genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  239  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71594121--71594430	138	2.2	138	94	0	530	23	30	18	27	1.98
71595833--71595861	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
71597584--71597675	27	3.4	27	89	0	139	27	21	9	41	1.84
71597667--71597809	27	5.3	26	73	10	110	37	22	11	28	1.90
71597665--71597808	54	2.7	54	76	9	143	37	22	11	28	1.89
71597707--71597844	27	5.1	27	79	7	138	41	21	7	28	1.81
71597674--71597829	81	1.9	81	83	7	201	40	20	10	28	1.86
71597707--71597887	54	3.3	55	80	7	165	42	20	7	29	1.79
71597842--71597893	27	1.9	28	84	7	72	44	13	7	34	1.72
71597947--71598010	27	2.4	26	81	2	74	37	18	21	21	1.94
71599086--71599163	31	2.6	30	86	6	113	29	16	23	30	1.96
71599169--71599233	33	1.9	34	87	3	96	23	20	26	30	1.98
71601249--71601296	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71601344--71601399	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
71601333--71601399	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
71601448--71601599	24	6.4	23	92	3	223	28	21	22	27	1.99
71601448--71601599	47	3.2	46	88	5	223	28	21	22	27	1.99
71601448--71601599	71	2.1	71	93	1	259	28	21	22	27	1.99
71601805--71601866	30	2.1	31	87	6	92	35	14	25	24	1.93
71607028--71607145	6	19.3	6	69	22	68	49	14	16	20	1.80
71607036--71607145	31	3.6	30	83	11	134	49	13	16	20	1.80
71607302--71607357	26	2.1	27	90	3	87	39	23	21	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71607517--71607579	22	2.9	22	72	13	58	38	23	20	17	1.93
71608007--71608272	27	10.0	27	85	2	331	24	21	19	34	1.96
71608008--71608280	53	5.1	53	83	5	311	25	20	19	34	1.96
71608025--71608272	80	3.1	80	87	2	345	24	20	20	34	1.96
71608330--71608394	27	2.4	27	86	0	94	33	12	16	36	1.87
71608373--71608659	27	10.6	27	84	2	353	31	8	20	40	1.81
71608319--71608659	81	4.2	81	83	3	348	31	8	20	39	1.82
71608400--71608659	109	2.4	107	92	1	421	31	7	20	41	1.79
71611557--71611658	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71619447--71619548	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71622036--71622069	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
71623175--71623269	29	3.3	28	85	1	118	30	29	14	25	1.95
71625385--71625594	79	2.7	80	79	4	230	24	26	21	27	1.99
71625389--71625594	40	5.2	40	81	4	211	24	27	21	26	1.99
71633396--71633607	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
71633396--71633607	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
71637474--71637758	139	2.1	136	90	7	452	22	9	29	38	1.85
71638242--71638361	29	4.2	29	89	4	154	32	15	28	23	1.95
71638242--71638361	56	2.1	58	84	3	154	32	15	28	23	1.95
71645888--71646019	29	4.6	29	85	0	147	29	15	31	24	1.95
71649466--71649648	79	2.3	81	81	7	205	26	27	21	24	2.00
71649464--71649648	40	4.7	40	80	7	207	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71657363--71657809	49	9.1	49	94	0	770	32	9	28	29	1.88
71657883--71657964	37	2.2	36	93	4	137	20	21	34	23	1.97
71659796--71659879	40	2.1	40	100	0	168	25	20	28	26	1.99
71659858--71659901	22	2.0	22	95	0	79	18	18	29	34	1.94
71659818--71659941	62	2.0	62	95	0	221	21	19	29	29	1.98
71659880--71660002	40	3.1	40	95	0	210	22	21	30	26	1.99
71659789--71659981	102	1.9	102	95	0	350	24	19	28	27	1.98
71660747--71660857	40	2.8	40	84	1	141	24	23	27	24	2.00
71660747--71660885	40	3.5	39	78	8	136	25	24	25	23	2.00
71663575--71663924	49	7.1	49	96	0	610	32	9	28	29	1.88
71663998--71664116	37	3.2	37	93	2	204	21	22	32	22	1.98
71666616--71666649	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
71667764--71667853	29	3.1	29	91	1	146	28	32	14	24	1.94
71670240--71670533	47	6.3	47	70	14	160	24	29	19	26	1.98
71670277--71670540	47	5.7	45	72	15	182	25	30	19	25	1.98
71670230--71670533	94	3.2	93	77	8	303	24	29	19	26	1.98
71674019--71674049	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
71683311--71683395	27	3.3	27	63	21	74	35	7	27	30	1.83
71683285--71683633	49	7.1	49	97	0	635	33	9	27	29	1.88
71683702--71683788	37	2.3	36	90	5	129	21	18	33	26	1.96
71695202--71695305	50	2.1	50	100	0	208	46	18	11	24	1.82
71706112--71706214	40	2.4	40	80	9	116	23	13	28	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71706201--71706268	28	2.4	28	82	0	91	29	10	27	32	1.90
71710294--71710510	46	4.7	46	74	9	154	25	27	17	29	1.97
71714832--71715097	27	10.0	26	81	6	241	42	20	15	21	1.88
71714832--71715097	54	5.0	54	81	4	272	42	20	15	21	1.88
71714824--71715096	81	3.4	79	81	5	307	43	20	15	21	1.88
71720999--71721042	21	2.1	21	100	0	88	25	43	9	22	1.82
71729256--71729404	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71729297--71729404	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71733277--71733305	14	2.1	14	100	0	58	24	20	27	27	1.99
71733703--71733740	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
71735369--71735437	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
71741714--71741751	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
71746987--71747011	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
71749388--71749424	15	2.4	16	90	9	67	43	8	5	43	1.57
71749786--71749824	20	1.9	21	89	5	62	23	2	0	74	0.94
71750986--71751040	19	2.8	20	83	2	67	34	29	14	21	1.93
71751331--71751396	26	2.5	27	82	4	73	31	13	22	31	1.93
71754464--71754566	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
71762491--71762593	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
71769284--71769802	70	7.2	70	91	6	840	32	15	19	31	1.94
71769408--71769780	77	5.0	77	92	4	603	31	15	19	32	1.93
71769284--71769802	147	3.6	140	91	5	840	32	15	19	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71769284--71769802	217	2.4	217	99	0	1011	32	15	19	31	1.94
71769284--71769903	147	4.3	142	84	11	644	31	16	20	31	1.95
71769853--71770007	54	3.0	52	81	11	194	29	16	18	34	1.93
71770714--71770819	35	3.0	35	95	0	194	16	49	12	22	1.78
71771221--71771295	33	2.3	33	86	6	100	64	18	5	12	1.46
71772101--71772157	2	30.0	2	79	10	57	40	0	7	52	1.28
71772319--71772355	2	18.5	2	88	0	56	45	2	2	48	1.30
71773423--71773765	44	7.6	44	68	14	169	28	22	20	28	1.98
71773758--71773782	12	2.1	12	100	0	50	32	0	36	32	1.58
71773785--71774069	44	6.1	44	71	13	214	28	21	19	30	1.98
71773924--71774070	51	3.0	51	76	13	191	29	22	20	27	1.98
71773770--71774070	95	3.2	95	79	13	341	28	20	20	30	1.98
71775294--71775389	47	2.0	48	97	2	185	27	12	2	58	1.46
71775371--71775433	27	2.2	28	81	13	76	33	3	3	60	1.28
71775383--71775439	25	2.2	26	81	12	64	36	3	5	54	1.40
71775463--71775521	26	2.3	26	82	2	66	23	5	5	66	1.32
71775579--71775676	52	1.9	49	81	6	115	29	7	7	56	1.53
71775821--71775942	49	2.5	49	78	4	122	29	5	2	62	1.31
71777387--71777493	53	2.0	53	96	0	196	36	8	12	42	1.72
71778011--71778039	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
71778354--71778390	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
71781771--71781802	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71788183--71788223	12	3.4	12	100	0	82	0	21	51	26	1.48
71788415--71788459	18	2.6	18	86	10	58	20	28	35	15	1.93
71790273--71790433	37	4.3	37	94	2	279	25	31	20	22	1.98
71790502--71790752	49	5.1	49	95	0	430	28	27	10	33	1.90
71794529--71794557	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
71796007--71796074	31	2.2	30	84	5	82	27	20	10	41	1.85
71796027--71796094	31	2.2	31	86	0	91	32	16	8	42	1.79
71802933--71803051	59	2.0	59	90	1	186	52	10	15	21	1.71
71803913--71803950	4	9.5	4	88	0	58	23	5	0	71	1.07
71804110--71804139	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770