genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  110  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31518862--31519038	37	4.8	37	94	0	300	24	18	31	24	1.98
31528222--31528277	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
31531809--31531905	24	4.0	24	98	0	185	17	16	27	38	1.91
31531818--31531926	48	2.3	48	88	3	157	20	17	27	34	1.95
31538682--31538838	43	3.7	43	79	6	149	26	15	24	32	1.96
31538682--31538840	86	1.9	85	82	6	205	26	15	25	32	1.96
31542636--31542767	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
31550582--31550713	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
31564009--31564193	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
31564009--31564191	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
31564010--31564226	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
31572120--31572302	79	2.3	81	85	7	232	24	22	27	25	2.00
31572121--31572304	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
31572154--31572337	79	2.3	77	81	10	210	26	21	26	25	1.99
31575090--31575253	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
31575090--31575287	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
31582671--31582834	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
31582671--31582868	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
31608189--31608410	40	5.6	40	84	7	231	23	22	28	25	1.99
31608183--31608408	80	2.8	79	85	4	269	24	22	27	25	2.00
31608227--31608410	79	2.3	80	87	0	262	23	23	28	25	2.00
31608227--31608433	79	2.6	77	82	5	234	23	23	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31612618--31612880	46	5.6	46	72	17	152	26	18	28	25	1.98
31612615--31612880	94	2.8	93	76	11	267	27	18	28	25	1.98
31620169--31620382	46	4.6	45	76	15	188	26	20	31	22	1.98
31621473--31621513	22	1.9	22	95	5	75	9	41	29	19	1.83
31623548--31623758	64	3.2	64	62	20	142	29	25	18	27	1.98
31623514--31623800	137	2.1	137	96	0	529	31	24	19	25	1.98
31625586--31625721	26	5.2	26	96	0	236	36	24	5	33	1.78
31628446--31628538	37	2.5	37	85	3	116	43	22	12	21	1.87
31629497--31629540	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
31632130--31632158	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
31640868--31640923	25	2.2	25	78	6	60	50	3	5	41	1.43
31641490--31641525	16	2.3	16	90	4	56	8	0	30	61	1.26
31641521--31641555	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
31642201--31642778	88	7.0	83	71	14	279	36	18	16	28	1.93
31642369--31642430	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
31642580--31642919	72	4.5	74	82	5	362	32	18	17	31	1.94
31642946--31643106	74	2.1	74	85	8	220	32	21	18	27	1.97
31642775--31643432	164	4.0	164	89	3	900	33	20	17	27	1.95
31642412--31643249	404	2.1	389	80	8	909	33	19	17	29	1.95
31643106--31643251	73	2.0	74	90	2	231	28	23	18	29	1.98
31643104--31643271	75	2.2	74	84	5	221	33	20	17	27	1.96
31643276--31643716	72	6.1	72	70	10	285	36	21	16	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31643348--31643486	74	1.9	74	89	3	217	32	23	15	29	1.95
31643716--31643979	70	3.7	71	83	4	347	37	22	14	25	1.92
31643716--31643979	71	3.7	69	83	4	330	37	22	14	25	1.92
31643554--31644146	257	2.3	257	94	2	1024	36	22	14	25	1.93
31647944--31648118	87	2.0	87	100	0	350	22	25	9	42	1.83
31649524--31649559	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
31651492--31651547	25	2.2	25	78	6	60	50	3	5	41	1.43
31652114--31652203	16	5.8	17	72	17	63	4	3	20	72	1.17
31652147--31652180	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
31654537--31654573	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
31654706--31654748	13	3.3	13	80	0	50	55	0	11	32	1.36
31657701--31657740	20	2.0	20	100	0	80	15	0	35	50	1.44
31661870--31661904	9	3.8	9	88	3	52	31	11	22	34	1.90
31661978--31662124	56	2.7	54	79	10	163	36	14	23	25	1.93
31664639--31664669	15	2.1	15	94	5	55	35	0	0	64	0.94
31665547--31665606	2	33.0	2	75	18	51	46	1	0	51	1.10
31670072--31670121	26	1.9	26	91	0	82	42	0	2	56	1.11
31670086--31670133	19	2.6	19	87	9	64	39	0	2	58	1.10
31671451--31671499	22	2.2	23	82	10	57	55	2	6	36	1.37
31680675--31680813	25	5.5	25	67	6	66	30	20	14	33	1.93
31680679--31680891	76	2.8	76	78	2	214	33	20	12	32	1.90
31680843--31681062	75	2.9	75	73	5	203	38	23	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31680994--31681040	25	1.9	24	82	4	58	42	19	12	25	1.86
31693551--31693599	23	2.1	23	100	0	98	48	26	4	20	1.67
31696088--31696278	39	4.9	39	94	0	319	24	23	31	21	1.98
31708566--31708595	16	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
31716717--31716963	125	2.0	125	91	0	404	32	28	14	23	1.95
31717479--31717551	37	2.0	37	94	0	128	32	21	4	41	1.72
31736520--31736589	35	2.0	35	100	0	140	20	17	20	42	1.89
31739253--31739437	40	4.6	40	79	7	110	22	26	24	26	2.00
31742712--31742746	12	2.9	12	82	0	52	54	11	0	34	1.37
31760789--31760819	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
31763784--31763848	32	2.0	32	100	0	130	41	9	6	43	1.61
31768747--31768907	47	3.5	45	78	13	136	26	19	29	24	1.99
31768915--31769058	72	2.0	71	98	1	279	27	15	30	27	1.96
31769993--31770027	13	2.7	13	95	0	61	25	31	31	11	1.91
31775196--31775224	7	4.1	7	100	0	58	41	13	13	31	1.84
31775422--31775483	20	3.1	19	81	9	70	40	22	29	8	1.82
31782499--31782772	48	5.7	48	86	2	345	22	25	20	31	1.98
31784576--31784759	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
31791662--31791761	29	3.5	28	86	8	114	29	14	27	30	1.95
31794625--31794696	29	2.5	29	91	6	112	29	27	13	29	1.95
31797762--31797909	75	2.0	75	93	2	253	45	8	14	31	1.75
31797885--31798168	138	2.1	136	88	5	412	42	7	3	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31803772--31803858	43	2.0	43	100	0	174	33	22	9	34	1.86
31805328--31805461	54	2.5	55	81	4	139	22	14	20	43	1.87
31805330--31805461	27	4.9	27	85	5	117	21	14	19	43	1.87
31809003--31809187	40	4.7	40	88	6	252	24	21	27	27	1.99
31809055--31809210	80	2.0	79	87	6	226	25	20	26	26	1.99
31817245--31817400	80	2.0	79	88	6	235	25	21	26	26	1.99
31817192--31817377	40	4.7	40	88	5	261	24	21	27	26	1.99
31821285--31821357	31	2.4	31	93	2	121	41	23	2	32	1.69
31822251--31822304	27	2.0	27	96	0	99	46	11	20	22	1.82
31822656--31822771	46	2.5	46	84	6	137	32	19	21	25	1.97
31822656--31822724	22	3.0	22	66	25	54	31	20	20	27	1.97
31828396--31828618	53	4.2	54	77	5	213	19	23	17	39	1.92
31832765--31832879	23	4.9	23	72	18	94	33	16	21	28	1.95
31839045--31839254	46	4.5	46	73	8	158	29	18	28	23	1.98
31839278--31839406	49	2.6	49	85	6	163	28	21	27	22	1.99
31846966--31847094	49	2.7	49	93	3	219	29	19	29	21	1.98
31846970--31847188	49	4.5	49	82	5	169	29	20	28	21	1.98
31848333--31848372	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
31849787--31849888	50	2.1	50	87	5	145	50	11	6	30	1.65
31854034--31854208	46	3.8	46	76	15	171	29	29	18	22	1.98
31854042--31854212	93	1.8	93	88	0	261	29	29	19	22	1.98
31854037--31854228	46	4.2	46	71	18	130	30	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31856594--31856665	15	4.8	15	80	0	63	58	15	15	11	1.63
31859593--31859762	47	3.8	45	77	13	172	28	30	19	21	1.98
31859641--31859782	46	3.1	45	74	14	130	28	28	19	22	1.98
31861065--31861192	46	2.7	48	83	8	174	46	10	9	32	1.71
31861162--31861198	20	1.9	19	89	10	58	51	10	5	32	1.60
31862426--31862485	30	2.0	30	90	0	93	16	26	11	45	1.82
31864524--31864618	35	2.7	35	85	0	127	32	21	12	33	1.91
31866838--31867022	79	2.3	82	84	6	245	25	22	27	25	2.00
31866838--31867024	40	4.7	40	85	5	245	25	21	27	25	2.00
31871829--31871868	22	1.9	20	85	10	53	42	5	10	42	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770