genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.539.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  539  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167548990--167549044	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
167549092--167549138	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
167552692--167552857	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
167552691--167552857	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
167552692--167552858	71	2.3	71	91	3	264	26	21	23	28	1.99
167552915--167552971	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
167552903--167552973	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
167552908--167552962	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
167553010--167553057	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
167556610--167556753	47	3.0	47	86	5	191	24	22	23	29	1.99
167556611--167556752	71	2.0	72	87	4	207	24	22	23	28	1.99
167556611--167556754	24	6.0	24	87	4	184	24	22	24	29	1.99
167556811--167556867	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
167556799--167556869	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
167556804--167556858	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
167556906--167556953	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
167560517--167560682	24	7.0	24	88	4	230	25	21	23	28	1.99
167560516--167560682	47	3.5	48	87	4	232	25	21	23	29	1.99
167560517--167560683	71	2.3	71	90	3	255	25	21	23	28	1.99
167560740--167560796	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
167560728--167560798	20	3.5	20	92	0	115	33	21	9	35	1.86
167562371--167572074	536	18.1	541	95	2	17181	37	18	11	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167577416--167577545	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
167577416--167577579	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
167582180--167582281	44	2.4	44	90	3	154	28	12	25	33	1.93
167589968--167590090	39	3.2	39	91	0	192	22	30	22	24	1.99
167591988--167592149	24	6.8	24	67	6	96	26	14	27	32	1.94
167592943--167592972	15	2.0	15	100	0	60	40	6	20	33	1.78
167593274--167593324	24	2.1	24	100	0	102	37	25	3	33	1.74
167599535--167599604	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
167607457--167607526	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
167611744--167611889	39	3.8	37	82	8	152	23	26	23	26	2.00
167612014--167612052	20	1.9	21	89	5	62	53	25	0	20	1.45
167622922--167623129	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
167622922--167623128	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
167626836--167627018	40	4.6	40	86	1	233	24	25	23	26	2.00
167626800--167627018	79	2.8	79	84	2	253	25	26	22	25	2.00
167631784--167631840	26	2.6	19	68	31	51	36	0	7	56	1.27
167631781--167631834	26	2.1	26	100	0	108	38	0	7	53	1.29
167634192--167634334	40	3.6	39	87	4	205	25	26	23	23	2.00
167635722--167635746	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
167642373--167642556	40	4.6	40	84	2	226	24	25	23	26	2.00
167647327--167647383	26	2.6	19	68	31	51	36	0	7	56	1.27
167647324--167647377	26	2.1	26	100	0	108	38	0	7	53	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167650819--167650968	40	3.8	39	80	5	140	28	24	26	22	1.99
167650817--167650970	80	1.9	80	85	0	209	28	23	25	22	1.99
167650861--167651019	40	4.0	40	76	8	126	29	25	25	19	1.98
167658822--167658950	38	3.2	40	79	9	140	27	23	27	21	1.99
167662391--167662453	31	2.1	31	87	3	92	25	23	14	36	1.93
167662645--167662830	23	8.0	24	91	6	287	29	22	21	27	1.99
167662889--167662945	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
167662877--167662947	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
167662882--167662936	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
167662983--167663030	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
167664187--167664263	27	2.9	27	79	12	88	22	18	20	38	1.93
167664282--167664519	27	8.7	27	77	4	192	31	8	19	39	1.83
167664281--167664519	54	4.4	54	79	4	228	31	9	19	39	1.83
167664309--167664587	27	10.3	27	80	5	170	34	8	20	37	1.82
167664281--167664533	81	3.1	80	74	11	226	31	9	20	38	1.84
167664377--167664560	81	2.3	80	77	7	190	33	8	21	37	1.83
167664512--167664828	27	11.7	27	87	2	404	38	8	24	28	1.84
167669681--167669868	40	4.7	40	82	2	216	33	26	15	23	1.95
167669678--167669869	80	2.4	80	82	3	242	32	26	16	24	1.96
167670353--167670401	24	2.0	24	100	0	98	42	20	0	36	1.52
167675116--167675257	40	3.6	38	80	12	137	27	25	27	19	1.99
167675155--167675280	40	3.2	40	80	2	137	24	24	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167680547--167680701	40	3.8	42	85	10	214	34	29	12	22	1.92
167687883--167687916	5	6.8	5	93	0	59	20	0	2	76	0.92
167688397--167688529	66	2.0	66	97	0	248	41	5	19	33	1.74
167693131--167693164	5	6.8	5	93	0	59	20	0	2	76	0.92
167693645--167693777	66	2.0	66	97	0	248	41	5	19	33	1.74
167695251--167695307	25	2.3	25	84	0	69	36	17	14	31	1.89
167705198--167705357	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
167713356--167713515	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
167718503--167718604	29	3.5	29	95	0	186	25	29	14	30	1.95
167718482--167718604	58	2.1	59	86	3	169	24	31	15	28	1.95
167726785--167726970	40	4.7	40	86	7	220	25	21	26	25	1.99
167726838--167726989	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
167726819--167726989	80	2.1	81	81	10	201	28	21	25	25	1.99
167734944--167735129	40	4.7	40	86	7	220	25	21	26	25	1.99
167734997--167735148	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
167734978--167735148	80	2.1	81	81	10	201	28	21	25	25	1.99
167737089--167737126	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
167737364--167737523	46	3.5	45	76	11	162	29	27	20	22	1.99
167737949--167738008	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
167744642--167744679	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
167744908--167745077	93	1.8	92	93	1	295	28	28	20	21	1.98
167744903--167745074	45	3.7	46	79	11	208	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167748606--167748769	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
167748606--167748803	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
167756120--167756306	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
167756143--167756306	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
167756143--167756340	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
167763085--167763359	49	5.5	49	79	3	298	26	18	25	29	1.98
167763080--167763367	100	2.9	100	94	0	486	26	19	25	29	1.99
167765196--167765234	19	2.1	19	100	0	78	38	30	10	20	1.86
167768732--167768786	21	2.6	21	80	5	58	20	21	36	21	1.95
167780284--167780454	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
167785587--167785632	22	2.1	22	100	0	92	32	21	23	21	1.98
167788269--167788439	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
167792333--167792434	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
167800192--167800293	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
167804928--167804970	16	2.7	16	81	0	50	9	25	18	46	1.79
167806085--167806118	16	2.1	16	88	0	50	14	2	32	50	1.58
167806440--167806513	22	3.2	23	79	7	80	35	18	24	21	1.96
167808581--167808622	21	2.0	22	86	13	61	35	23	4	35	1.76
167809661--167809703	21	2.0	21	100	0	86	44	13	9	32	1.76
167813957--167814020	33	2.0	32	81	9	76	26	18	25	29	1.98
167820074--167820133	27	2.3	26	82	8	68	35	20	20	25	1.96
167831683--167831833	40	3.8	40	77	11	139	27	24	26	21	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167831682--167831865	40	4.6	39	75	8	131	27	23	26	22	2.00
167831680--167831910	80	2.9	80	77	3	187	25	23	28	22	2.00
167838468--167838599	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
167840412--167840480	28	2.5	28	88	6	97	30	27	14	27	1.95
167848119--167848187	28	2.5	28	88	6	97	30	27	14	27	1.95
167850202--167850238	19	1.9	19	88	0	56	32	13	35	18	1.90
167850321--167850404	29	2.9	29	78	0	96	30	15	29	23	1.95
167853856--167854199	30	11.5	30	82	3	336	34	12	25	27	1.92
167853856--167854139	90	3.2	90	86	2	374	33	11	26	28	1.92
167856887--167856969	29	2.9	29	96	0	157	27	28	13	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770