genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.401.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  401  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123298880--123298914	18	1.9	18	88	0	52	34	14	11	40	1.82
123301663--123301747	43	2.0	43	83	4	109	25	21	28	24	1.99
123303817--123303868	24	2.2	24	100	0	104	7	11	11	69	1.37
123303818--123303882	24	2.9	23	88	6	80	9	9	12	69	1.37
123305413--123305591	40	4.5	40	79	13	190	26	26	22	24	2.00
123305415--123305595	79	2.3	80	82	7	217	25	27	22	24	2.00
123306640--123306751	58	1.9	58	83	7	147	38	17	16	27	1.91
123307946--123308112	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
123315567--123315636	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
123315567--123315648	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
123323292--123323360	27	2.5	28	90	4	106	30	13	26	30	1.93
123323315--123323372	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
123325942--123325985	19	2.3	19	100	0	88	54	22	13	9	1.67
123328056--123328246	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
123328096--123328246	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
123331456--123331627	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
123331480--123331663	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
123340636--123340751	57	2.0	57	83	3	144	31	27	14	26	1.95
123340636--123340751	29	4.1	29	82	5	130	31	27	14	26	1.95
123340965--123341000	16	2.2	16	95	0	63	13	25	13	47	1.80
123348571--123348625	25	2.2	25	100	0	110	23	27	10	38	1.88
123354511--123354570	31	1.9	32	86	3	86	30	11	20	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123357026--123357150	27	4.6	27	84	0	169	40	21	8	29	1.83
123357026--123357150	54	2.3	54	88	0	187	40	21	8	29	1.83
123357026--123357206	27	6.7	27	78	3	107	39	23	8	29	1.84
123357026--123357222	81	2.4	81	80	3	200	39	21	8	30	1.84
123357200--123357461	27	9.7	27	89	0	391	29	21	7	41	1.80
123357461--123357762	27	11.2	27	86	0	379	36	18	19	24	1.95
123357467--123357758	81	3.6	81	90	0	442	37	18	20	24	1.94
123358606--123358675	24	2.9	24	84	0	95	21	12	32	32	1.91
123358907--123358934	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
123360285--123360468	6	29.8	6	70	13	115	19	19	13	48	1.80
123360285--123360345	25	2.4	25	88	0	95	22	21	9	45	1.81
123360307--123360388	37	2.2	37	82	0	101	19	21	13	45	1.85
123360353--123360411	25	2.4	25	94	0	100	20	18	13	47	1.82
123360316--123360408	19	4.6	19	73	21	82	19	21	12	46	1.83
123360369--123360456	37	2.4	37	84	0	122	18	17	14	50	1.79
123361120--123361230	40	2.8	41	80	12	131	29	24	17	28	1.97
123366351--123366469	29	4.2	28	77	8	116	27	29	13	29	1.94
123371340--123371409	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
123379408--123379477	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
123385107--123385423	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
123385107--123385423	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
123387354--123387549	42	4.8	42	91	2	265	24	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123387354--123387597	40	6.0	40	88	0	272	24	22	27	25	2.00
123387590--123387852	43	6.1	43	95	0	438	14	21	32	32	1.93
123387585--123387852	128	2.1	129	92	0	448	14	21	32	32	1.93
123391593--123391909	47	6.7	47	90	2	456	32	7	31	29	1.85
123391593--123391909	96	3.3	93	87	6	456	32	7	31	29	1.85
123395056--123395107	26	2.0	26	96	0	95	46	9	32	11	1.73
123397434--123397513	39	2.1	39	97	0	151	33	3	20	42	1.70
123397825--123398019	43	4.6	42	74	7	135	27	18	25	28	1.98
123397825--123397982	85	1.8	86	80	6	187	27	18	25	28	1.98
123415381--123415455	30	2.5	30	91	0	114	18	34	25	21	1.96
123429253--123429353	43	2.4	43	76	5	107	28	23	20	26	1.99
123435096--123435148	23	2.3	23	75	12	56	52	26	3	16	1.61
123436412--123436448	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
123441884--123442051	40	4.2	40	81	4	178	24	26	23	26	2.00
123441900--123442049	80	1.9	80	84	2	203	22	26	24	26	2.00
123445138--123445356	24	9.1	24	97	0	375	36	25	18	20	1.95
123450415--123450446	13	2.5	13	94	0	55	34	18	21	25	1.96
123452757--123452883	39	3.3	39	86	1	184	21	25	20	32	1.98
123460746--123460912	39	4.3	39	92	0	262	21	25	20	31	1.98
123464783--123464815	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
123468765--123468985	40	5.6	41	80	9	246	25	22	26	25	2.00
123473316--123473495	40	4.4	40	83	3	200	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123473316--123473535	80	2.7	80	79	4	201	27	23	25	23	2.00
123481482--123481648	40	4.1	40	85	2	199	26	22	26	23	2.00
123490438--123490538	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
123490438--123490538	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
123492558--123492706	41	3.7	40	84	2	181	26	21	27	24	1.99
123492558--123492709	81	1.9	81	84	2	207	26	21	27	24	1.99
123496601--123496801	80	2.5	80	83	7	230	26	26	21	25	1.99
123496601--123496801	40	5.0	40	79	7	203	26	26	21	25	1.99
123503927--123504106	40	4.4	40	83	3	200	27	23	26	22	2.00
123503927--123504146	80	2.7	80	79	4	201	27	23	25	23	2.00
123511695--123511862	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
123511711--123511860	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
123518950--123518999	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
123527047--123527768	206	3.5	205	81	4	876	31	17	21	29	1.96
123526970--123527768	210	3.8	209	80	6	849	31	17	21	29	1.96
123528941--123528993	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
123530462--123530519	26	2.2	26	96	0	107	36	25	5	32	1.78
123537482--123537539	26	2.2	26	96	0	107	36	25	5	32	1.78
123539556--123539658	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
123540669--123540710	21	2.0	21	100	0	84	23	14	23	38	1.92
123543311--123543383	30	2.4	31	82	13	89	23	8	6	61	1.48
123545273--123545324	22	2.4	22	100	0	104	30	17	19	32	1.95
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123548126--123548315	40	4.8	40	77	7	138	23	24	29	22	1.99
123548124--123548275	78	1.9	80	85	5	211	24	23	29	23	1.99
123548126--123548306	78	2.3	79	81	10	201	23	24	28	22	1.99
123551786--123551885	51	2.0	51	92	4	166	30	27	19	24	1.98
123555601--123555649	13	3.8	13	78	10	64	81	4	2	12	0.91
123558421--123558456	8	4.2	8	86	13	54	83	0	2	13	0.76
123558423--123558457	18	2.0	17	94	5	61	80	0	2	17	0.84
123558423--123558457	17	2.0	18	88	5	54	80	0	2	17	0.84
123560113--123560196	32	2.6	32	86	3	114	14	26	15	44	1.84
123560303--123560331	14	2.0	15	93	6	51	13	3	0	82	0.79
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123565561--123565648	40	2.2	40	95	0	158	28	28	21	21	1.99
123568636--123568810	46	3.8	46	81	11	223	20	21	29	28	1.98
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123574375--123574550	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
123574372--123574543	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
123581935--123582111	47	3.8	47	78	14	204	20	20	30	28	1.98
123586134--123586437	49	6.5	47	70	15	141	28	20	27	24	1.99
123589325--123589491	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123597336--123597448	40	2.8	40	82	5	138	23	23	29	24	1.99
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123611500--123611649	48	3.2	47	68	21	123	27	18	30	23	1.98
123611500--123611862	47	7.7	46	68	14	154	26	19	30	23	1.98
123611500--123611719	94	2.4	94	84	2	264	26	19	30	23	1.98
123615075--123615186	40	2.8	40	87	2	154	27	20	24	27	1.99
123615091--123615271	40	4.5	40	88	4	231	24	19	27	29	1.98
123620345--123620369	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
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123635373--123635490	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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