genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.496.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  496  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153464995--153465496	40	12.7	40	93	1	807	25	25	21	27	2.00
153464995--153465488	119	4.2	119	93	2	823	25	25	21	27	2.00
153467749--153467779	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
153467781--153467914	46	2.9	46	81	5	137	27	29	8	33	1.87
153467844--153468059	47	4.6	47	95	0	369	26	31	12	30	1.92
153467844--153468085	94	2.5	94	89	2	376	27	30	11	30	1.92
153471529--153471998	40	12.1	40	89	7	718	25	24	21	27	1.99
153471529--153471998	79	6.0	80	88	8	718	25	24	21	27	1.99
153471529--153471998	119	4.0	119	91	5	748	25	24	21	27	1.99
153476754--153476831	29	2.7	29	85	0	102	26	16	33	23	1.96
153484594--153484657	29	2.2	29	83	2	85	31	18	28	21	1.97
153486286--153486394	37	2.9	37	90	0	164	24	19	30	25	1.98
153489260--153489315	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
153489249--153489315	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
153489366--153489532	23	7.1	23	92	1	235	28	21	20	28	1.98
153489365--153489534	24	7.2	23	90	2	232	29	21	21	28	1.98
153489365--153489532	48	3.6	47	90	2	257	29	21	20	28	1.98
153489747--153489810	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
153496186--153496372	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
153496209--153496372	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
153496209--153496406	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
153503673--153503859	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153503696--153503859	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
153503696--153503893	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
153507608--153507655	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
153507688--153507741	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
153507675--153507741	20	3.3	20	91	0	107	35	11	20	31	1.89
153507791--153507961	24	7.2	24	87	2	229	30	19	21	28	1.98
153507791--153507959	47	3.6	47	88	3	259	30	20	20	28	1.98
153508174--153508237	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
153510245--153510341	42	2.3	42	82	3	115	30	11	21	36	1.89
153513647--153513797	40	3.8	40	75	13	132	26	25	27	21	1.99
153513685--153513829	40	3.6	39	79	3	137	24	24	28	22	2.00
153513686--153513874	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
153521738--153521921	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
153521778--153521966	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
153531583--153531654	35	2.1	35	92	5	119	26	23	12	37	1.90
153535977--153536048	35	2.1	35	92	5	119	26	23	12	37	1.90
153536175--153536925	85	8.8	86	84	4	855	17	32	33	16	1.93
153536175--153536925	43	17.7	43	84	4	828	17	32	33	16	1.93
153536175--153536924	169	4.4	171	84	4	869	17	32	33	16	1.93
153537127--153537175	25	2.0	25	100	0	98	24	16	51	8	1.71
153537678--153537798	58	2.1	59	92	1	199	24	17	23	33	1.96
153537833--153537886	24	2.2	24	83	0	72	16	27	40	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153543413--153543730	160	2.0	160	97	1	602	22	23	22	30	1.99
153545287--153546048	42	18.2	42	85	7	845	17	33	33	15	1.91
153545309--153546096	85	9.4	86	85	6	921	17	33	33	15	1.91
153545309--153546096	43	18.8	43	85	7	921	17	33	33	15	1.91
153546796--153546916	58	2.1	59	92	1	199	23	18	24	33	1.97
153546950--153547003	24	2.2	24	83	0	72	16	27	40	14	1.88
153548831--153548951	58	2.1	59	92	1	199	23	18	24	33	1.97
153548986--153549039	24	2.2	24	83	0	72	16	27	40	14	1.88
153556309--153557088	43	18.3	43	84	4	820	17	33	32	16	1.93
153557794--153557914	58	2.1	59	90	1	190	23	17	24	33	1.96
153560391--153560656	49	5.4	49	94	1	460	30	8	30	31	1.87
153560726--153560816	38	2.4	38	92	1	148	21	18	35	24	1.96
153562796--153562870	38	2.0	38	84	5	98	32	18	25	24	1.97
153562924--153563244	40	8.1	40	93	0	536	26	20	27	26	1.99
153566456--153566602	48	3.0	49	92	5	251	31	8	28	30	1.87
153566456--153566622	51	3.3	51	92	3	268	31	9	29	29	1.89
153566672--153566762	38	2.4	38	87	1	130	21	16	35	26	1.95
153578054--153578103	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
153578244--153578465	115	1.9	114	87	0	318	34	14	13	37	1.86
153580346--153580391	22	2.0	23	87	4	67	30	4	32	32	1.77
153580353--153580402	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
153581010--153581123	40	2.9	40	93	1	194	49	3	17	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153591616--153592193	202	2.8	204	94	2	979	30	17	22	29	1.97
153592835--153592880	22	2.0	23	87	4	67	30	4	32	32	1.77
153592842--153592891	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
153593497--153593611	39	2.9	39	92	5	187	47	3	19	29	1.65
153595895--153595924	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
153603217--153603340	3	42.7	3	67	18	57	60	1	7	30	1.33
153603217--153603292	14	5.3	14	76	10	64	60	1	3	34	1.23
153603217--153603280	26	2.3	28	81	7	78	62	1	3	32	1.20
153605260--153605519	90	3.0	87	80	8	294	33	20	18	27	1.96
153605751--153605785	14	2.5	14	100	0	70	57	0	20	22	1.41
153605712--153606106	89	4.4	91	80	8	402	33	18	20	27	1.96
153605714--153606111	178	2.2	175	81	7	457	34	18	19	27	1.95
153606124--153606473	74	4.9	71	78	9	343	33	22	15	28	1.95
153619063--153619186	3	42.7	3	67	18	57	60	1	7	30	1.33
153619063--153619138	14	5.3	14	76	10	64	60	1	3	34	1.23
153619063--153619126	26	2.3	28	81	7	78	62	1	3	32	1.20
153620427--153620489	22	2.9	22	95	0	108	9	6	52	31	1.59
153629713--153629875	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
153636201--153636278	24	3.2	24	96	0	138	33	3	42	20	1.70
153637687--153637798	54	2.1	53	84	1	143	18	24	18	38	1.93
153637687--153637798	27	4.2	26	82	5	116	18	24	18	38	1.93
153643017--153643188	46	3.7	46	76	10	188	30	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153643025--153643195	93	1.8	93	92	0	288	29	25	21	23	1.99
153643068--153643211	46	3.1	44	71	15	114	29	27	19	23	1.98
153648539--153648713	46	3.8	46	78	13	214	29	28	20	22	1.98
153648547--153648717	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
153652315--153652380	24	2.8	24	100	0	132	33	4	40	21	1.73
153653350--153653379	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
153653796--153653906	27	4.2	26	87	5	150	15	24	22	37	1.93
153663011--153663105	27	3.5	27	81	5	102	41	21	8	29	1.82
153663112--153663224	27	4.2	27	91	0	181	31	23	5	38	1.77
153663127--153663254	54	2.4	53	82	5	150	33	23	7	35	1.82
153663130--153663316	27	6.9	27	83	1	133	37	22	6	32	1.81
153663110--153663263	81	1.9	81	82	2	193	34	23	6	35	1.81
153663112--153663281	81	2.1	81	80	2	180	35	22	5	35	1.79
153663228--153663346	27	4.4	27	85	0	139	39	23	9	27	1.85
153663328--153663550	27	8.3	27	85	1	277	34	19	20	26	1.96
153663274--153663532	81	3.2	80	79	7	265	35	20	17	26	1.95
153663897--153663955	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
153664113--153664196	27	3.1	27	80	10	91	19	21	22	36	1.95
153664113--153664220	54	2.0	53	82	5	128	20	22	20	37	1.95
153664135--153664220	27	3.2	26	86	4	109	20	22	20	36	1.96
153664338--153664458	6	19.8	6	85	9	156	18	18	15	47	1.82
153669060--153669214	40	3.9	40	79	4	161	25	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153677657--153677709	18	2.9	18	80	20	65	77	1	15	5	1.04
153678861--153678952	29	3.2	28	85	3	112	32	16	28	22	1.96
153678863--153678942	28	2.8	28	88	1	106	33	15	27	23	1.94
153678861--153678965	29	3.7	29	79	7	106	29	16	31	22	1.96
153685556--153685609	18	2.9	18	80	19	67	77	1	14	5	1.03
153685554--153685611	17	3.2	17	79	13	71	77	1	15	5	1.02
153687445--153687546	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
153695299--153695400	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
153697679--153697769	29	3.1	29	87	0	119	34	15	28	21	1.94
153697681--153697784	29	3.6	29	84	0	82	30	15	29	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770