Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  182  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54504904--54505027
24
5.2
24
95
1
205
26
21
21
29
1.99
54504904--54505026
47
2.6
48
93
2
203
26
21
21
29
1.99
54505077--54505137
20
3.0
20
92
0
104
32
21
11
34
1.89
54505180--54505227
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
54514328--54514553
40
5.6
40
86
7
296
26
23
28
21
1.99
54514332--54514501
85
2.0
84
93
1
286
24
24
29
22
1.99
54517979--54518018
19
2.1
19
86
9
55
52
10
7
30
1.62
54534531--54534555
3
8.3
3
100
0
50
32
36
0
32
1.58
54539482--54539683
107
1.9
109
85
4
284
33
18
23
24
1.97
54544323--54544376
26
2.0
27
83
16
69
44
9
12
33
1.75
54545253--54545304
27
2.0
26
84
3
68
34
21
26
17
1.95
54548490--54548525
8
4.5
8
92
0
63
44
22
22
11
1.84
54548944--54548991
25
1.9
25
91
0
78
35
25
14
25
1.94
54549030--54549086
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
54549028--54549090
20
3.2
20
95
0
117
36
12
19
31
1.89
54549145--54549242
47
2.1
47
94
5
171
30
20
20
28
1.98
54549144--54549263
24
5.0
24
88
10
174
30
20
21
27
1.98
54549456--54549519
31
2.1
31
87
0
92
35
14
23
26
1.93
54551902--54552156
55
4.8
54
80
7
265
36
15
25
22
1.93
54551909--54552110
108
1.9
110
88
4
311
34
16
25
23
1.95
54552349--54552379
16
1.9
16
93
0
53
41
0
22
35
1.54
54557710--54557934
124
1.8
124
85
1
317
30
11
23
34
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54557929--54558058
40
3.2
40
82
4
165
23
24
28
23
2.00
54557891--54558058
80
2.1
80
81
6
198
25
23
27
23
2.00
54562283--54562469
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
54562306--54562469
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
54562306--54562503
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
54569851--54570037
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
54569874--54570037
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
54569874--54570071
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
54575755--54575905
40
3.8
40
80
7
173
24
27
23
24
2.00
54575759--54575941
80
2.3
79
81
13
218
24
26
22
26
2.00
54581616--54581746
30
4.5
30
86
8
171
28
25
13
32
1.94
54581615--54581746
58
2.3
58
85
4
176
28
26
13
31
1.94
54584488--54584588
13
6.9
14
68
27
52
28
22
2
45
1.67
54584488--54584610
61
2.0
61
100
0
246
28
24
3
43
1.69
54603915--54603986
36
2.0
36
100
0
144
30
11
30
27
1.91
54605156--54605199
20
2.2
20
100
0
88
47
36
6
9
1.62
54617700--54617869
46
3.7
46
77
16
188
21
21
29
27
1.99
54617697--54617867
93
1.8
93
93
0
297
21
21
29
27
1.98
54618736--54618778
20
2.2
20
82
0
50
51
2
2
44
1.27
54621654--54621777
40
3.1
39
82
10
153
25
29
21
22
1.99
54624540--54624596
30
1.9
30
88
0
87
26
24
7
42
1.80
54633653--54633843
39
4.9
39
89
1
303
17
19
28
34
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54633646--54633843
77
2.5
79
90
4
312
17
19
27
35
1.94
54639493--54639675
40
4.6
41
82
10
213
24
21
28
25
1.99
54645080--54645304
40
5.6
40
90
2
335
18
21
28
32
1.96
54647633--54647663
2
16.0
2
93
6
55
48
0
0
51
1.00
54648209--54648283
29
2.6
29
89
4
107
26
16
32
25
1.96
54660884--54660998
39
2.9
39
92
0
185
32
30
19
18
1.95
54670269--54670419
40
3.8
40
77
11
141
26
24
27
21
2.00
54670306--54670435
40
3.2
40
79
2
154
23
23
28
23
2.00
54670268--54670435
80
2.1
80
82
6
207
26
23
27
22
2.00
54671999--54672179
39
4.6
39
89
0
272
30
28
19
21
1.98
54676637--54676758
44
2.9
42
78
4
127
31
27
18
21
1.97
54679188--54679235
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
54679275--54679374
40
2.5
40
100
0
200
35
12
20
33
1.89
54679279--54679374
20
4.8
20
96
0
174
35
12
19
32
1.89
54679428--54679546
24
5.0
24
89
9
181
29
21
21
27
1.98
54679429--54679525
47
2.1
47
96
3
178
29
20
20
28
1.98
54679739--54679802
31
2.1
31
90
0
101
35
15
23
25
1.94
54686854--54686889
8
4.5
8
92
0
63
44
22
22
11
1.84
54688650--54688791
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
54688689--54688817
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
54690615--54690710
20
4.8
20
98
0
183
35
13
19
31
1.91
54690764--54690868
24
4.4
24
92
7
178
30
20
21
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54690765--54690861
47
2.1
47
96
3
178
29
20
20
28
1.98
54691075--54691138
31
2.1
31
87
0
92
35
14
23
26
1.93
54693385--54693419
3
11.7
3
88
11
54
31
0
0
68
0.90
54693384--54693428
17
2.6
18
86
10
67
28
0
0
71
0.87
54693384--54693428
6
6.7
7
83
16
60
28
0
0
71
0.87
54695805--54695838
17
1.9
18
88
5
52
32
5
17
44
1.73
54705216--54705348
27
5.0
27
83
5
135
36
19
20
24
1.95
54706000--54706051
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
54707462--54707500
16
2.3
16
86
8
51
46
7
2
43
1.46
54709733--54709793
24
2.5
24
87
10
81
21
14
27
36
1.93
54717271--54717306
17
2.1
18
89
5
56
33
8
16
41
1.78
54719342--54719381
19
2.1
19
95
0
71
35
30
17
17
1.93
54721163--54721239
40
1.9
40
89
5
120
25
15
25
32
1.96
54721161--54721268
40
2.7
40
75
7
119
26
14
27
30
1.95
54728874--54728914
15
2.8
15
85
3
57
80
2
14
2
0.92
54738016--54738122
46
2.3
47
75
13
105
29
16
27
26
1.97
54738142--54738421
49
5.7
49
83
7
331
26
20
28
25
1.99
54738142--54738414
147
1.9
147
84
9
378
26
19
28
25
1.99
54747212--54747381
93
1.8
92
94
1
304
21
21
28
28
1.99
54747216--54747389
46
3.8
46
79
13
214
21
21
28
28
1.98
54749010--54749144
40
3.4
40
97
0
252
21
20
29
28
1.98
54749010--54749168
80
2.0
80
87
0
228
23
21
27
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54757039--54757173
40
3.4
40
98
0
261
20
20
30
28
1.97
54757039--54757197
80
2.0
80
88
0
237
22
21
28
27
1.99
54762504--54762554
15
3.5
15
70
5
50
47
11
15
25
1.80
54764287--54764356
21
3.3
21
76
11
72
28
28
22
20
1.98
54764412--54764465
21
2.6
21
82
5
65
29
24
22
24
1.99
54764319--54764549
105
2.2
105
86
0
309
32
25
18
23
1.97
54764439--54764627
84
2.2
84
84
5
231
31
23
20
24
1.98
54764337--54764735
189
2.1
186
81
5
455
32
26
17
24
1.97
54764808--54764860
21
2.5
21
81
6
63
30
26
20
22
1.98
54764536--54765050
207
2.5
205
81
6
538
31
26
17
24
1.97
54764946--54765134
84
2.3
85
84
5
242
31
26
17
23
1.97
54765098--54765179
42
2.0
42
92
0
137
34
24
15
25
1.95
54765102--54765179
21
3.7
21
68
13
70
34
25
15
24
1.95
54765022--54765263
126
1.9
126
90
5
391
31
29
15
23
1.95
54765228--54765281
21
2.6
21
85
11
67
27
27
20
24
1.99
54765334--54765386
21
2.5
21
84
6
63
30
30
20
18
1.97
54764523--54765452
105
8.9
104
77
10
801
31
27
17
23
1.97
54765355--54765620
84
3.2
83
90
1
406
29
30
15
23
1.96
54764747--54765536
420
1.9
420
87
4
1164
30
28
16
23
1.96
54765606--54765659
21
2.6
21
88
5
74
29
27
20
22
1.98
54765523--54765716
105
1.8
105
88
2
300
29
30
17
22
1.97
54774380--54774524
59
2.3
64
86
13
203
20
31
16
31
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54777447--54777569
41
3.0
45
90
7
158
22
18
26
31
1.97
54777447--54777579
40
3.3
40
95
2
239
22
19
27
30
1.98
54781974--54782084
43
2.6
43
81
2
134
34
16
17
32
1.92
54782965--54782999
14
2.6
13
86
8
52
11
11
11
65
1.47
54784976--54785070
47
2.0
47
93
4
165
41
22
18
17
1.91
54791775--54791799
13
1.9
13
100
0
50
24
24
48
4
1.68
54792681--54792712
15
2.1
15
100
0
64
25
25
34
15
1.95
54799312--54799380
27
2.5
28
95
2
122
28
14
26
30
1.95
54799312--54799393
27
3.0
27
85
8
78
30
15
23
30
1.96
54801385--54801416
9
3.6
9
91
0
55
34
28
0
37
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770