genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  68  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19972396--19972605	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
19975483--19975524	12	3.6	12	81	15	52	73	0	4	21	1.01
19981846--19982058	27	7.9	27	84	0	264	25	21	18	34	1.96
19986809--19986871	25	2.5	26	74	7	67	63	15	17	3	1.44
19989417--19989461	22	2.2	20	84	8	54	46	15	4	33	1.66
19990809--19990912	40	2.6	39	83	4	109	33	24	14	27	1.94
19990852--19990956	43	2.5	42	86	6	133	33	23	13	29	1.93
19996170--19996230	18	3.4	18	70	17	63	34	11	18	36	1.86
19996166--19996240	36	2.1	36	100	0	150	34	14	16	34	1.89
20004646--20004702	24	2.4	24	85	5	71	38	22	24	14	1.91
20004742--20004806	27	2.5	26	82	7	69	41	16	16	24	1.89
20009105--20009146	22	1.9	22	85	9	59	33	0	42	23	1.55
20011296--20011344	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
20018542--20018794	68	3.9	64	77	10	219	30	16	28	24	1.97
20020139--20020329	53	3.7	53	91	6	331	31	25	8	35	1.86
20024333--20024385	26	2.0	26	100	0	106	33	3	15	47	1.63
20033253--20033355	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
20035396--20035447	25	2.0	26	85	3	70	40	17	15	26	1.89
20035681--20035893	25	8.6	25	75	3	142	19	16	27	36	1.94
20035707--20035910	50	4.1	48	83	9	207	18	17	26	37	1.93
20035754--20035919	25	6.7	25	75	1	154	19	15	27	37	1.92
20039064--20039121	26	2.2	26	93	3	98	36	15	20	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20039373--20039613	50	4.8	50	83	6	272	19	15	26	38	1.91
20039373--20039566	75	2.6	75	80	3	203	19	15	26	38	1.92
20039373--20039614	25	9.7	25	75	5	184	19	15	26	38	1.92
20048904--20048943	20	2.0	20	95	0	71	47	0	22	30	1.52
20049370--20049399	15	2.0	15	93	0	51	13	23	13	50	1.77
20057863--20057973	58	1.9	58	81	3	134	27	23	19	28	1.98
20061290--20061359	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
20069079--20069148	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
20070561--20070843	40	7.1	40	88	2	392	25	28	22	22	1.99
20075319--20075343	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20076022--20076054	6	5.8	6	92	7	52	0	45	0	54	0.99
20081636--20081699	30	2.1	30	85	0	83	15	26	31	26	1.96
20083720--20083780	30	2.0	30	96	0	113	37	0	19	42	1.52
20085892--20086017	40	3.2	40	87	0	189	33	20	30	15	1.94
20091698--20091788	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
20091878--20092013	40	3.2	41	68	25	111	30	31	8	29	1.86
20091884--20092040	49	3.4	49	81	15	215	28	32	10	29	1.90
20095420--20095607	29	6.5	29	94	0	315	25	32	15	26	1.95
20095781--20096025	40	6.1	40	92	0	328	25	25	20	28	1.99
20097843--20097933	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
20098029--20098234	49	4.4	49	86	10	313	28	32	9	29	1.89
20098050--20098229	89	2.0	89	95	0	324	28	32	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20104180--20104362	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
20112981--20113109	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
20113016--20113162	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
20112997--20113162	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
20121057--20121185	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
20121092--20121238	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
20121073--20121238	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
20123325--20123367	10	4.3	10	90	0	59	41	0	9	48	1.35
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20139988--20140045	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
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20149352--20149775	98	4.2	98	89	7	659	30	7	30	31	1.86
20149352--20149803	147	3.0	147	90	4	652	30	7	30	30	1.86
20149662--20149687	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
20149613--20149736	62	2.0	62	98	0	239	29	8	31	30	1.86
20149564--20149767	111	1.8	111	96	0	381	29	8	31	29	1.88
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20151901--20152043	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
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20152235--20152297	31	2.1	29	88	5	90	38	15	22	23	1.93
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20178768--20178842	36	2.0	38	87	7	109	25	30	22	21	1.99
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20189953--20190164	49	4.4	49	93	3	358	28	9	33	29	1.88
20189959--20190169	95	2.2	96	90	3	343	28	9	32	28	1.88
20190260--20190349	36	2.4	36	90	3	144	24	18	32	24	1.97
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20208866--20208973	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
20230259--20230483	124	1.8	124	85	1	317	30	10	24	34	1.89
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20277377--20277584	54	3.9	54	84	4	242	29	7	20	41	1.80
20277377--20277584	81	2.6	82	85	5	264	29	7	20	41	1.80
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20277577--20277920	27	12.7	27	91	0	445	39	6	23	30	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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