genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  64  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18615648--18615993	69	5.0	69	79	4	351	21	22	22	32	1.98
18624919--18625069	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
18624955--18625085	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
18632915--18633065	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
18632951--18633081	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
18634539--18634744	40	5.2	40	93	1	344	27	26	22	23	1.99
18635963--18635988	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
18642500--18642705	40	5.2	40	92	1	335	27	26	22	23	2.00
18643884--18643909	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
18647487--18647556	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
18661948--18662119	46	3.7	46	78	13	199	29	28	20	21	1.98
18661953--18662123	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
18662541--18662600	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
18669499--18669667	46	3.7	45	77	16	186	28	28	20	21	1.98
18669504--18669671	92	1.8	92	94	1	302	27	29	20	21	1.98
18670088--18670147	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
18676695--18676885	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
18676735--18676885	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
18678616--18678663	15	3.1	15	83	16	62	70	10	4	14	1.29
18679346--18679394	24	2.0	24	88	0	71	36	20	18	24	1.94
18681427--18681477	17	3.1	17	83	5	61	39	9	0	50	1.35
18683200--18683226	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18684472--18684538	22	3.2	22	64	23	63	31	26	11	29	1.92
18684465--18684545	40	2.0	40	100	0	162	32	25	12	29	1.92
18688708--18688804	52	1.9	52	84	12	132	34	18	11	36	1.87
18690652--18690917	134	2.0	134	92	0	442	36	13	15	34	1.86
18695282--18695332	19	2.6	19	72	9	50	23	19	21	35	1.96
18695339--18695405	20	3.3	20	76	0	80	26	19	20	32	1.97
18695291--18695440	80	1.9	79	85	1	210	25	20	20	34	1.97
18695246--18695440	40	4.8	40	78	2	149	25	21	20	32	1.97
18696321--18696449	46	2.8	46	83	2	179	29	23	19	27	1.98
18700122--18700207	39	2.2	39	95	0	154	37	23	0	39	1.55
18704322--18704361	20	2.0	20	90	0	62	25	2	30	42	1.68
18711643--18711689	22	2.1	23	96	4	87	46	4	14	34	1.64
18713915--18713952	11	3.1	12	85	14	51	47	0	7	44	1.32
18718735--18718918	79	2.3	81	80	10	209	23	27	23	24	2.00
18718716--18718919	40	5.1	40	80	8	220	24	27	23	25	2.00
18722994--18723201	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
18735874--18736054	78	2.3	79	84	7	235	24	28	22	24	2.00
18735872--18736054	40	4.7	39	84	8	230	25	28	22	24	1.99
18747426--18747633	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
18747426--18747633	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
18756116--18756144	13	2.2	13	100	0	58	72	6	6	13	1.26
18757919--18758036	42	2.8	43	89	3	186	33	13	22	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18761162--18761283	42	2.9	43	83	8	126	24	26	19	29	1.99
18761188--18761283	42	2.3	42	88	0	138	23	23	19	32	1.98
18775635--18775943	46	6.7	46	90	0	402	21	24	14	40	1.90
18775978--18776102	54	2.3	54	98	0	241	30	23	20	25	1.99
18777858--18777930	36	2.0	36	100	0	146	13	27	8	50	1.70
18778168--18778204	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
18779999--18780367	46	8.0	46	92	0	508	21	24	14	38	1.92
18782507--18782543	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
18785225--18785299	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
18793126--18793200	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
18796507--18796531	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
18796489--18796569	40	2.0	41	85	4	110	18	43	20	17	1.88
18802397--18802472	26	3.0	26	82	5	75	38	22	15	23	1.93
18803180--18803230	23	2.2	23	82	6	59	21	27	1	49	1.60
18807551--18807766	108	2.0	108	98	0	414	25	20	15	37	1.92
18827784--18827837	20	2.7	20	85	0	72	38	5	25	29	1.79
18827756--18827837	42	2.0	40	80	4	92	40	10	20	28	1.86
18829101--18829265	70	2.4	70	87	4	228	40	5	15	38	1.71
18830721--18830808	26	3.4	26	90	0	140	31	32	13	21	1.92
18831846--18831902	28	2.0	28	100	0	114	36	17	21	24	1.94
18836141--18836320	40	4.5	40	84	5	197	27	25	20	26	1.99
18843364--18843525	43	3.8	42	77	11	161	32	25	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18849166--18849295	48	2.7	48	86	4	181	35	23	18	22	1.96
18851802--18851843	22	1.9	22	90	0	66	42	2	7	47	1.43
18852157--18852204	23	2.1	23	100	0	96	29	12	8	50	1.69
18854938--18855119	40	4.6	40	80	5	174	26	25	20	27	1.99
18854938--18855123	80	2.3	80	78	10	202	26	25	20	27	1.99
18867875--18867899	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
18873599--18873654	13	4.3	13	73	15	53	26	1	3	67	1.16
18880709--18880776	27	2.5	28	85	2	93	27	13	25	33	1.93
18882223--18882358	29	4.7	29	85	3	148	24	31	15	28	1.95
18882198--18882357	58	2.8	58	80	0	176	23	33	15	26	1.95
18886368--18886409	21	1.9	23	85	9	61	30	30	2	35	1.71
18892818--18892853	17	2.1	18	89	5	56	38	0	0	61	0.96
18894422--18894453	5	6.8	5	86	13	50	21	15	0	62	1.32
18898899--18898942	13	3.4	13	75	12	54	13	9	11	65	1.46
18899106--18899145	4	9.8	4	84	15	55	22	5	0	72	1.04
18899106--18899145	17	2.4	16	84	15	55	22	5	0	72	1.04
18899779--18899828	25	2.0	25	100	0	100	32	4	4	60	1.34
18900957--18901002	20	2.2	22	88	7	69	54	0	0	45	0.99
18902400--18902545	40	3.7	40	87	3	206	23	26	23	25	2.00
18909022--18909122	40	2.5	40	81	7	109	23	26	24	24	2.00
18912297--18912335	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
18912456--18912511	16	3.6	16	75	15	55	60	3	7	28	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18912573--18912614	12	3.7	11	82	14	50	66	0	4	28	1.12
18912551--18912614	26	2.6	24	79	16	62	65	0	4	29	1.13
18912815--18912841	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
18914477--18915051	89	6.5	89	72	7	389	27	21	18	32	1.97
18914570--18914826	45	5.8	45	70	13	138	29	21	18	30	1.97
18914477--18915051	178	3.2	176	85	2	765	27	21	18	32	1.97
18914935--18915051	44	2.6	43	78	14	112	29	22	17	29	1.97
18915407--18915511	46	2.3	46	89	0	156	26	30	13	29	1.94
18915401--18915521	46	2.6	46	84	2	154	24	30	15	28	1.96
18915407--18915534	46	2.8	46	85	2	141	25	28	16	29	1.97
18915954--18916039	27	3.2	26	65	15	68	51	5	18	24	1.68
18919404--18919453	19	2.6	20	84	6	59	46	12	18	24	1.82
18922284--18922335	12	4.5	11	80	20	54	67	0	1	30	1.02
18922306--18922335	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
18925883--18925931	21	2.3	21	89	0	80	22	20	34	22	1.97
18927092--18927262	46	3.7	45	76	14	143	23	28	18	29	1.98
18928535--18928643	26	4.2	26	93	0	191	33	7	23	35	1.83
18930243--18930356	27	4.2	27	84	6	151	17	23	23	35	1.95
18930243--18930356	54	2.1	54	96	0	210	17	23	23	35	1.95
18931379--18931438	30	2.0	30	96	0	111	55	6	0	38	1.27
18936827--18936897	32	2.2	32	92	2	115	22	21	14	42	1.88
18937087--18937137	23	2.2	23	100	0	102	37	7	25	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18946224--18946345	43	2.9	41	77	7	118	29	23	16	30	1.96
18953253--18953296	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
18960410--18960647	42	5.7	42	81	4	239	28	26	15	30	1.96
18960442--18960658	84	2.6	83	85	2	290	29	26	13	29	1.94
18962493--18962530	20	1.9	20	94	0	67	18	15	31	34	1.92
18964786--18965032	34	7.2	34	87	1	334	27	14	22	35	1.93
18968107--18968282	46	3.8	46	78	10	196	21	18	29	30	1.97
18968103--18968274	93	1.8	93	92	2	292	20	19	30	29	1.97
18968881--18968934	26	2.1	26	100	0	108	40	12	18	27	1.87
18971802--18971844	22	2.0	22	81	9	52	34	13	27	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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