genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.364.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  364  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111743368--111743487	29	4.1	29	84	4	134	27	29	15	28	1.96
111745225--111745282	29	2.0	29	96	0	107	34	8	18	37	1.82
111745415--111745450	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
111751792--111751976	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
111751785--111751976	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
111759843--111759987	40	3.7	40	79	7	170	24	27	22	25	2.00
111761845--111761953	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
111762103--111762249	50	3.0	50	89	3	226	29	24	8	38	1.84
111762208--111762446	47	5.1	47	92	2	367	26	30	11	31	1.92
111762274--111762351	23	3.2	25	66	29	69	30	30	8	29	1.88
111762299--111762374	22	3.3	22	68	22	66	26	30	11	31	1.92
111766282--111766449	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
111766282--111766449	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
111773942--111774088	50	3.0	50	89	3	226	29	23	8	38	1.84
111774047--111774285	47	5.1	47	92	1	374	26	29	11	31	1.92
111774113--111774190	23	3.2	25	66	29	69	30	30	8	29	1.88
111774138--111774213	22	3.3	22	68	22	66	26	30	11	31	1.92
111782868--111782925	25	2.3	24	80	13	64	58	6	3	31	1.41
111784453--111784493	20	2.0	20	100	0	82	34	24	9	31	1.88
111797086--111797129	21	2.2	19	84	8	52	22	0	9	68	1.18
111800172--111800216	23	2.0	24	86	8	67	48	0	0	51	1.00
111801958--111801986	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111804379--111804473	35	2.9	32	82	11	129	70	20	6	3	1.23
111804912--111805001	44	2.1	44	97	2	173	0	43	0	56	0.99
111805236--111805265	13	2.3	13	100	0	60	33	6	0	60	1.23
111805463--111805502	10	4.0	11	87	12	52	47	0	5	47	1.24
111805463--111805495	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
111805576--111805665	43	2.1	44	97	2	173	56	0	43	0	0.99
111806144--111806180	17	2.2	17	90	9	58	0	8	2	89	0.58
111806884--111807264	87	4.5	87	75	13	371	36	19	15	28	1.92
111807232--111807596	116	3.0	120	81	10	400	38	21	15	25	1.92
111807478--111807966	72	6.7	72	86	3	615	34	21	15	28	1.94
111807478--111808109	146	4.2	143	83	6	665	33	21	16	28	1.95
111807478--111808109	218	2.8	217	89	5	879	33	21	16	28	1.95
111807946--111807980	14	2.5	14	90	0	52	62	5	14	17	1.49
111807876--111808054	91	2.0	86	84	5	232	35	19	18	26	1.95
111807811--111808111	164	1.9	160	89	2	467	31	20	17	30	1.96
111807970--111808110	73	1.9	74	88	2	212	26	22	20	29	1.99
111808123--111808184	30	2.1	30	90	0	97	40	30	11	17	1.85
111808281--111808315	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
111816062--111816097	16	2.3	15	90	4	54	0	8	2	88	0.59
111816482--111816516	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
111818170--111818217	21	2.3	20	80	16	53	16	22	37	22	1.94
111818503--111818535	13	2.5	13	95	0	57	12	24	42	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111818906--111818975	6	12.2	6	78	14	58	80	5	11	2	1.00
111818915--111818998	24	3.5	24	73	14	66	79	5	8	5	1.04
111822861--111822907	24	2.0	23	83	4	58	31	0	8	59	1.27
111824510--111824572	21	3.1	20	77	18	67	14	28	33	23	1.94
111827030--111827067	18	2.1	18	95	0	67	57	5	13	23	1.56
111828391--111828524	26	5.2	26	91	3	218	33	5	24	36	1.78
111828391--111828524	50	2.6	52	94	3	236	33	5	24	36	1.78
111830307--111830589	134	2.1	136	95	2	509	24	18	25	31	1.97
111834274--111834408	26	5.2	26	93	1	227	33	5	24	37	1.78
111834274--111834408	51	2.6	52	96	1	245	33	5	24	37	1.78
111836191--111836474	135	2.1	136	95	2	509	24	18	25	32	1.97
111841771--111841815	19	2.4	19	96	0	81	46	8	4	40	1.55
111847400--111847440	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
111847685--111847712	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
111847785--111848089	3	99.7	3	73	14	214	62	2	5	28	1.33
111850317--111850368	25	2.0	26	82	10	63	25	15	23	36	1.93
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111851841--111851974	51	2.6	52	89	2	218	36	22	5	35	1.77
111856321--111856347	14	1.9	14	100	0	54	33	29	7	29	1.85
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111856873--111856902	11	2.6	12	94	5	53	13	50	26	10	1.73
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111862336--111862490	80	1.9	80	83	7	199	22	27	22	27	1.99
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111878228--111878299	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
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111882467--111882678	80	2.7	80	89	0	327	23	20	28	27	1.99
111889820--111889967	40	3.7	40	88	0	197	23	21	29	25	1.99
111889820--111889987	80	2.1	80	81	3	196	23	20	27	27	1.99
111891361--111891511	42	3.5	43	78	10	148	25	18	24	31	1.97
111897368--111897589	40	5.6	40	87	4	263	22	25	28	23	1.99
111897408--111897589	79	2.3	80	89	0	276	23	25	28	23	2.00
111897408--111897624	119	1.8	119	85	4	305	23	25	27	23	2.00
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111907440--111907585	68	2.1	68	92	0	238	48	15	17	18	1.81
111907476--111907558	43	1.9	43	100	0	166	45	18	19	16	1.85
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111908115--111908363	54	4.6	54	85	2	311	24	19	18	38	1.93
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111908118--111908356	81	3.0	81	90	0	363	23	20	17	38	1.93
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111908399--111908688	81	3.6	80	83	2	312	30	9	21	38	1.85
111908483--111908688	54	3.8	54	90	2	288	30	7	21	40	1.81
111908457--111908688	27	8.6	27	89	1	254	31	8	20	39	1.83
111913025--111913154	12	10.6	12	73	14	68	53	13	13	18	1.72
111913039--111913117	37	2.1	37	83	0	95	55	13	11	18	1.68
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111913141--111913208	25	2.7	25	88	0	100	47	17	17	17	1.84
111913104--111913208	31	3.4	30	76	15	115	47	17	17	18	1.83
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111913457--111913508	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
111913753--111914031	27	10.3	27	83	4	255	23	20	18	37	1.94
111913753--111914031	54	5.2	54	83	4	305	23	20	18	37	1.94
111913757--111914029	81	3.4	81	89	0	395	23	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111914011--111914284	27	10.1	27	82	4	104	31	10	21	36	1.88
111914068--111914282	54	4.0	53	83	3	225	30	11	21	37	1.88
111914051--111914282	81	2.9	82	81	1	252	30	10	21	37	1.87
111915938--111916145	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
111915940--111916145	80	2.6	80	85	1	252	26	22	26	25	2.00
111921098--111921232	43	3.2	43	82	6	116	22	28	18	29	1.98
111921124--111921294	43	4.0	43	78	7	152	25	29	19	26	1.98
111922891--111922920	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
111928150--111928397	40	6.2	40	87	2	322	25	27	22	24	2.00
111931436--111931599	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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