28	1.94
87511568--87511899	165	2.0	165	98	0	646	50	11	14	22	1.75
87512600--87512627	14	2.0	14	100	0	56	50	42	0	7	1.30
87521728--87521762	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
87522471--87522543	34	2.2	34	90	2	112	28	23	23	24	1.99
87522483--87522561	34	2.4	33	89	2	113	27	25	25	21	1.99
87536387--87536494	28	3.9	28	79	8	121	25	14	31	27	1.95
87544336--87544424	43	2.1	43	85	4	117	23	17	26	31	1.97
87544351--87544454	43	2.5	42	81	6	113	25	18	25	30	1.98
87549172--87549341	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
87557265--87557474	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
87563925--87564092	40	4.2	40	85	5	207	25	28	22	23	1.99
87563925--87564092	80	2.1	80	87	4	241	25	28	22	23	1.99
87565984--87566139	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
87583352--87583423	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87588836--87588894	23	2.6	23	86	0	82	44	13	18	23	1.86
87591248--87591416	39	4.3	38	86	5	203	27	26	21	24	2.00
87591274--87591471	79	2.5	79	83	10	244	28	25	21	24	1.99
87591248--87591469	40	5.6	40	82	7	233	27	26	21	24	1.99
87596163--87596323	29	5.6	29	79	1	144	24	18	33	24	1.97
87596163--87596273	58	1.9	58	88	3	170	26	17	32	24	1.96
87604934--87605084	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
87604970--87605100	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
87606742--87607992	623	2.0	625	88	4	1857	33	12	22	31	1.92
87609081--87609233	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
87609082--87609263	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
87611639--87611725	29	3.0	29	96	0	165	29	13	28	27	1.94
87618078--87618242	40	4.1	40	81	6	183	26	26	21	26	2.00
87623489--87623521	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
87626219--87626392	46	3.8	46	80	10	219	21	21	28	28	1.99
87626215--87626386	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
87631070--87631108	12	3.2	12	79	13	53	5	28	23	43	1.75
87631070--87631118	24	2.0	24	92	0	80	4	26	24	44	1.71
87633337--87633531	77	2.5	78	85	4	241	25	20	31	23	1.98
87633339--87633531	39	4.9	38	88	3	233	24	20	31	23	1.98
87633356--87633569	77	2.7	78	80	7	186	25	21	30	22	1.99
87638830--87638936	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87640090--87640146	19	3.2	17	79	15	62	5	15	1	77	1.03
87640090--87640144	18	3.0	18	80	19	69	5	16	1	76	1.06
87644528--87644719	38	4.9	38	89	2	240	23	20	32	23	1.98
87644545--87644757	79	2.7	78	81	7	195	24	21	31	22	1.98
87674431--87674583	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
87674400--87674582	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
87684457--87684695	24	10.1	24	93	3	405	20	17	25	36	1.94
87692458--87692700	24	10.1	24	96	0	423	20	17	25	36	1.94
87694136--87694268	24	5.5	24	85	3	135	27	15	21	36	1.93
87700096--87700300	49	4.2	49	97	0	374	30	8	30	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770