genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  265  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79740168--79740330	40	4.1	40	79	7	179	25	21	28	25	1.99
79748265--79748427	40	4.1	40	79	7	179	25	21	28	25	1.99
79754593--79754657	22	3.0	22	82	8	87	32	16	24	26	1.96
79754799--79754921	41	3.0	41	89	2	176	28	29	20	21	1.98
79755185--79755546	27	13.4	27	77	8	195	29	9	19	41	1.83
79755216--79755528	54	5.8	53	77	8	242	29	8	19	42	1.81
79755160--79755528	81	4.6	79	75	8	289	29	9	19	40	1.83
79755432--79755545	53	2.2	53	82	6	133	29	7	20	42	1.78
79755496--79755553	26	2.2	26	81	3	71	36	6	15	41	1.74
79755536--79755617	27	3.0	27	81	0	92	30	21	15	31	1.95
79758312--79758354	22	2.0	22	90	0	68	46	27	16	9	1.77
79758312--79758362	22	2.3	22	83	6	59	45	29	15	9	1.79
79758763--79758850	41	2.3	39	88	9	128	23	29	25	21	1.99
79759103--79759525	27	15.7	27	79	6	293	30	11	19	39	1.86
79759105--79759491	81	4.8	79	79	7	339	29	10	19	40	1.85
79764785--79764908	42	2.9	41	73	13	108	32	24	20	23	1.98
79774179--79774243	32	2.0	32	100	0	130	30	3	18	47	1.64
79778294--79778419	46	2.7	46	92	0	207	28	26	23	21	1.99
79778841--79778899	29	2.0	30	86	3	84	32	25	5	37	1.78
79780121--79780226	43	2.5	43	87	3	151	33	27	16	22	1.95
79784094--79784201	29	3.8	29	85	6	139	26	29	16	26	1.97
79784091--79784201	58	1.9	58	88	1	170	27	30	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79784893--79784939	19	2.3	21	82	10	62	55	0	27	17	1.42
79788818--79788929	40	2.8	40	84	0	134	27	23	26	22	1.99
79788818--79788945	40	3.2	41	81	8	131	27	23	25	23	2.00
79796784--79796911	40	3.2	40	82	4	134	27	22	26	23	2.00
79805069--79805195	28	4.5	29	83	10	138	28	25	14	31	1.95
79807728--79807903	46	3.8	45	81	12	223	21	19	29	30	1.97
79810396--79810553	46	3.5	44	84	6	185	24	20	31	24	1.98
79811722--79811905	92	2.0	92	100	0	368	26	14	23	35	1.93
79814031--79814207	47	3.8	46	81	13	227	20	19	29	29	1.97
79819837--79819861	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
79823886--79823937	25	2.1	25	96	0	95	30	17	17	34	1.93
79829365--79829448	43	2.0	43	83	9	109	28	28	17	25	1.98
79832750--79832809	27	2.2	27	87	0	93	41	20	25	13	1.88
79832750--79832833	27	3.1	27	82	0	69	42	17	23	15	1.88
79835955--79836045	6	14.8	6	71	13	51	49	10	16	23	1.77
79835960--79836045	31	2.8	31	76	0	91	48	11	16	23	1.78
79836434--79836699	27	9.9	27	86	5	290	24	20	18	36	1.95
79836434--79836698	81	3.3	81	83	3	329	24	20	18	36	1.95
79836688--79836766	27	2.9	27	76	0	59	35	8	20	35	1.84
79836756--79836810	27	2.0	29	89	7	87	32	10	20	36	1.87
79836819--79837861	54	19.3	54	89	0	1485	31	8	20	39	1.83
79837820--79837877	27	2.2	27	90	3	91	31	3	18	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79854931--79855163	49	4.7	50	83	2	299	25	18	27	27	1.98
79855036--79855119	28	3.2	28	64	25	74	23	16	30	28	1.96
79856913--79857001	39	2.2	40	82	4	108	35	21	13	29	1.91
79862080--79862104	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
79864992--79865066	37	2.0	37	100	0	150	33	32	21	13	1.92
79865698--79865816	59	2.0	59	98	0	229	25	20	27	26	1.99
79870749--79870912	46	3.6	45	74	14	154	29	28	19	22	1.98
79873837--79874012	46	3.8	46	79	12	207	19	21	30	28	1.98
79873834--79874005	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
79879316--79879483	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
79879332--79879481	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
79884607--79884778	46	3.7	46	79	13	199	20	20	29	29	1.98
79886808--79886878	32	2.2	32	92	2	117	39	12	22	25	1.89
79888301--79888341	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
79890617--79890934	94	3.4	92	78	6	336	25	20	30	22	1.98
79890612--79890975	47	7.8	45	71	15	188	25	20	31	22	1.98
79892532--79892681	42	3.5	42	82	0	174	30	25	14	30	1.94
79892623--79892746	65	1.9	65	88	3	187	28	24	16	30	1.97
79892892--79893097	42	4.9	42	88	3	270	28	22	15	33	1.95
79896774--79896864	42	2.2	42	82	4	103	28	12	24	35	1.91
79896788--79896940	42	3.7	40	77	6	126	30	15	24	29	1.95
79901992--79902055	32	2.0	32	96	0	119	37	14	3	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79903300--79903458	42	3.8	42	86	1	228	28	25	16	30	1.97
79903400--79903523	65	1.9	65	88	0	185	27	23	18	30	1.98
79903465--79903560	42	2.3	42	81	0	111	28	20	17	33	1.96
79903349--79903561	107	2.0	107	94	0	372	27	24	17	30	1.97
79903454--79903570	42	2.8	42	73	7	103	27	23	17	31	1.97
79907431--79907470	20	2.0	20	85	5	53	37	27	2	32	1.70
79913637--79913705	34	2.0	34	100	0	138	26	17	5	50	1.68
79914972--79915018	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
79915279--79915487	46	4.5	46	87	1	258	19	23	17	39	1.92
79919706--79919792	24	3.6	24	95	0	147	36	24	16	22	1.94
79925045--79925254	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
79933181--79933388	40	5.2	40	86	4	287	25	24	28	22	1.99
79933185--79933373	78	2.4	78	88	3	263	24	24	29	21	1.99
79940764--79940862	28	3.5	28	86	4	110	29	14	27	29	1.95
79940764--79940862	27	3.5	28	87	4	119	29	14	27	29	1.95
79948534--79948632	28	3.5	28	86	4	110	29	14	27	29	1.95
79948534--79948632	27	3.5	28	87	4	119	29	14	27	29	1.95
79962421--79962451	16	2.0	15	93	6	53	77	9	6	6	1.12
79964702--79964750	10	4.9	10	82	9	64	77	2	0	20	0.87
79964710--79964750	15	2.7	15	82	14	57	78	2	0	19	0.87
79977143--79977203	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
79981084--79981113	11	2.6	12	89	10	53	60	26	0	13	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79988257--79988316	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
79989053--79989195	27	5.3	27	82	0	160	26	19	17	36	1.94
79989054--79989203	54	2.8	54	82	0	183	28	18	16	36	1.93
79989064--79989222	81	2.0	81	81	5	187	29	17	15	37	1.91
79989188--79989392	27	7.6	27	84	2	241	30	9	21	38	1.85
79989159--79989337	81	2.2	81	85	5	229	30	9	21	37	1.86
79989381--79989445	27	2.4	27	86	0	85	26	13	20	40	1.89
79994113--79994138	12	2.2	12	100	0	52	42	15	19	23	1.89
79996583--79996638	29	1.9	29	88	0	85	26	30	17	25	1.97
79999757--79999857	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
80008539--80008628	29	3.1	28	80	4	99	28	28	13	28	1.94
80011135--80011309	40	4.4	40	91	2	273	24	28	22	25	1.99
80014772--80014817	24	1.9	24	100	0	92	41	0	13	45	1.43
80015222--80015252	16	1.9	16	100	0	62	19	25	12	41	1.87
80031046--80031077	15	2.0	17	88	11	50	31	3	18	46	1.65
80032659--80032739	27	3.0	26	87	5	108	37	22	23	17	1.94
80032761--80032998	98	2.4	97	90	2	352	35	26	18	19	1.95
80033049--80033131	27	3.1	26	82	5	94	37	21	20	20	1.95
80033346--80033431	27	3.2	28	85	5	79	30	23	19	26	1.98
80033356--80033926	27	21.2	27	82	5	550	27	19	17	36	1.94
80033411--80034142	54	13.6	54	74	10	222	27	15	18	38	1.91
80033910--80034195	27	10.7	27	80	7	264	29	9	21	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80037586--80037642	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
80037584--80037646	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
80037700--80037819	24	5.0	24	84	10	156	30	20	21	27	1.98
80038012--80038075	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
80045527--80045574	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
80045613--80045669	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
80045611--80045681	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
80045622--80045676	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
80045727--80045847	24	5.0	24	82	12	149	30	20	21	27	1.98
80048792--80048822	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770