genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  242  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72499218--72499360	47	3.0	47	87	7	182	29	20	23	26	1.99
72499218--72499361	71	2.0	72	85	6	195	29	20	22	26	1.99
72499553--72499616	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
72499603--72499630	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
72501564--72501742	51	3.5	52	88	8	237	28	15	28	27	1.96
72507429--72507476	23	2.1	23	92	0	78	27	2	14	56	1.50
72508636--72508863	40	5.7	40	85	2	298	19	19	28	33	1.96
72515531--72515620	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
72515531--72515636	54	2.0	53	81	9	126	38	19	10	31	1.86
72515626--72515943	27	11.8	26	85	5	368	28	22	8	41	1.83
72515626--72515943	81	3.9	81	89	1	433	28	22	8	41	1.83
72515922--72516007	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
72515626--72515943	54	5.9	54	90	0	449	28	22	8	41	1.83
72515936--72516062	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
72515936--72516034	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
72515961--72516080	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
72519779--72520006	40	5.7	40	90	2	334	19	20	28	32	1.97
72527320--72527363	20	2.3	19	81	14	54	20	9	31	38	1.84
72532512--72532581	27	2.5	28	95	2	124	32	25	12	28	1.93
72537532--72537580	25	2.0	25	95	0	89	22	22	24	30	1.99
72538723--72538805	40	2.1	40	100	0	166	33	16	24	25	1.96
72543282--72543393	40	2.8	40	82	8	138	23	24	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72556922--72557031	39	2.8	40	82	10	136	22	23	29	24	1.99
72556881--72557047	40	4.2	40	78	7	171	25	22	26	24	2.00
72561276--72561480	40	5.2	40	84	5	256	25	22	26	25	2.00
72561264--72561480	80	2.7	79	85	6	312	25	23	26	24	2.00
72566265--72566902	44	14.5	44	87	0	909	25	29	15	28	1.96
72589690--72589897	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
72589690--72589895	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
72597699--72597906	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
72597699--72597904	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
72604566--72604785	49	4.6	49	75	8	193	26	22	29	21	1.99
72609069--72609159	46	2.0	46	88	0	137	26	30	8	34	1.87
72609133--72609700	47	12.1	46	92	0	796	24	26	13	34	1.93
72609133--72609700	94	6.0	94	92	0	906	24	26	13	34	1.93
72609133--72609700	141	4.0	141	93	0	906	24	26	13	34	1.93
72614295--72614381	29	3.0	29	88	3	131	34	20	10	34	1.87
72614522--72614635	20	5.7	20	73	9	88	39	19	7	34	1.79
72614774--72614874	24	4.1	24	70	7	69	41	19	15	22	1.90
72615055--72615086	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
72618651--72618838	27	7.0	27	79	2	189	41	18	14	25	1.88
72620824--72620996	46	3.7	46	71	15	158	22	20	26	31	1.98
72620821--72620990	93	1.8	93	89	0	268	22	20	27	30	1.98
72628361--72628533	46	3.7	46	77	13	192	22	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72628358--72628528	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
72635615--72637014	467	3.0	467	94	0	2480	38	22	11	27	1.89
72645435--72645527	28	3.3	27	71	14	71	30	23	17	29	1.97
72645435--72645542	57	1.9	57	84	3	146	31	22	15	30	1.95
72645676--72645832	53	3.0	52	85	1	206	27	22	12	37	1.90
72650919--72651019	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
72658857--72658957	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
72666866--72666949	44	1.9	44	85	4	116	36	11	23	27	1.90
72666953--72667179	47	4.8	49	80	5	132	34	17	23	24	1.95
72668235--72668580	27	12.8	27	83	2	374	39	21	8	30	1.84
72668235--72668634	81	4.9	81	80	4	270	38	21	9	31	1.84
72668626--72668728	27	3.9	27	83	6	122	35	15	22	26	1.94
72668617--72668732	53	2.2	54	81	4	146	37	17	19	25	1.94
72668617--72668733	27	4.4	26	80	10	112	37	17	19	25	1.93
72669044--72669105	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
72669245--72669363	6	19.3	6	72	17	93	18	16	15	48	1.81
72669247--72669343	25	3.6	27	81	16	96	17	17	16	48	1.82
72669255--72669312	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
72669245--72669379	31	4.4	31	88	2	175	18	16	15	49	1.80
72672138--72672187	17	2.9	18	85	5	59	48	14	2	36	1.55
72673560--72673644	29	2.7	30	80	14	93	45	16	5	31	1.71
72673568--72673641	32	2.4	31	80	15	89	45	14	5	33	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72677788--72677965	40	4.5	40	91	2	279	24	21	28	25	1.99
72684442--72684618	40	4.4	40	91	2	268	24	20	28	25	1.99
72692172--72692338	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
72700169--72700335	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
72702918--72703016	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
72708556--72708716	29	5.5	29	87	5	207	26	25	14	33	1.94
72708556--72708716	59	2.7	58	87	5	209	26	25	14	33	1.94
72708556--72708716	88	1.8	88	85	2	225	26	25	14	33	1.94
72716519--72716678	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
72716519--72716678	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
72724513--72724889	47	8.1	47	93	1	562	33	11	29	25	1.90
72724725--72724799	22	3.3	22	66	23	64	32	13	29	25	1.93
72724513--72724889	186	2.0	187	89	2	569	33	11	29	25	1.90
72724513--72724849	139	2.4	140	93	1	568	34	11	29	25	1.91
72724771--72724846	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
72724863--72724999	46	3.0	46	90	0	211	35	8	30	25	1.86
72726452--72726629	40	4.4	40	91	4	293	26	20	26	26	1.99
72726462--72726568	23	5.2	23	60	25	67	25	22	27	25	2.00
72726661--72726815	28	5.5	28	73	9	89	21	18	29	30	1.97
72726689--72726817	29	4.5	28	76	8	109	21	16	30	31	1.95
72726657--72726824	57	2.9	57	86	0	228	22	17	29	30	1.97
72727287--72727320	16	2.1	16	94	0	59	50	5	20	23	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72730645--72730998	47	7.5	47	97	0	618	33	12	29	25	1.92
72732314--72732485	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
72732307--72732482	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
72733779--72733854	22	3.3	22	68	22	66	35	10	27	26	1.89
72733775--72733897	47	2.6	47	85	2	149	34	9	28	26	1.88
72733871--72734007	46	3.0	46	91	0	220	34	9	31	24	1.88
72736888--72736959	27	2.7	27	77	0	81	29	8	22	40	1.83
72736951--72737480	27	19.6	27	85	3	611	40	9	22	27	1.84
72738761--72738884	43	2.9	43	85	1	124	23	31	19	25	1.98
72738775--72738884	43	2.6	43	88	0	157	22	30	21	24	1.99
72739510--72739568	24	2.5	24	94	0	100	28	28	15	27	1.96
72739844--72739873	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
72744230--72744330	43	2.4	40	82	11	114	29	26	16	26	1.97
72752681--72752723	22	2.0	22	95	0	77	9	23	32	34	1.87
72752863--72752915	27	2.0	27	85	7	72	16	26	26	30	1.97
72755831--72755919	6	14.7	6	93	5	126	26	3	1	68	1.12
72764148--72764323	67	2.6	66	80	8	171	31	16	30	22	1.96
72764172--72764355	67	2.8	64	78	8	203	29	16	30	23	1.96
72770038--72770179	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
72770077--72770205	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
72778055--72778196	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
72778094--72778222	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72782343--72782383	20	2.0	20	95	0	73	36	24	9	29	1.87
72785588--72785795	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
72785588--72785793	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
72789378--72789484	43	2.5	42	82	8	128	30	27	19	22	1.98
72793119--72793316	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
72793185--72793302	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72793153--72793316	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72796662--72796833	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
72796655--72796830	46	3.8	46	78	14	200	30	29	19	20	1.97
72796663--72796849	46	4.0	44	73	16	139	29	28	19	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770