genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.570.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  570  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177684837--177685032	43	4.5	43	82	1	232	28	28	17	25	1.98
177684837--177685032	86	2.3	86	85	2	259	28	28	17	25	1.98
177685300--177685336	15	2.5	15	100	0	74	59	16	0	24	1.37
177689156--177689238	29	2.9	29	96	0	157	30	13	28	27	1.94
177689152--177689288	60	2.3	58	80	6	143	28	14	31	25	1.95
177697202--177697363	29	5.6	29	76	8	134	25	15	33	25	1.95
177702485--177702518	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
177707607--177707782	46	3.8	46	79	12	207	21	21	27	29	1.98
177707604--177707774	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
177709140--177709297	43	3.7	43	78	7	153	32	25	16	25	1.96
177709140--177709297	85	1.8	85	81	9	196	32	25	16	25	1.96
177719005--177719199	50	3.9	49	78	4	221	26	16	26	30	1.97
177719007--177719204	101	2.0	99	86	2	279	26	17	25	31	1.97
177724156--177724385	49	4.6	50	81	2	275	25	19	25	30	1.98
177724156--177724385	101	2.3	98	84	2	280	25	19	25	30	1.98
177730514--177730616	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
177738294--177738396	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
177744485--177744799	157	2.0	157	100	0	630	34	18	13	33	1.90
177753245--177753415	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
177758812--177758850	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
177763115--177763155	18	2.3	18	83	12	57	19	26	36	17	1.94
177766204--177766377	46	3.8	45	75	15	178	21	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177766201--177766370	92	1.8	93	92	2	290	21	20	29	28	1.98
177769572--177769758	40	4.7	40	86	2	243	25	29	21	24	1.99
177769552--177769724	79	2.2	80	91	2	278	27	29	19	23	1.98
177771833--177772007	46	3.8	45	80	11	212	20	21	29	29	1.98
177771830--177772000	92	1.9	92	96	0	315	21	21	29	28	1.98
177779299--177779474	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
177779296--177779467	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
177783552--177783727	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
177783548--177783719	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
177786605--177786684	15	5.4	15	78	12	85	11	17	12	58	1.62
177786596--177786675	30	2.7	30	81	11	92	12	17	13	56	1.68
177789066--177789242	46	3.9	44	77	11	185	22	20	28	29	1.98
177789063--177789234	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
177791905--177791975	28	2.5	28	88	8	101	28	14	26	30	1.95
177798203--177798349	53	2.7	55	80	9	167	46	10	6	35	1.65
177799797--177799827	16	2.0	16	93	6	55	32	6	9	51	1.60
177803052--177803115	31	2.1	31	100	0	128	40	9	9	40	1.70
177803337--177803395	29	2.0	30	86	3	84	33	5	11	49	1.62
177805310--177805440	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
177813368--177813498	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
177819033--177819058	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
177819178--177819260	29	2.9	29	98	0	157	28	14	30	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177819179--177819273	29	3.2	29	92	3	127	31	15	28	24	1.96
177819174--177819310	60	2.3	58	80	6	143	27	15	32	24	1.95
177861739--177862074	123	2.8	123	94	1	579	30	10	25	33	1.89
177862077--177862286	40	5.2	40	91	1	296	23	20	27	28	1.99
177869152--177869489	123	2.8	123	95	1	590	30	10	25	33	1.90
177869492--177869701	40	5.3	39	90	2	285	23	20	27	28	1.99
177871814--177871886	29	2.5	29	86	0	101	28	9	28	32	1.89
177872914--177872969	27	2.1	27	100	0	112	28	7	10	53	1.62
177873727--177873790	27	2.4	27	89	0	92	21	20	17	40	1.91
177873796--177873853	27	2.1	27	90	0	89	34	17	17	31	1.93
177874976--177875047	29	2.6	29	93	4	121	18	20	37	23	1.94
177878307--177878336	16	1.9	16	93	6	53	30	36	6	26	1.82
177881863--177881962	52	1.9	52	100	0	200	49	14	21	16	1.80
177884491--177884658	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
177884507--177884656	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
177892499--177892663	40	4.2	39	79	6	165	23	27	23	26	2.00
177896251--177896429	40	4.4	40	83	3	207	25	24	26	24	2.00
177896251--177896429	80	2.2	81	86	3	245	25	24	26	24	2.00
177896285--177896469	80	2.3	80	80	4	203	28	23	24	23	2.00
177896372--177896455	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
177906777--177906971	71	2.8	70	90	3	279	34	16	27	21	1.95
177906811--177906971	71	2.3	71	98	0	313	36	17	27	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177912887--177913223	48	7.0	48	73	4	275	27	18	27	26	1.98
177912900--177913223	96	3.4	96	85	3	384	27	18	27	26	1.98
177912887--177913222	144	2.3	145	80	3	345	27	18	27	26	1.98
177918442--177918480	19	2.1	19	95	0	69	38	10	17	33	1.84
177921619--177921688	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
177922167--177922218	2	26.0	2	96	0	95	48	0	0	51	1.00
177943774--177943939	40	4.2	40	80	6	169	26	22	27	24	2.00
177950044--177950240	40	4.9	40	89	6	278	28	20	25	25	1.99
177950044--177950268	40	5.7	40	88	5	273	27	20	25	25	1.99
177950138--177950287	40	3.8	40	86	7	112	27	20	27	25	1.99
177952549--177952856	38	8.1	38	90	0	447	17	19	25	38	1.93
177952549--177952861	113	2.8	114	90	1	484	17	19	25	38	1.93
177953758--177953789	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
177956803--177956978	46	3.8	46	76	12	180	29	28	20	21	1.98
177961640--177961708	28	2.5	28	93	6	115	44	27	8	18	1.79
177966876--177967047	46	3.8	45	79	12	199	29	30	20	20	1.97
177966884--177967067	46	4.0	46	72	20	127	28	29	20	21	1.98
177970750--177970879	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
177978815--177978944	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
177982642--177982849	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
177982642--177982848	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
177990644--177990851	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177990644--177990850	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
177994651--177994729	25	3.3	25	62	22	60	31	10	27	30	1.90
177994625--177994750	47	2.7	47	91	0	198	34	11	27	26	1.90
177994673--177994854	48	3.8	48	85	6	219	34	8	27	29	1.87
177995001--177995145	37	3.9	37	96	0	254	23	18	31	26	1.97
177996592--177996764	43	4.0	43	75	11	149	24	18	27	30	1.98
178000675--178000764	47	1.9	47	81	4	110	23	28	16	31	1.96
178005034--178005114	37	2.2	37	91	2	128	32	12	22	33	1.91
178010168--178010297	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
178010168--178010331	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
178018215--178018344	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
178018215--178018377	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
178022428--178022625	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
178022494--178022611	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
178022462--178022625	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
178029995--178030192	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
178030061--178030178	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
178030029--178030192	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
178034892--178035033	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
178034931--178035059	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
178039387--178039530	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
178039388--178039569	78	2.3	79	90	0	276	24	21	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178044858--178044891	9	3.7	9	88	4	50	88	0	11	0	0.52
178046221--178046352	29	4.6	29	83	5	153	26	15	31	27	1.96
178046220--178046350	57	2.3	58	85	1	165	25	15	30	28	1.96
178054284--178054416	29	4.6	29	84	3	162	27	15	30	27	1.96
178057050--178057237	100	1.9	100	89	2	297	21	28	20	28	1.98
178057050--178057239	50	3.8	50	85	5	251	22	28	20	28	1.98
178059869--178059913	14	3.0	15	87	6	56	57	15	15	11	1.64
178067034--178067214	39	4.6	39	90	2	247	22	31	22	23	1.98
178067064--178067214	77	1.9	79	91	2	252	22	31	21	23	1.98
178067064--178067214	39	3.9	39	93	2	250	22	31	21	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770