Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  704  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
222282719--222282751
10
3.5
10
84
16
52
42
9
39
9
1.68
222283573--222283642
23
3.1
23
64
2
61
32
42
2
21
1.67
222283661--222283751
7
12.6
7
69
15
51
29
38
4
27
1.76
222283697--222283743
15
3.2
15
80
11
53
25
40
6
27
1.80
222283840--222283879
15
2.7
14
84
7
53
47
32
0
20
1.50
222283909--222283959
14
3.7
14
78
5
59
50
21
0
27
1.48
222284235--222284490
41
6.2
41
81
3
273
28
19
23
28
1.98
222284266--222284505
123
1.9
124
84
4
315
28
20
24
26
1.99
222285778--222285855
39
2.0
39
100
0
156
41
10
10
38
1.73
222287150--222287205
26
2.2
26
100
0
112
26
23
14
35
1.93
222290943--222291069
40
3.2
39
76
8
130
22
28
24
24
2.00
222303567--222303698
29
4.6
29
84
1
149
25
16
32
25
1.96
222310910--222311041
29
4.6
29
84
1
149
25
16
32
25
1.96
222314925--222315150
9
24.6
9
75
9
143
38
0
12
47
1.48
222314925--222315150
18
12.3
18
76
9
161
38
0
12
47
1.48
222314978--222315150
27
6.2
27
77
10
159
38
1
13
46
1.50
222314901--222315122
114
1.9
114
86
3
313
38
0
12
47
1.48
222315255--222315310
15
3.8
15
78
21
73
53
0
0
46
1.00
222315486--222315553
24
2.8
24
82
8
93
44
5
19
30
1.74
222320381--222320412
15
2.1
15
94
0
55
31
9
0
59
1.29
222320348--222320393
23
1.9
24
86
8
67
45
0
0
54
0.99
222320832--222320881
18
2.7
18
84
9
66
48
2
4
46
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
222321190--222321377
40
4.6
41
90
1
281
26
28
21
23
1.99
222321190--222321377
81
2.3
81
89
2
288
26
28
21
23
1.99
222322999--222323150
39
3.9
39
92
0
252
24
32
20
23
1.98
222322999--222323148
77
1.9
78
94
1
266
24
32
20
23
1.98
222326113--222326161
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
222326977--222327143
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
222334105--222334153
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
222334972--222335138
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
222339534--222339634
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
222347494--222347594
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
222352176--222352395
122
1.8
122
86
4
318
32
10
23
34
1.88
222352391--222352520
40
3.2
40
82
4
165
23
24
28
23
2.00
222352354--222352520
80
2.1
79
81
7
196
25
23
27
23
2.00
222361109--222361178
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
222367777--222367848
29
2.6
29
86
4
103
25
31
16
26
1.96
222377041--222377166
27
4.7
27
92
2
191
42
19
7
30
1.78
222377041--222377221
53
3.4
53
81
3
202
40
20
8
30
1.82
222377041--222377220
80
2.2
81
84
4
222
40
21
8
30
1.82
222377150--222377224
27
2.8
27
87
4
107
38
24
10
26
1.88
222377216--222377502
53
5.4
54
82
7
345
28
24
8
39
1.84
222377216--222377502
27
10.8
27
87
4
388
28
24
8
39
1.84
222378736--222378783
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
222378826--222378884
20
3.0
20
97
0
109
37
10
20
32
1.86
222378830--222378884
11
5.4
11
70
16
55
38
10
20
30
1.87
222378935--222379076
24
6.0
24
90
4
200
28
22
21
26
1.99
222378935--222379076
47
3.0
47
89
6
198
28
22
21
26
1.99
222379268--222379331
31
2.1
31
96
0
119
39
15
21
23
1.92
222382101--222382332
27
8.7
26
88
3
252
40
21
8
30
1.82
222382101--222382277
27
6.7
27
92
3
263
41
20
7
30
1.79
222382101--222382277
53
3.3
53
90
4
261
41
20
7
30
1.79
222382327--222382608
27
10.8
27
86
7
368
28
23
7
40
1.82
222382327--222382608
101
2.7
105
86
7
407
28
23
7
40
1.82
222382327--222382619
74
3.7
81
86
7
295
29
23
7
39
1.82
222382297--222382652
80
4.5
81
81
6
241
30
23
8
38
1.84
222383842--222383889
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
222383937--222383990
11
5.4
11
70
20
55
37
11
20
31
1.88
222383932--222383990
19
3.0
20
95
5
111
35
10
20
33
1.86
222384041--222384183
24
6.0
24
91
4
209
28
22
22
26
1.99
222384041--222384183
47
3.0
47
90
5
207
28
22
22
26
1.99
222384041--222384184
71
2.0
72
89
4
220
29
22
22
26
1.99
222384375--222384438
31
2.1
31
96
0
119
39
15
21
23
1.92
222387207--222387433
27
8.7
26
84
7
230
40
20
8
30
1.82
222387207--222387432
79
2.9
79
84
7
239
40
20
8
30
1.82
222387428--222387713
27
10.8
27
89
4
422
27
23
8
39
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
222387428--222387713
79
3.6
79
91
4
443
27
23
8
39
1.84
222387362--222387724
27
13.7
27
84
6
174
30
23
8
37
1.85
222388948--222388995
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
222389039--222389097
20
3.0
20
97
0
109
37
10
20
32
1.86
222389043--222389097
11
5.4
11
70
16
55
38
10
20
30
1.87
222389148--222389290
24
6.0
24
91
4
209
28
22
22
26
1.99
222389148--222389290
47
3.0
47
90
5
207
28
22
22
26
1.99
222389148--222389291
71
2.0
72
89
4
220
29
22
22
26
1.99
222389482--222389545
31
2.1
31
96
0
119
39
15
21
23
1.92
222392309--222392530
27
8.7
26
80
10
167
39
21
8
31
1.83
222392309--222392367
22
2.5
23
81
10
66
45
18
5
30
1.71
222392309--222392475
27
6.6
27
81
12
178
40
20
7
31
1.80
222392368--222392464
50
2.0
50
93
2
169
37
20
8
34
1.83
222392367--222392465
26
4.0
23
83
12
101
37
21
8
33
1.83
222392309--222392475
76
2.2
75
85
8
214
40
20
7
31
1.80
222392525--222392810
27
10.8
27
88
4
413
28
23
8
40
1.83
222394043--222394090
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
222394138--222394191
11
5.4
11
70
20
55
37
11
20
31
1.88
222394133--222394191
19
3.0
20
95
5
111
35
10
20
33
1.86
222394242--222394384
24
6.0
24
91
4
209
28
22
22
26
1.99
222394242--222394384
47
3.0
47
90
5
207
28
22
22
26
1.99
222394242--222394385
71
2.0
72
89
4
220
29
22
22
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
222394576--222394639
31
2.1
31
93
0
110
37
15
23
23
1.93
222397469--222397551
26
3.2
26
83
11
116
37
22
7
32
1.82
222397559--222397627
24
2.8
25
80
12
79
34
24
11
28
1.91
222397619--222397908
26
10.8
27
82
8
326
27
23
8
40
1.83
222397619--222397908
53
5.4
54
81
8
326
27
23
8
40
1.83
222399141--222399187
25
1.9
24
82
4
58
34
25
17
23
1.96
222399230--222399290
20
3.0
21
95
4
115
37
9
19
32
1.85
222399344--222399487
24
6.0
23
90
5
200
29
22
22
25
1.99
222399344--222399487
70
2.0
72
88
6
213
29
22
22
25
1.99
222399675--222399734
31
1.9
31
96
0
111
36
16
21
25
1.94
222402879--222403040
69
2.3
71
97
2
310
18
28
17
35
1.94
222402879--222403074
69
2.8
70
90
5
240
20
28
17
33
1.95
222406597--222406746
39
3.8
39
88
0
183
24
32
22
21
1.98
222406633--222406746
39
2.9
39
93
1
192
24
32
20
22
1.98
222413630--222413793
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
222413630--222413827
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
222417354--222417503
39
3.8
39
88
0
183
24
32
22
21
1.98
222417390--222417503
39
2.9
39
93
1
192
24
32
20
22
1.98
222424377--222424540
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
222424377--222424574
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
222428007--222428075
27
2.6
27
90
0
111
30
26
14
28
1.95
222435938--222436007
27
2.5
28
88
2
106
31
25
14
28
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
222441428--222441545
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
222441396--222441559
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
222449006--222449123
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
222448974--222449137
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
222453248--222453377
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
222453264--222453414
40
3.8
40
78
6
146
22
26
23
27
2.00
222453264--222453412
80
1.9
79
83
6
194
22
26
24
26
2.00
222461247--222461376
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
222461263--222461414
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
222461263--222461412
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770