genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  214  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63904508--63904815	133	2.3	134	84	3	381	29	9	21	39	1.85
63906614--63906799	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
63914638--63914770	40	3.3	40	85	5	135	25	27	22	24	2.00
63914667--63914818	40	3.8	39	86	6	173	26	25	20	27	1.99
63916368--63916499	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
63921171--63921258	6	14.3	6	73	13	63	48	14	17	19	1.81
63921171--63921281	31	3.5	31	88	1	159	51	13	16	18	1.76
63921717--63921910	27	7.2	27	83	5	164	26	19	19	34	1.96
63921690--63921849	54	3.0	53	87	2	212	26	23	17	33	1.96
63921838--63921956	54	2.2	54	83	3	141	26	10	24	39	1.87
63921838--63921966	27	4.8	27	81	3	125	26	10	23	40	1.86
63921868--63922321	54	8.4	54	76	3	225	32	8	20	37	1.83
63921903--63922209	81	3.8	81	73	6	237	34	7	19	38	1.81
63921959--63922076	27	4.4	27	84	0	146	40	7	18	33	1.79
63922086--63922342	27	9.6	27	81	7	247	29	8	21	39	1.84
63923950--63924010	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
63926476--63926570	24	4.2	23	77	17	92	13	16	20	49	1.79
63931056--63931181	47	2.7	47	81	2	137	32	26	16	24	1.96
63932965--63933041	22	3.5	22	72	10	59	12	28	24	33	1.93
63933176--63933228	27	2.0	27	85	7	72	18	26	24	30	1.98
63942475--63942637	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
63942475--63942668	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63950401--63950583	39	4.6	39	86	0	240	25	21	30	22	1.99
63953637--63953860	40	5.7	40	87	5	280	25	26	21	26	1.99
63961609--63961833	40	5.7	40	88	3	296	25	26	21	26	2.00
63965784--63965846	26	2.3	27	81	8	74	34	26	11	26	1.90
63968221--63968377	43	3.6	44	72	16	130	23	17	28	31	1.97
63979106--63979144	17	2.3	17	100	0	78	38	33	0	28	1.57
63981648--63981791	39	3.7	39	89	0	225	27	21	29	22	1.99
63981649--63981819	78	2.2	79	89	1	254	25	22	28	23	1.99
63984610--63984700	37	2.4	37	94	1	155	25	31	18	24	1.97
63984740--63984843	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
63984835--63985072	96	2.5	96	95	0	422	28	27	9	34	1.88
63984835--63985070	47	4.9	47	92	5	375	27	27	9	34	1.88
63985045--63985100	28	2.0	28	100	0	112	28	21	17	32	1.96
63984998--63985149	77	2.0	76	93	2	261	28	25	12	33	1.92
63984949--63985200	124	2.0	125	93	3	434	29	25	11	34	1.90
63985073--63985247	49	3.5	49	94	3	305	30	25	10	33	1.90
63985073--63985258	100	1.9	100	90	1	302	30	26	10	32	1.89
63988283--63988315	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
63989827--63989899	15	4.9	15	78	9	78	57	8	13	20	1.62
63994259--63994418	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
64002303--64002433	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
64004701--64004748	19	2.5	19	89	0	69	35	25	31	8	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64010830--64010866	8	4.6	8	100	0	74	21	27	40	10	1.86
64011100--64011241	67	2.1	67	81	5	158	16	27	23	32	1.96
64023967--64024134	6	27.3	6	68	15	67	48	14	16	21	1.81
64024000--64024134	31	4.4	31	88	0	198	47	15	17	20	1.83
64024067--64024124	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
64026010--64026183	93	1.9	93	88	0	267	27	28	21	22	1.99
64026002--64026171	46	3.7	46	77	7	182	28	28	20	21	1.98
64027466--64027837	27	13.8	27	91	0	519	39	7	22	30	1.82
64028003--64028048	18	2.6	18	82	3	58	15	36	26	21	1.93
64031007--64031109	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
64038921--64039018	29	3.6	29	86	9	134	24	32	16	26	1.96
64045814--64046146	27	12.3	27	75	6	187	40	20	9	29	1.83
64045814--64046146	54	6.2	54	78	6	264	40	20	9	29	1.83
64045814--64046099	81	3.5	81	82	2	344	39	20	9	30	1.84
64046172--64046357	27	6.9	27	88	0	257	34	19	20	24	1.96
64046784--64046848	22	3.0	22	73	8	69	20	23	21	35	1.96
64047030--64047108	27	2.9	27	83	3	79	21	22	21	34	1.97
64047245--64047333	6	14.3	6	71	19	67	19	17	14	48	1.81
64047245--64047349	31	3.4	31	81	5	115	19	17	14	49	1.79
64048117--64048152	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
64051530--64051563	17	2.0	17	88	0	50	23	14	5	55	1.61
64052649--64052689	18	2.4	17	87	4	55	43	2	2	51	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64052925--64052983	30	2.0	30	83	3	75	49	8	13	28	1.71
64056599--64056708	48	2.3	46	83	6	132	28	21	14	35	1.93
64056599--64056718	46	2.6	47	82	5	136	26	22	14	36	1.92
64060663--64060709	16	2.9	16	87	0	67	34	27	2	36	1.69
64061620--64061742	48	2.6	48	82	0	156	25	22	26	26	2.00
64073682--64073786	43	2.4	43	84	3	131	27	27	17	27	1.97
64074763--64074802	21	1.9	21	85	10	55	52	12	27	7	1.66
64075833--64075861	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
64079643--64079672	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
64082381--64082409	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
64084718--64084846	48	2.7	48	80	1	143	30	23	20	26	1.98
64087378--64087441	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
64094860--64095048	41	5.1	41	58	29	102	33	17	28	20	1.95
64094828--64095062	71	3.3	71	100	0	470	35	17	28	19	1.94
64102032--64102149	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64102000--64102163	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64105843--64105868	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
64106575--64106719	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
64109043--64109077	18	2.1	17	89	10	54	28	14	0	57	1.38
64109871--64110002	29	4.5	29	95	1	228	24	22	14	38	1.91
64109871--64110002	59	2.3	59	94	1	230	24	22	14	38	1.91
64111342--64111377	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64117603--64117734	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
64117603--64117734	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
64118212--64118236	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64119083--64119118	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
64124140--64124269	27	4.8	27	89	0	188	29	23	8	38	1.84
64124115--64124243	54	2.4	54	85	0	168	31	24	8	35	1.86
64124251--64124303	27	2.0	27	88	0	79	41	16	7	33	1.77
64124127--64124311	81	2.3	81	77	1	201	34	22	8	35	1.84
64124289--64124578	27	10.7	27	87	3	173	37	21	14	26	1.92
64124326--64124676	81	4.3	81	83	7	358	34	19	17	27	1.95
64124434--64124675	27	9.0	27	91	0	378	33	19	21	25	1.97
64143864--64144034	93	1.8	93	97	0	324	28	29	21	21	1.98
64143859--64144031	46	3.7	46	80	13	228	29	28	20	21	1.98
64144453--64144508	29	1.9	29	88	0	85	30	23	8	37	1.85
64148145--64148214	37	1.9	35	82	5	86	7	35	1	55	1.36
64148989--64149019	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
64149436--64149547	27	4.2	26	80	7	107	16	23	22	37	1.94
64149436--64149547	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
64151979--64152203	47	4.8	48	79	15	231	25	30	16	27	1.97
64151983--64152203	94	2.4	93	86	3	300	25	30	16	27	1.97
64155506--64155552	16	3.0	15	81	9	58	44	2	0	53	1.12
64155504--64155553	22	2.3	23	83	16	72	46	2	0	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64165473--64165652	25	7.2	25	87	0	252	27	13	11	47	1.77
64166489--64166843	45	8.0	45	91	2	531	24	21	26	27	1.99
64167726--64167841	55	2.1	55	80	0	133	14	31	27	26	1.95
64181966--64182112	40	3.7	40	86	3	208	25	25	25	23	2.00
64191044--64191240	55	3.7	53	77	9	195	36	17	25	20	1.94
64191366--64191410	23	1.9	24	90	4	74	42	8	24	24	1.83
64191489--64191520	16	2.0	16	93	0	55	40	0	21	37	1.54
64195390--64195430	13	2.9	15	86	10	52	63	17	2	17	1.42
64210897--64211014	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64210865--64211028	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770