genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  118  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33980010--33980116	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
33980124--33980193	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
33987241--33987347	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
33987355--33987424	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
33994564--33994780	40	5.5	40	87	3	289	24	27	22	25	2.00
33996840--33996966	42	3.0	42	85	5	159	28	22	16	33	1.95
34014161--34014231	29	2.4	29	92	0	97	26	30	15	26	1.96
34022252--34022429	52	3.5	50	87	4	225	29	14	28	27	1.95
34022247--34022429	51	3.6	51	82	7	221	28	14	28	27	1.95
34024154--34024468	136	2.3	136	85	2	407	21	23	15	39	1.92
34024154--34024471	46	7.0	46	89	2	408	21	23	16	38	1.92
34024246--34024502	136	1.9	135	79	6	286	22	26	16	34	1.95
34026577--34026613	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
34027470--34027652	48	3.8	48	77	2	206	29	30	15	25	1.96
34031107--34031770	47	14.1	47	94	0	1139	32	12	28	25	1.92
34031740--34032022	48	5.8	48	91	2	440	34	6	27	31	1.81
34031740--34032022	98	2.9	98	94	1	489	34	6	27	31	1.81
34031740--34032019	146	1.9	148	94	1	492	35	6	27	31	1.81
34032171--34032318	37	4.0	37	90	0	224	22	17	31	28	1.97
34037648--34037810	48	3.6	47	77	11	135	34	23	14	27	1.94
34037681--34037810	48	2.7	48	83	1	154	33	22	14	29	1.94
34039988--34040039	25	2.1	25	92	0	86	53	13	0	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34040309--34040464	42	3.7	41	76	4	141	31	26	16	25	1.96
34052239--34052263	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
34056631--34056758	40	3.3	39	77	15	131	25	27	24	23	2.00
34056647--34056795	40	3.8	40	79	7	144	22	27	23	26	2.00
34069125--34069311	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
34069148--34069311	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
34069148--34069345	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
34073699--34073762	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
34081917--34082123	40	5.2	40	82	1	191	27	22	24	25	2.00
34089923--34090129	80	2.6	80	80	4	229	26	22	25	26	2.00
34089924--34090129	40	5.2	40	80	4	173	26	22	25	25	2.00
34093181--34093235	28	2.0	28	96	0	101	58	5	0	36	1.21
34093987--34094318	38	8.7	38	77	4	303	37	19	12	29	1.90
34093991--34094289	114	2.6	114	83	1	339	39	20	12	28	1.89
34098091--34098273	16	11.8	15	66	26	80	37	1	1	60	1.14
34098091--34098272	7	25.6	7	72	20	103	37	1	1	59	1.14
34098104--34098315	21	9.7	21	69	22	66	35	3	1	59	1.22
34098091--34098274	33	5.2	36	74	18	131	37	1	1	59	1.14
34098083--34098291	98	2.1	98	78	11	214	35	1	1	60	1.19
34098265--34098304	19	2.2	18	90	4	62	27	7	2	62	1.35
34104446--34104548	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
34108094--34108158	32	2.0	32	100	0	130	33	12	9	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34112412--34112449	19	2.0	19	94	0	67	18	15	23	42	1.89
34113911--34114118	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
34113911--34114117	80	2.6	80	82	2	245	26	26	22	25	2.00
34128456--34128641	40	4.7	40	86	5	218	26	21	26	25	2.00
34128490--34128674	80	2.3	79	78	11	182	29	21	24	24	1.99
34136531--34136713	39	4.7	40	84	9	193	25	22	26	25	2.00
34136583--34136736	78	2.0	79	81	11	183	27	20	25	26	1.99
34140277--34140306	14	2.1	14	93	0	51	56	20	0	23	1.42
34142208--34142267	30	2.0	30	93	0	102	30	20	13	36	1.90
34146918--34146951	17	2.0	17	88	11	52	58	29	5	5	1.45
34157286--34157506	40	5.5	40	89	1	291	25	21	25	26	2.00
34165517--34165737	40	5.5	40	90	1	309	24	21	26	26	2.00
34165529--34165777	120	2.1	121	80	6	274	26	21	25	26	2.00
34171953--34172326	48	7.8	48	79	1	356	29	16	25	28	1.97
34171953--34172326	96	3.9	96	88	1	545	29	16	25	28	1.97
34176276--34176547	46	5.8	48	73	16	169	25	19	30	24	1.98
34176366--34176547	96	1.9	98	87	5	271	25	19	30	24	1.98
34185010--34185094	24	3.4	24	82	17	118	23	14	25	36	1.93
34187294--34187484	40	4.8	40	88	3	253	24	28	24	23	1.99
34193395--34193534	41	3.5	42	81	9	141	33	28	15	22	1.94
34193533--34193558	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
34198167--34198236	27	2.5	28	84	8	90	50	4	5	40	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34198167--34198236	28	2.6	26	84	13	88	50	4	5	40	1.46
34205586--34205616	15	2.1	15	93	0	53	12	29	16	41	1.85
34213267--34213299	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
34214361--34214425	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
34214530--34214619	27	3.2	28	78	7	94	20	23	23	33	1.97
34214544--34214630	27	3.1	28	78	5	77	22	25	19	32	1.98
34215713--34215746	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
34222073--34222249	46	3.9	45	80	5	212	22	21	28	28	1.99
34229437--34229469	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
34230534--34230600	28	2.4	28	89	0	98	31	26	8	32	1.87
34230704--34230794	27	3.2	27	78	9	85	20	23	24	31	1.98
34234190--34234344	43	3.6	42	81	5	125	28	14	22	34	1.94
34237455--34237493	20	2.0	20	89	0	60	35	2	10	51	1.50
34239128--34239196	28	2.5	28	93	6	115	44	27	8	18	1.79
34245462--34245499	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
34247129--34247197	28	2.5	28	93	6	115	44	27	8	18	1.79
34249020--34249094	37	2.0	37	100	0	150	50	29	0	20	1.48
34252103--34252134	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
34266550--34266580	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
34268014--34268066	28	1.9	28	88	3	81	45	3	1	49	1.31
34273155--34273222	35	1.9	35	84	0	91	33	26	17	22	1.96
34273721--34273764	10	4.6	9	83	11	52	18	0	4	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34273723--34273764	14	2.9	15	82	7	50	16	0	4	78	0.91
34276755--34276838	45	1.9	43	85	4	114	19	33	34	13	1.90
34289655--34289693	2	19.5	2	89	0	60	51	5	0	43	1.24
34290531--34290560	15	1.9	16	93	6	53	46	10	0	43	1.37
34290505--34290589	42	2.0	42	95	0	152	40	10	10	38	1.74
34297537--34297659	29	4.2	29	97	0	219	28	15	29	26	1.96
34297537--34297696	87	1.8	87	83	0	212	26	15	31	26	1.95
34297537--34297725	87	2.2	87	81	1	209	25	15	31	26	1.96
34305591--34305780	29	6.6	29	87	1	229	25	16	32	25	1.96
34311897--34311939	21	2.0	23	86	9	63	18	37	25	18	1.94
34313576--34313641	28	2.4	28	86	0	87	34	19	21	24	1.96
34315111--34315159	24	2.0	24	84	0	62	46	20	16	16	1.83
34317147--34317181	18	1.9	18	100	0	70	48	11	17	22	1.79
34319005--34319098	29	3.2	29	93	0	161	28	15	27	27	1.97
34319001--34319135	58	2.3	58	82	3	157	25	15	31	26	1.96
34320681--34321103	27	15.8	27	86	1	519	40	21	13	23	1.89
34325381--34325425	21	2.1	21	91	0	72	22	33	8	35	1.85
34330081--34330121	21	1.9	22	90	5	66	43	29	2	24	1.67
34334060--34334221	42	3.9	42	72	8	141	29	24	17	29	1.97
34334457--34334500	18	2.4	18	96	0	79	13	29	20	36	1.91
34336534--34336578	23	2.0	23	100	0	90	22	2	31	44	1.65
34348105--34348227	47	2.6	46	79	11	126	26	30	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34349911--34350042	29	4.6	29	86	0	156	25	15	33	25	1.95
34357938--34358069	29	4.6	29	86	0	156	25	15	33	25	1.95
34363694--34363825	29	4.6	29	87	0	174	24	34	15	25	1.95
34371463--34371562	28	3.6	29	90	5	152	25	33	16	26	1.96
34377978--34378112	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
34377924--34378113	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
34385218--34385352	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
34385164--34385353	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
34386449--34386599	77	1.9	79	93	2	261	23	31	20	23	1.98
34386449--34386602	39	3.9	39	92	2	247	24	31	20	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770