Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  544  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
169165147--169165254
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
169173221--169173369
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
169173262--169173369
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
169177688--169177818
30
4.5
30
86
8
171
32
13
25
28
1.94
169177688--169177818
58
2.2
58
86
4
174
32
13
25
28
1.94
169185636--169185766
30
4.5
30
86
8
171
32
13
25
28
1.94
169185636--169185766
58
2.2
58
86
4
174
32
13
25
28
1.94
169187453--169187491
19
2.1
19
85
0
51
15
5
7
71
1.26
169188078--169188111
10
3.3
10
84
8
50
29
8
8
52
1.62
169194385--169194449
28
2.3
28
89
5
96
35
27
7
29
1.85
169194565--169194643
27
2.8
28
82
5
97
25
25
16
32
1.96
169194555--169194669
55
2.1
56
82
11
139
21
24
19
34
1.96
169195108--169195146
19
2.1
19
85
0
51
15
5
7
71
1.26
169202008--169202142
70
1.9
70
92
0
225
36
18
14
31
1.90
169207810--169208021
43
5.0
43
83
6
195
22
31
20
25
1.98
169207851--169208021
43
4.0
43
89
1
245
21
31
21
25
1.98
169209689--169209760
28
2.5
28
91
6
110
29
26
13
30
1.94
169209777--169209907
29
4.5
29
85
1
165
25
30
16
28
1.96
169211195--169211243
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
169212066--169212232
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
169221563--169221641
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
169221554--169221640
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
169224023--169224198
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
169224019--169224190
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
169232735--169232768
17
2.1
17
94
5
61
52
11
11
23
1.70
169233235--169233278
16
2.7
16
86
13
63
63
2
2
31
1.19
169233312--169233365
24
2.3
23
80
6
54
70
3
1
24
1.13
169233456--169233492
17
2.1
18
90
5
58
59
0
8
32
1.27
169233519--169233551
10
3.3
10
84
16
50
60
0
3
36
1.12
169233519--169233562
20
2.2
20
84
8
54
63
0
4
31
1.14
169239622--169239660
8
4.9
8
87
0
51
15
10
12
61
1.56
169240241--169240282
9
4.7
9
96
0
75
23
11
16
47
1.80
169243524--169243556
14
2.3
15
89
5
50
30
0
9
60
1.27
169245892--169246082
44
4.3
44
68
10
138
30
18
19
30
1.96
169252347--169252476
40
3.2
40
82
4
165
23
28
24
23
2.00
169252347--169252510
40
4.1
40
78
4
145
21
28
25
25
1.99
169260357--169260485
40
3.2
40
82
4
163
24
27
24
23
2.00
169260357--169260519
40
4.1
40
78
4
143
22
27
25
25
2.00
169263743--169263921
40
4.5
40
78
8
170
24
25
28
22
1.99
169263743--169263893
78
1.9
80
85
5
209
25
23
28
23
1.99
169263743--169263921
78
2.3
80
81
6
204
24
25
28
22
1.99
169272888--169273033
40
3.7
39
77
9
125
21
26
23
27
1.99
169274225--169274406
40
4.6
40
78
9
169
24
24
28
23
2.00
169274225--169274406
78
2.3
80
81
8
203
24
24
28
23
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
169279415--169279522
26
4.2
26
97
0
207
30
6
26
36
1.82
169291986--169292145
43
3.7
44
78
9
152
31
26
16
25
1.97
169292614--169292647
18
1.9
18
88
5
52
26
20
11
41
1.87
169293719--169293812
28
3.3
28
83
2
125
28
31
14
24
1.95
169296802--169297009
40
5.2
39
81
3
193
24
25
24
25
2.00
169296802--169297008
80
2.6
80
81
3
229
24
26
24
25
2.00
169309164--169309331
40
4.2
40
82
1
185
24
26
22
26
2.00
169318518--169318721
40
5.1
39
87
2
246
23
19
28
27
1.98
169320001--169320095
40
2.4
40
85
0
136
22
18
29
29
1.98
169324582--169324785
40
5.1
40
91
1
268
28
27
20
24
1.99
169331595--169331758
40
4.1
40
84
4
190
28
28
20
23
1.99
169336712--169336879
40
4.2
40
81
1
185
24
27
23
24
2.00
169339034--169339200
40
4.2
40
80
5
169
23
27
23
25
2.00
169349368--169349577
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
169357497--169357706
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
169380327--169380376
25
2.0
25
92
0
82
48
18
6
28
1.71
169380619--169380648
15
2.0
15
93
0
51
30
0
6
63
1.20
169382268--169382310
18
2.2
20
88
8
63
60
0
4
34
1.17
169382247--169382323
19
3.9
20
79
17
74
57
1
3
37
1.26
169382293--169382416
11
12.0
10
69
17
60
54
2
4
38
1.35
169382301--169382410
21
5.3
20
71
14
64
54
2
5
37
1.38
169382334--169382384
22
2.3
23
82
3
68
50
3
7
37
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
169384418--169384615
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
169384484--169384601
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
169384452--169384615
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
169391113--169391224
38
2.9
38
85
10
142
25
28
13
32
1.94
169394522--169394623
29
3.5
29
90
0
150
23
33
15
27
1.95
169401781--169401835
28
2.0
28
92
0
92
25
30
14
29
1.95
169403553--169403664
56
2.0
56
92
0
188
17
21
10
50
1.77
169403557--169403677
56
2.4
49
74
20
122
16
19
9
53
1.70
169404625--169404744
28
4.3
28
88
0
168
20
15
38
26
1.91
169405070--169405501
27
16.1
27
79
8
379
39
18
9
31
1.84
169405060--169405501
80
5.5
78
79
10
403
39
18
10
31
1.84
169405059--169405472
160
2.6
160
82
6
491
39
18
10
31
1.85
169405484--169405572
27
3.3
27
78
6
74
39
13
14
32
1.85
169405483--169405546
27
2.3
28
81
7
78
40
10
10
37
1.76
169412039--169412183
40
3.6
40
85
0
173
23
26
22
28
1.99
169412030--169412183
80
1.9
80
83
0
200
23
25
22
28
1.99
169420024--169420231
40
5.2
40
82
1
184
21
26
24
27
1.99
169420050--169420231
80
2.3
80
83
0
220
21
26
23
28
1.99
169422817--169423036
40
5.6
40
91
2
338
22
20
30
25
1.99
169422817--169423036
79
2.8
80
90
3
338
22
20
30
25
1.99
169422817--169423036
119
1.8
119
89
1
343
22
20
30
25
1.99
169430817--169430996
40
4.6
40
90
2
267
22
21
30
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
169432619--169432656
18
2.1
18
100
0
76
26
34
26
13
1.93
169436588--169436719
29
4.6
29
91
0
201
25
32
15
26
1.95
169437996--169438025
12
2.5
12
100
0
60
0
10
0
90
0.47
169444651--169444810
29
5.6
29
93
0
259
26
32
15
26
1.95
169447660--169447714
27
2.0
27
92
0
92
29
10
21
38
1.88
169450394--169450418
13
1.9
13
100
0
50
32
4
24
40
1.73
169451544--169451846
56
5.4
56
92
0
482
29
13
23
33
1.93
169454444--169454468
12
2.1
12
100
0
50
44
0
0
56
0.99
169454240--169454933
226
3.0
228
89
6
1097
33
9
18
39
1.82
169454670--169454694
12
2.1
12
100
0
50
44
0
0
56
0.99
169455747--169455792
22
2.0
23
83
4
58
28
10
19
41
1.85
169457477--169457574
39
2.5
40
86
5
146
21
28
23
26
1.99
169457481--169457627
40
3.7
38
79
7
150
23
27
23
25
2.00
169462126--169462226
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
169462155--169462230
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
169470011--169470111
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
169470040--169470115
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
169478228--169478278
26
2.0
26
92
7
86
47
1
11
39
1.52
169480104--169480140
14
2.6
15
79
16
51
16
24
5
54
1.63
169480337--169480387
26
2.0
26
92
7
86
47
1
11
39
1.52
169482732--169482887
68
2.2
68
77
13
149
20
28
16
34
1.94
169490212--169490367
68
2.2
68
77
13
149
20
28
16
34
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
169492590--169492640
26
2.0
26
92
7
86
47
1
11
39
1.52
169496892--169496919
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
169499232--169499285
27
2.0
27
100
0
108
48
25
7
18
1.74
169501671--169501714
19
2.4
19
85
7
56
50
0
9
40
1.34
169503530--169503598
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
169505115--169505386
49
5.7
49
91
4
448
29
30
7
32
1.85
169505115--169505386
96
2.8
96
91
5
435
29
30
7
32
1.85
169505115--169505386
145
1.9
143
96
1
508
29
30
7
32
1.85
169509069--169509235
40
4.2
40
85
6
207
23
22
28
26
1.99
169509069--169509235
80
2.1
78
86
5
228
23
22
28
26
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770