genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.565.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  565  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176054396--176054603	40	5.2	40	82	2	193	25	23	25	25	2.00
176054398--176054603	80	2.6	80	82	4	220	25	23	25	25	2.00
176062714--176062877	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
176062714--176062877	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
176071362--176071583	40	5.6	41	83	10	261	26	27	21	25	1.99
176075363--176075577	49	4.4	49	96	0	367	28	9	32	29	1.88
176075679--176075800	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
176077853--176078014	29	5.7	29	97	1	292	26	16	32	24	1.96
176078498--176078596	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
176081317--176081626	49	6.4	49	96	1	545	27	8	33	29	1.87
176081728--176081849	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
176083228--176083471	121	2.0	122	98	0	472	29	11	23	35	1.89
176086656--176086966	49	6.4	49	96	1	536	27	9	33	29	1.87
176087068--176087189	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
176090787--176090949	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
176090787--176090983	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
176098319--176098481	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
176098319--176098515	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
176099783--176100003	43	5.1	43	75	4	194	27	25	18	28	1.98
176099777--176100026	86	2.9	86	80	2	225	28	24	17	30	1.97
176099783--176100018	129	1.8	129	84	5	325	28	25	17	28	1.98
176099836--176100029	43	4.5	43	75	3	131	28	25	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176099783--176100058	129	2.1	129	81	6	301	29	25	16	28	1.97
176100389--176100419	5	6.2	5	100	0	62	0	38	19	41	1.51
176100893--176100921	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
176103417--176103556	40	3.5	40	86	1	156	26	27	23	22	2.00
176103458--176103609	40	3.8	40	85	5	191	25	26	24	23	2.00
176111563--176111714	40	3.8	40	88	5	209	24	28	24	23	2.00
176116169--176116330	39	4.2	39	90	1	245	26	29	21	22	1.99
176116169--176116330	77	2.1	78	89	1	245	26	29	21	22	1.99
176123775--176123950	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
176123771--176123942	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
176126894--176126962	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
176126885--176126972	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
176129355--176129527	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
176133989--176134198	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
176142123--176142332	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
176148461--176148543	30	2.8	30	73	0	85	27	16	27	27	1.97
176151526--176151573	20	2.4	20	71	0	51	20	27	18	33	1.96
176154324--176154385	21	3.0	20	79	11	63	77	3	16	3	1.03
176154329--176154385	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
176154329--176154385	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
176156382--176156430	20	2.4	20	86	3	62	20	26	22	30	1.98
176157792--176157838	20	2.3	20	81	0	67	23	23	19	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176159500--176159556	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
176159956--176160130	46	3.8	46	78	15	200	20	20	29	29	1.98
176159953--176160123	93	1.8	92	93	3	299	21	21	29	28	1.98
176167479--176167654	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
176167476--176167647	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
176174180--176174363	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
176174220--176174408	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
176179924--176180105	39	4.6	39	85	8	228	25	28	21	24	1.99
176183803--176183865	27	2.3	27	81	5	74	25	25	15	33	1.95
176183916--176184149	27	8.7	27	78	7	145	32	9	18	40	1.82
176184006--176184157	53	2.8	54	85	2	198	28	7	21	41	1.81
176184006--176184190	27	6.9	27	81	4	214	29	9	20	40	1.84
176184005--176184199	80	2.4	78	79	9	221	28	9	21	40	1.85
176184189--176184332	27	5.3	27	88	0	171	39	4	24	31	1.76
176186579--176186723	31	4.7	31	89	2	222	29	24	15	30	1.95
176186579--176186723	61	2.4	62	90	2	231	29	24	15	30	1.95
176186943--176187012	25	2.8	25	95	0	122	24	21	25	28	1.99
176189915--176190168	47	5.3	47	92	2	400	31	8	30	29	1.87
176192472--176192538	27	2.5	27	80	0	80	19	23	19	37	1.94
176192567--176192810	27	9.0	27	80	3	193	31	9	19	38	1.84
176192678--176192830	27	5.7	27	87	3	211	30	7	21	40	1.81
176192678--176192863	54	3.5	53	82	8	207	30	10	20	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176192677--176192872	81	2.4	80	79	8	209	29	10	21	38	1.87
176192674--176192870	27	7.3	27	77	11	154	29	10	21	38	1.87
176192862--176193005	27	5.3	27	86	3	182	38	6	25	29	1.80
176197018--176197062	22	2.0	22	100	0	90	22	26	17	33	1.96
176198441--176198479	10	3.8	10	90	6	60	33	15	17	33	1.92
176198441--176198480	21	1.9	21	94	0	71	32	15	17	35	1.91
176198443--176198488	21	2.2	21	88	0	65	36	17	15	30	1.91
176200885--176201006	47	2.6	48	82	3	140	36	30	12	21	1.90
176201185--176201224	20	2.0	20	95	0	71	30	17	15	37	1.90
176205704--176205884	39	4.6	39	81	2	211	23	30	21	24	1.99
176209664--176209945	24	11.9	24	95	1	480	35	24	18	21	1.96
176213316--176213493	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
176219665--176219849	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
176219658--176219849	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
176225815--176225937	22	5.3	22	63	18	61	32	12	29	26	1.92
176225528--176226008	47	10.2	47	94	0	773	32	10	29	27	1.90
176226130--176226212	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
176231237--176231420	79	2.3	80	82	8	216	23	27	23	24	2.00
176231230--176231420	40	4.8	40	78	7	185	23	28	23	24	2.00
176236162--176236338	40	4.5	40	82	7	184	25	27	20	25	1.99
176239139--176239232	34	2.8	33	79	10	93	22	21	26	29	1.99
176242182--176242282	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176250080--176250180	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
176258750--176258992	24	10.1	24	95	0	405	20	18	25	35	1.95
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176267632--176267727	30	3.2	30	63	21	74	45	0	17	36	1.49
176269482--176269665	40	4.6	40	77	4	183	24	27	22	25	2.00
176269481--176269665	80	2.3	81	81	4	205	24	27	23	25	2.00
176274188--176274360	93	1.9	93	96	0	319	27	30	21	20	1.98
176274181--176274356	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
176275746--176275775	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
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176285273--176285491	40	5.5	40	93	2	372	22	22	27	26	1.99
176285273--176285491	79	2.8	80	92	3	372	22	22	27	26	1.99
176298321--176298470	64	2.3	64	81	13	159	23	28	16	32	1.96
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176304353--176304506	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
176309177--176309228	18	2.9	18	81	13	54	51	15	11	21	1.74
176309215--176309282	25	2.7	25	80	8	84	47	14	19	19	1.83
176309240--176309311	31	2.3	32	90	7	112	50	13	15	20	1.78
176310845--176311062	40	5.5	39	84	7	226	23	26	23	26	2.00
176310845--176311063	79	2.7	79	83	2	269	24	26	23	26	2.00
176318935--176319153	40	5.5	40	86	4	264	24	26	22	26	2.00
176322817--176322915	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176343082--176343232	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
176343086--176343268	80	2.3	79	82	9	219	24	26	22	26	2.00
176347187--176347219	16	2.1	16	100	0	66	24	24	6	45	1.75
176347090--176347334	131	1.9	131	100	0	490	38	22	7	31	1.82
176347543--176347682	46	3.1	45	73	8	113	30	27	18	22	1.97
176349858--176349885	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
176350358--176350458	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
176350387--176350458	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
176359009--176359098	28	3.2	28	95	1	155	31	26	14	27	1.95
176360963--176361020	15	3.9	15	84	4	64	17	12	15	55	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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