genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.605.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  605  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189302513--189302572	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
189302540--189302681	67	2.1	67	85	5	185	30	22	27	19	1.98
189302611--189302662	27	2.0	26	84	3	68	32	21	26	19	1.97
189302925--189303146	53	4.2	54	87	4	281	24	21	18	36	1.95
189302921--189303146	80	2.8	80	90	2	330	25	21	17	35	1.95
189302921--189303146	27	8.5	27	86	4	280	25	21	17	35	1.95
189303193--189303505	27	11.6	27	83	0	333	29	9	22	38	1.86
189304824--189304876	26	2.0	26	100	0	106	43	7	7	41	1.61
189306760--189306804	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
189308481--189308518	13	2.9	13	96	0	67	13	23	39	23	1.90
189309892--189309982	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
189310078--189310303	49	4.4	49	84	11	290	29	32	9	28	1.88
189310160--189310278	60	2.0	60	98	0	229	31	34	6	27	1.83
189314646--189314753	43	2.5	42	78	8	103	29	18	22	29	1.97
189314677--189314759	43	1.9	43	85	4	114	26	16	24	32	1.96
189324663--189324708	24	1.9	24	100	0	92	23	15	43	17	1.87
189324664--189324716	24	2.2	24	93	0	88	22	16	41	18	1.90
189332784--189332866	43	1.9	43	83	9	107	26	18	24	31	1.97
189333691--189333728	19	2.0	19	100	0	76	31	0	31	36	1.58
189346160--189346225	13	5.1	13	76	7	71	28	9	24	37	1.86
189346152--189346225	26	2.9	26	78	9	80	28	9	24	37	1.86
189354001--189354050	25	2.0	25	84	7	66	38	32	2	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189355394--189355442	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
189356264--189356430	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
189358729--189358912	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
189358769--189358957	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
189362796--189362869	28	2.6	29	80	2	87	21	36	20	21	1.95
189370640--189370714	29	2.6	29	80	0	87	22	36	20	21	1.96
189377353--189377521	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
189385276--189385345	27	2.6	27	88	2	104	30	31	14	24	1.94
189394443--189394499	30	1.9	30	85	7	80	38	8	24	28	1.85
189399722--189399752	15	2.1	15	100	0	62	25	12	35	25	1.92
189414688--189414735	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
189414783--189414836	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
189414778--189414836	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
189414887--189415005	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
189414887--189415005	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
189415197--189415260	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
189418797--189418896	45	2.2	45	83	3	130	41	12	22	25	1.88
189418797--189418927	45	2.9	45	80	2	120	38	16	20	24	1.92
189421624--189421708	45	1.9	44	85	2	116	38	18	21	21	1.93
189421963--189422061	27	3.6	28	70	16	91	32	14	33	20	1.92
189424698--189424905	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
189424700--189424905	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189432841--189432970	29	4.5	29	90	1	172	28	28	14	28	1.95
189434545--189434736	39	4.9	39	93	0	321	23	29	20	26	1.99
189442598--189442750	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
189442567--189442749	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
189446467--189446648	80	2.3	78	81	6	190	24	31	19	24	1.98
189446500--189446649	39	3.8	39	85	7	180	25	32	18	24	1.97
189451367--189451404	20	1.9	20	100	0	76	57	23	13	5	1.56
189452029--189452083	28	2.0	28	96	0	101	36	20	9	34	1.84
189457877--189457973	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
189460082--189460164	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
189460115--189460170	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
189460140--189460164	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
189460236--189460292	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
189460236--189460292	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
189460234--189460303	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
189461196--189461236	12	3.5	12	86	6	57	12	7	4	75	1.16
189462906--189463002	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
189468384--189468454	20	3.5	20	86	3	99	46	22	16	14	1.83
189469954--189469993	19	2.1	19	90	0	62	27	35	15	22	1.94
189477709--189477748	19	2.1	19	85	0	53	27	32	15	25	1.95
189478227--189478271	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
189479251--189479310	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
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189479257--189479304	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
189482699--189482865	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
189490474--189490691	122	1.8	120	80	6	260	31	11	23	33	1.90
189490649--189490815	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
189494609--189494772	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
189494609--189494806	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
189496063--189496149	38	2.3	38	87	0	120	32	26	21	19	1.97
189497700--189497871	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
189497692--189497867	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
189500247--189500335	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
189500247--189500326	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
189500258--189500335	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
189503241--189503414	46	3.8	45	81	12	219	28	28	21	21	1.98
189503249--189503419	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
189509154--189509214	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
189511994--189512201	40	5.2	40	85	1	267	26	28	20	24	1.99
189511994--189512205	80	2.7	80	87	0	318	26	28	20	24	1.99
189524929--189525100	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
189524922--189525097	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
189532443--189532571	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
189532451--189532590	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
189535877--189536060	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189535917--189536105	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
189545334--189545369	17	2.1	18	90	10	58	66	2	16	13	1.36
189546455--189546553	28	3.5	29	93	5	159	27	12	28	32	1.92
189549904--189550094	30	6.5	30	91	5	291	27	25	13	33	1.93
189555175--189555303	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
189562560--189562688	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
189569946--189570074	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
189573420--189573457	19	2.0	19	100	0	76	36	10	10	42	1.74
189575273--189575485	105	2.0	105	91	0	345	18	28	17	35	1.94
189576617--189576661	9	4.8	9	86	10	63	33	11	22	33	1.89
189579150--189579278	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
189586535--189586663	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
189594024--189594172	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
189594065--189594172	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
189613698--189613767	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
189621616--189621685	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
189627282--189627354	28	2.5	29	84	4	94	30	28	13	27	1.94
189635208--189635308	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
189651235--189651364	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
189659300--189659429	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
189661908--189662030	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
189662133--189662210	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189664196--189664504	29	10.7	29	97	0	564	25	16	33	24	1.96
189664988--189665086	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
189668189--189668311	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
189668414--189668491	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
189672360--189672421	32	1.9	32	90	0	97	41	17	17	22	1.90
189674741--189674780	18	2.2	18	95	0	71	25	15	20	40	1.90
189675206--189675276	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
189675206--189675299	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
189676689--189676800	27	4.2	26	80	7	125	16	23	22	38	1.93
189676689--189676800	54	2.1	54	84	3	145	16	23	22	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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