genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  154  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45402655--45403360	44	16.3	43	70	11	345	28	23	19	28	1.98
45402660--45403058	86	4.6	86	79	6	448	28	24	19	28	1.98
45402726--45403100	174	2.2	174	91	1	592	28	25	17	27	1.98
45402655--45403366	130	5.5	130	82	3	806	28	23	19	28	1.98
45410429--45410936	3	169.0	3	70	16	200	58	1	8	31	1.40
45410410--45410460	25	2.2	22	86	10	66	72	3	3	19	1.16
45410408--45410539	30	4.2	29	72	21	81	65	2	4	27	1.23
45415082--45415195	40	2.8	40	87	0	174	51	1	22	23	1.57
45416123--45416163	21	2.0	20	90	4	64	75	2	4	17	1.08
45417457--45417554	49	2.0	49	100	0	196	30	6	8	55	1.54
45417451--45417534	27	3.3	27	64	21	72	26	7	9	57	1.56
45425966--45426003	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
45426637--45426772	24	5.7	24	92	0	218	39	29	13	17	1.88
45430470--45430574	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
45432513--45432617	38	2.8	38	81	5	115	30	19	23	26	1.98
45432645--45432840	40	4.9	40	97	0	365	19	25	31	23	1.98
45434637--45434794	40	3.9	40	88	2	210	26	27	21	24	1.99
45434597--45434784	80	2.3	80	82	1	216	25	27	21	25	1.99
45442643--45442823	40	4.5	40	83	0	173	24	26	22	26	2.00
45447622--45447660	20	2.0	20	89	0	60	48	5	5	41	1.47
45448612--45448880	42	6.4	42	84	6	294	23	16	28	31	1.96
45448605--45448880	126	2.2	126	83	5	335	23	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45450540--45450624	24	3.6	23	85	6	107	32	23	17	25	1.97
45453917--45453953	19	1.9	19	100	0	74	27	21	18	32	1.97
45459982--45460053	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
45459981--45460082	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
45461372--45461420	26	2.0	24	84	8	62	8	16	0	75	1.03
45461874--45462049	46	3.8	45	75	10	167	21	19	29	29	1.98
45461871--45462041	93	1.8	93	88	0	261	21	19	29	28	1.98
45466061--45466126	33	2.0	33	100	0	132	39	15	3	42	1.62
45467068--45467103	15	2.4	15	95	0	63	22	5	25	47	1.73
45470920--45470985	29	2.2	30	78	10	73	42	1	24	31	1.64
45480570--45480720	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
45480607--45480736	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
45488174--45488343	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
45501675--45501701	12	2.2	12	100	0	54	40	14	25	18	1.89
45506123--45506185	3	21.0	3	93	6	110	66	0	0	33	0.92
45506642--45506691	21	2.4	22	83	10	68	58	0	42	0	0.98
45509387--45509432	2	22.5	2	91	4	74	45	0	4	50	1.21
45509553--45509603	25	2.0	26	88	11	79	39	0	3	56	1.18
45510035--45510076	18	2.3	18	88	8	59	33	7	0	59	1.25
45510035--45510076	9	4.7	9	80	11	50	33	7	0	59	1.25
45513289--45513338	26	1.9	26	91	0	82	52	16	14	18	1.76
45517380--45517458	38	2.1	38	97	0	149	34	13	13	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45520345--45520841	265	1.9	269	82	5	632	43	11	12	32	1.79
45522268--45522339	23	3.2	23	92	2	110	31	54	5	8	1.54
45522691--45522731	9	4.6	9	82	17	50	78	0	0	21	0.76
45522698--45522731	16	2.1	16	100	0	68	79	0	0	20	0.73
45522828--45522872	22	2.0	23	91	4	74	0	48	0	51	1.00
45523644--45523689	22	2.1	22	88	8	67	36	0	2	60	1.09
45525377--45525416	8	5.0	8	88	11	64	12	50	22	15	1.77
45525368--45525416	24	2.0	25	92	4	82	12	46	22	18	1.82
45526978--45527009	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
45526978--45527008	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
45531405--45531436	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
45531405--45531435	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
45532324--45532356	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
45532502--45532538	19	2.0	18	89	5	56	0	54	0	45	1.00
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45539657--45539824	47	3.6	47	83	3	142	30	27	14	26	1.95
45539847--45539993	31	4.7	31	88	3	206	25	27	19	27	1.98
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45549959--45550132	14	11.5	15	77	16	173	18	8	18	54	1.69
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45551207--45551671	78	5.5	81	74	13	255	36	20	15	27	1.93
45551207--45551670	83	5.5	81	74	12	253	36	20	15	27	1.93
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45551370--45551616	92	2.7	91	85	3	325	38	20	16	25	1.93
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45551747--45552206	147	3.0	148	78	11	507	32	20	16	30	1.95
45551768--45551899	71	1.9	71	93	0	228	30	21	16	31	1.96
45551904--45551932	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
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45551912--45552221	74	4.2	73	88	4	437	33	19	16	29	1.94
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45552711--45552933	76	3.0	76	78	10	269	31	21	17	30	1.96
45552711--45552952	73	3.3	73	80	8	271	34	19	16	28	1.94
45552839--45553197	127	2.8	126	83	5	433	35	20	15	28	1.93
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45554217--45554562	127	2.7	127	85	4	461	34	21	15	28	1.94
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45554716--45554746	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45554649--45554911	90	2.9	89	90	3	422	36	19	16	27	1.94
45554801--45554835	14	2.5	14	90	0	52	60	5	14	20	1.54
45554815--45555129	73	4.3	72	82	4	362	34	20	16	28	1.94
45554815--45555129	146	2.1	146	85	4	427	34	20	16	28	1.94
45551837--45555581	727	5.1	722	87	8	3827	34	21	16	28	1.95
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45555490--45555720	73	3.2	72	82	6	293	33	19	17	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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