genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.572.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  572  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178390280--178390387	38	2.8	38	92	1	180	23	23	14	38	1.92
178390596--178390713	23	5.0	24	84	10	145	26	24	21	27	1.99
178390596--178390713	47	2.5	48	87	9	163	26	24	21	27	1.99
178390764--178390823	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
178390866--178390913	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
178394270--178394378	42	2.6	43	82	4	118	33	13	22	31	1.93
178394282--178394444	42	3.9	40	76	9	121	32	15	23	28	1.95
178399937--178400048	27	4.2	26	85	8	136	36	23	24	16	1.94
178399937--178400048	53	2.1	54	86	5	156	36	23	24	16	1.94
178400154--178400216	26	2.3	26	83	5	72	30	11	23	34	1.90
178407767--178407877	27	4.2	26	84	8	125	35	22	25	17	1.95
178407767--178407877	54	2.1	53	84	5	143	35	22	25	17	1.95
178412705--178412880	46	3.8	46	75	16	175	22	19	27	30	1.98
178412701--178412872	93	1.8	93	88	2	265	22	20	28	29	1.98
178416657--178416743	43	2.0	43	84	4	113	24	18	29	27	1.98
178421590--178421721	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
178421589--178421778	87	2.2	87	80	3	204	24	15	33	26	1.95
178430583--178430836	135	1.9	133	81	10	311	40	5	6	47	1.53
178432080--178432113	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
178432693--178432910	40	5.5	40	90	2	316	23	22	27	26	1.99
178437772--178437968	55	3.6	54	78	4	200	22	22	16	37	1.94
178437947--178438068	47	2.6	47	92	0	199	25	22	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178438040--178438156	47	2.5	48	77	5	130	20	23	23	33	1.97
178443722--178443776	27	2.0	27	82	6	67	27	21	29	21	1.99
178447388--178447478	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
178447574--178447877	49	6.4	49	89	6	473	28	32	9	29	1.88
178447595--178447872	89	3.0	89	90	6	421	28	32	8	29	1.88
178447574--178447823	138	1.8	138	96	0	464	29	32	9	28	1.88
178450469--178450661	29	6.7	29	96	0	341	24	32	16	26	1.96
178450834--178451038	40	5.1	40	93	0	293	24	26	20	27	1.99
178452857--178452947	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
178453043--178453346	49	6.4	49	90	6	482	28	32	9	28	1.88
178453064--178453341	89	3.0	89	91	6	430	28	33	8	29	1.88
178453043--178453292	138	1.8	138	97	0	473	29	33	9	28	1.88
178455620--178455664	22	1.9	25	82	13	60	31	2	42	24	1.67
178457111--178457294	27	6.9	27	84	1	201	28	16	16	38	1.90
178457110--178457324	54	4.0	54	80	1	137	27	17	16	38	1.91
178460056--178460240	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
178460055--178460261	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
178460054--178460261	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
178468028--178468212	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
178468027--178468233	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
178468026--178468233	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
178471032--178471279	40	6.2	40	82	1	284	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178471032--178471279	80	3.1	80	90	1	365	25	27	22	25	2.00
178471052--178471279	120	1.9	120	86	1	323	23	27	22	25	2.00
178473341--178473507	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
178480808--178480909	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
178488670--178488771	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
178494035--178494249	88	2.4	88	86	3	290	26	26	20	26	1.99
178494036--178494249	45	4.9	45	84	5	269	26	27	21	25	1.99
178495231--178495299	34	2.0	35	83	8	88	34	24	21	18	1.96
178503224--178503326	29	3.6	29	97	0	188	29	31	14	25	1.95
178505398--178505564	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
178513397--178513563	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
178520266--178520463	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
178520332--178520449	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
178520300--178520463	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
178521880--178521968	27	3.3	26	79	6	70	37	16	8	37	1.81
178521895--178521984	27	3.3	27	85	3	119	38	17	10	33	1.83
178521895--178522001	54	2.0	54	81	7	128	37	20	10	31	1.86
178521990--178522172	27	6.8	27	89	0	242	26	25	9	38	1.86
178522070--178522321	27	9.3	27	79	6	111	35	21	9	33	1.85
178522023--178522200	54	3.3	54	82	1	142	29	21	8	39	1.84
178522151--178522335	81	2.3	81	80	7	214	39	20	8	31	1.82
178522329--178522379	26	1.9	27	84	11	70	41	11	11	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178522151--178522402	27	9.3	27	77	6	168	38	19	9	32	1.84
178522440--178522523	27	3.1	27	87	3	107	33	22	22	21	1.97
178523326--178523471	26	5.7	26	90	0	231	24	23	23	27	2.00
178523326--178523481	52	3.0	52	92	1	262	26	22	23	26	2.00
178523616--178523707	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
178523731--178523809	31	2.5	31	93	0	140	29	17	26	26	1.98
178527369--178527443	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
178535264--178535338	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
178538526--178538689	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
178545599--178545762	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
178551680--178551854	49	3.5	49	82	3	224	26	16	25	31	1.96
178551675--178551856	100	1.8	100	92	0	310	26	16	25	31	1.96
178553425--178553458	13	2.5	13	95	4	59	52	0	8	38	1.33
178555260--178555457	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
178555326--178555443	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
178555294--178555457	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
178562828--178563025	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
178562894--178563011	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
178562862--178563025	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
178566198--178566381	40	4.7	40	86	6	200	25	21	26	26	1.99
178566251--178566404	78	2.0	78	80	11	172	27	20	25	26	1.99
178574248--178574433	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178574301--178574456	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
178578031--178578081	26	1.9	27	96	4	95	49	21	11	17	1.79
178578031--178578096	26	2.5	26	87	7	89	45	24	10	19	1.82
178580661--178580849	48	3.9	48	88	0	279	24	17	29	28	1.97
178582297--178582471	49	3.5	49	83	6	244	29	25	19	25	1.99
178582284--178582478	49	3.9	48	82	6	237	28	26	20	25	1.99
178582284--178582476	100	1.9	100	95	0	350	28	25	20	25	1.99
178587758--178588002	49	4.9	49	80	3	283	28	26	18	26	1.98
178587771--178588001	100	2.3	98	85	2	300	29	26	18	25	1.98
178591087--178591275	92	2.0	95	94	3	339	21	22	26	29	1.99
178598008--178598192	64	2.8	64	76	10	187	29	17	29	23	1.97
178598041--178598170	67	1.9	66	84	6	172	31	17	30	20	1.96
178603690--178603870	40	4.5	40	80	4	186	26	22	25	25	2.00
178603692--178603870	80	2.2	81	83	3	218	26	22	25	25	2.00
178603726--178603910	80	2.3	80	77	6	178	28	22	24	24	1.99
178605798--178606005	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
178613882--178614088	40	5.2	40	84	3	249	26	27	21	25	2.00
178622863--178623069	40	5.2	40	82	5	222	26	22	26	25	2.00
178624514--178624629	29	4.0	29	84	1	144	25	16	30	28	1.97
178630703--178630851	43	3.4	43	83	11	148	32	14	21	31	1.94
178630749--178630851	43	2.4	42	91	6	163	31	15	22	31	1.95
178635372--178635690	46	6.7	48	76	10	282	27	18	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178639330--178639513	51	3.6	51	86	1	271	29	25	18	27	1.98
178639320--178639513	101	1.9	101	93	0	334	29	24	18	27	1.98
178640327--178640387	30	2.0	30	87	0	86	27	22	8	40	1.82
178643341--178643570	40	5.8	40	93	2	349	23	22	28	26	1.99
178643341--178643596	40	6.4	39	92	4	340	23	22	27	26	1.99
178649127--178649352	40	5.8	40	91	6	315	23	22	27	26	1.99
178649129--178649352	116	1.9	117	86	8	323	23	21	27	26	1.99
178652978--178653136	68	2.4	64	78	11	167	28	28	13	29	1.95
178653797--178653857	30	2.0	30	87	0	86	29	22	4	42	1.75
178658000--178658152	39	3.9	39	91	0	243	24	20	31	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770