Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  117  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33541283--33541335
27
2.0
27
84
0
70
28
13
22
35
1.92
33556987--33557044
16
3.6
16
75
9
55
51
1
1
44
1.21
33565742--33565896
25
6.2
24
70
12
89
32
14
19
33
1.92
33565734--33565862
50
2.6
50
87
0
177
34
13
19
31
1.91
33565780--33565936
76
2.1
76
80
4
174
33
14
20
31
1.92
33565740--33565928
25
7.5
25
68
16
70
30
14
20
33
1.93
33569567--33569669
29
3.6
28
81
5
116
21
16
33
29
1.95
33572615--33572659
20
2.2
20
88
0
63
37
11
2
48
1.51
33580083--33580145
31
2.0
31
93
0
108
38
22
4
34
1.75
33583974--33584092
46
2.6
44
85
11
161
22
28
19
29
1.98
33592280--33592377
39
2.5
40
81
6
103
44
23
4
27
1.71
33597038--33597220
55
3.4
54
81
5
201
20
24
18
36
1.95
33610859--33610892
17
2.0
17
100
0
68
35
17
23
23
1.95
33613817--33614015
82
2.4
83
86
4
258
42
9
16
31
1.79
33614466--33614530
31
2.1
31
100
0
130
49
13
12
24
1.77
33622760--33622828
6
10.7
6
73
14
57
20
1
2
75
1.01
33622766--33622828
21
3.1
20
76
2
63
20
1
3
74
1.04
33622760--33622828
12
5.8
12
72
16
63
20
1
2
75
1.01
33631091--33631233
57
2.5
58
82
1
171
30
19
20
30
1.97
33637071--33637125
27
2.0
27
92
0
92
43
20
9
27
1.81
33648212--33648245
11
3.1
11
87
12
52
2
14
0
82
0.79
33651073--33651388
48
6.6
48
75
12
249
29
18
28
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33651058--33651388
144
2.3
143
80
6
357
29
17
28
24
1.98
33651073--33651373
96
3.1
96
80
4
297
29
18
27
24
1.98
33653977--33654137
29
5.6
29
93
0
259
26
14
32
26
1.95
33653978--33654196
87
2.5
87
82
4
237
26
15
32
25
1.95
33663633--33663894
129
2.0
129
95
0
470
41
17
17
23
1.89
33667134--33667192
30
2.0
30
83
6
75
47
11
8
32
1.70
33671855--33671895
21
2.0
20
90
4
64
19
17
12
51
1.76
33687122--33687156
18
2.0
18
94
5
63
17
31
40
11
1.85
33699924--33699970
23
2.1
22
92
4
76
2
21
0
76
0.89
33701835--33701899
22
3.0
22
79
0
76
16
27
16
38
1.91
33702382--33702433
20
2.6
20
90
0
77
21
7
15
55
1.64
33702628--33702670
21
2.0
21
82
8
52
37
16
20
25
1.93
33703171--33703240
29
2.5
27
82
11
86
17
2
2
77
1.02
33703195--33703238
12
3.6
12
80
17
54
18
2
0
79
0.83
33703209--33703258
21
2.3
22
83
10
59
18
4
2
76
1.04
33703183--33703266
25
3.3
26
72
14
75
21
2
3
72
1.11
33703253--33703301
20
2.3
21
89
6
73
26
2
2
69
1.10
33705650--33705753
34
3.0
35
75
6
106
30
23
24
22
1.99
33713311--33713406
34
2.8
34
81
7
115
29
21
26
22
1.99
33715238--33715272
18
1.9
18
100
0
70
45
11
22
20
1.82
33720338--33720441
42
2.4
43
83
10
117
27
14
24
33
1.94
33729414--33729457
13
3.3
13
84
15
63
52
0
0
47
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33739568--33739597
15
2.1
14
93
6
51
53
0
0
46
1.00
33739789--33739875
38
2.3
38
91
2
147
48
6
8
36
1.60
33748753--33748797
2
23.0
2
95
4
83
48
0
0
51
1.00
33752838--33753053
46
4.8
45
75
12
192
28
18
29
24
1.98
33752838--33753104
44
5.8
44
74
14
177
28
17
30
23
1.97
33754725--33754754
11
2.7
11
100
0
60
6
43
0
50
1.28
33755319--33755365
24
2.0
24
91
0
76
51
23
19
6
1.70
33755319--33755369
8
6.4
8
80
8
59
52
21
19
5
1.66
33756914--33757054
40
3.5
40
83
1
158
22
28
22
26
1.99
33756914--33757095
39
4.6
40
80
4
163
22
26
23
28
1.99
33765026--33765166
40
3.6
38
81
4
138
21
28
23
26
1.99
33765055--33765166
40
2.8
39
86
2
143
21
27
23
27
1.99
33767006--33767067
29
2.1
29
87
0
88
25
19
30
24
1.98
33790354--33790447
29
3.2
29
95
0
161
25
28
15
29
1.96
33790316--33790447
58
2.3
58
82
2
158
25
33
15
25
1.95
33791763--33791800
20
2.1
18
85
14
51
10
15
0
73
1.09
33798275--33798333
28
2.1
28
83
0
73
25
11
32
30
1.92
33808991--33809155
43
3.8
44
75
12
119
25
16
27
30
1.96
33809045--33809155
43
2.6
43
78
7
120
26
17
26
30
1.97
33812452--33812492
17
2.4
18
80
12
50
41
12
14
31
1.83
33818530--33818577
25
1.9
25
87
8
71
33
16
20
29
1.95
33818755--33818836
30
2.7
31
83
7
116
31
18
26
23
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33826395--33826465
25
2.8
25
84
2
88
25
28
19
26
1.99
33826421--33826472
25
2.1
24
85
3
68
32
25
17
25
1.97
33826686--33826768
30
2.7
31
83
7
109
33
19
25
21
1.97
33833762--33833941
94
1.9
94
85
4
247
31
15
7
46
1.73
33835521--33835655
43
3.2
43
90
1
200
31
32
13
22
1.93
33843056--33843119
33
2.0
32
84
3
83
20
23
20
35
1.96
33843081--33843140
27
2.3
26
85
2
75
21
23
20
35
1.96
33843502--33843529
9
3.1
9
100
0
56
21
0
0
78
0.75
33847945--33848189
27
9.1
27
86
1
339
24
20
19
35
1.96
33848177--33848301
27
4.7
26
84
4
144
28
8
20
43
1.80
33848174--33848328
81
1.9
80
88
1
229
29
7
20
42
1.80
33848321--33848474
27
5.7
27
85
6
195
40
7
20
30
1.81
33848196--33848369
81
2.1
82
78
7
185
32
7
20
39
1.81
33848320--33848474
54
2.9
54
83
7
215
41
7
20
30
1.80
33848295--33848468
81
2.1
81
81
0
204
40
8
18
32
1.80
33848321--33848474
81
1.9
81
87
0
227
40
7
20
30
1.81
33850915--33851011
34
2.9
34
89
3
133
26
24
22
25
2.00
33869404--33869580
40
4.4
40
83
4
225
23
22
27
26
1.99
33869808--33869849
22
1.9
22
85
9
59
33
9
14
42
1.78
33874765--33874814
24
2.1
24
92
0
82
54
12
10
24
1.67
33890137--33890172
2
18.0
2
94
0
63
50
2
0
47
1.15
33890157--33890224
36
1.9
34
94
5
118
45
4
16
33
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33902873--33902942
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
33902873--33902954
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
33907237--33907288
26
2.0
26
96
0
95
34
9
11
44
1.73
33911898--33911984
24
3.6
24
96
0
165
21
17
25
35
1.95
33911898--33912006
48
2.3
48
91
3
175
24
17
23
33
1.96
33911898--33912006
24
4.5
24
90
2
157
24
17
23
33
1.96
33920381--33920606
114
2.0
114
91
0
362
29
22
16
32
1.95
33930889--33930960
35
2.1
35
100
0
144
29
19
22
29
1.98
33931144--33931315
93
1.8
93
93
0
299
29
29
20
20
1.98
33931137--33931312
46
3.8
46
76
12
198
30
28
20
20
1.98
33938011--33938082
35
2.1
35
100
0
144
29
19
22
29
1.98
33938266--33938438
93
1.9
93
92
0
292
27
28
22
20
1.99
33938259--33938434
46
3.8
46
76
12
189
28
28
22
20
1.98
33939930--33940029
34
2.9
34
86
0
137
25
26
24
25
2.00
33942299--33942398
49
2.0
49
96
0
182
30
14
28
28
1.95
33952327--33952413
42
2.0
42
84
6
113
28
22
18
29
1.97
33952335--33952438
42
2.4
43
75
12
97
30
25
18
25
1.98
33956587--33956622
18
2.0
18
100
0
72
22
16
27
33
1.95
33957117--33957173
27
2.1
27
90
0
87
42
8
12
36
1.74
33965523--33965605
30
2.8
32
83
10
113
21
25
19
33
1.97
33965828--33965897
25
2.8
25
93
2
113
25
22
25
25
2.00
33970905--33970938
18
1.9
18
88
5
52
52
8
11
26
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33970926--33971019
6
15.3
6
70
12
66
48
12
17
21
1.79
33970947--33971019
31
2.4
31
88
0
101
47
13
17
20
1.81
33971514--33971624
27
4.1
27
90
5
154
36
21
22
19
1.96
33971848--33972279
81
5.3
81
87
2
593
26
19
18
35
1.95
33971850--33972283
27
16.1
27
85
5
522
26
19
17
35
1.94
33974310--33974402
6
15.3
6
66
18
50
48
12
16
22
1.80
33974333--33974402
31
2.3
30
85
2
86
48
14
15
21
1.80
33974897--33975006
27
4.0
28
86
3
136
37
20
21
20
1.95
33975231--33975663
27
16.0
27
90
0
607
25
20
19
34
1.96
33977179--33977395
40
5.5
40
86
3
280
25
27
21
25
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770