genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.616.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  616  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192884022--192884095	27	2.7	27	91	0	121	32	14	17	35	1.91
192888267--192888463	107	1.8	109	86	4	292	22	26	16	34	1.95
192890003--192890169	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
192890019--192890169	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
192898005--192898170	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
192898021--192898170	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
192902337--192902557	40	5.6	40	88	2	313	27	24	27	21	1.99
192904749--192904774	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
192912077--192912282	40	5.2	40	94	0	333	27	27	21	23	1.99
192913803--192913828	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
192914570--192915816	467	2.7	467	96	0	2329	35	11	11	41	1.77
192916819--192916857	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
192917362--192917425	28	2.3	28	94	0	110	32	28	7	31	1.85
192917531--192917621	28	3.2	28	92	1	146	19	27	21	30	1.98
192918075--192918115	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
192921548--192921586	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
192922022--192922112	28	3.2	28	90	4	139	32	23	23	20	1.98
192922220--192922280	28	2.2	28	93	0	104	31	8	27	32	1.86
192923347--192923379	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
192930690--192930759	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
192936696--192936798	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
192944706--192944808	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192949209--192949338	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
192950740--192950889	48	3.1	48	90	0	228	30	26	16	26	1.97
192950851--192950953	37	2.8	37	85	5	120	28	28	16	27	1.97
192954983--192955245	47	5.6	46	71	15	166	28	19	27	25	1.98
192954983--192955240	140	1.8	139	80	11	312	28	18	27	25	1.98
192958936--192958984	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
192959806--192959972	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
192966935--192966983	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
192967803--192967969	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
192971681--192971793	40	2.8	40	79	9	115	23	25	24	26	2.00
192972450--192972716	40	6.7	40	92	1	421	24	29	21	24	1.99
192975259--192975365	47	2.3	47	88	3	153	26	28	9	36	1.87
192975343--192975506	46	3.6	46	93	0	256	29	28	7	34	1.85
192983419--192983477	26	2.3	25	80	13	66	37	25	10	27	1.88
192983538--192983621	28	3.0	28	87	0	114	21	22	19	36	1.95
192990160--192990327	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
192997600--192997809	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
193006519--193006556	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
193008185--193008253	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
193014527--193014564	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
193016190--193016257	27	2.5	28	90	7	113	44	26	10	19	1.82
193018012--193018117	6	17.3	6	73	11	72	48	13	16	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193018236--193018295	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
193018558--193018828	27	10.0	27	88	0	344	40	6	22	30	1.79
193025488--193025523	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
193028426--193028526	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
193029911--193030013	29	3.5	29	91	2	152	33	13	26	26	1.93
193036236--193036271	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
193037539--193037671	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
193037569--193037671	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
193043666--193043814	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
193043707--193043814	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
193047603--193047770	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
193054986--193055152	40	4.2	40	80	3	187	25	27	21	25	1.99
193054986--193055151	79	2.1	79	84	2	208	25	27	21	25	1.99
193063713--193063881	46	3.7	46	75	12	166	31	27	17	23	1.97
193063718--193063887	92	1.8	93	91	1	279	30	28	18	22	1.97
193063763--193063903	46	3.1	45	70	20	114	29	28	18	23	1.98
193071272--193071438	47	3.6	45	79	13	196	28	28	20	21	1.98
193071268--193071442	46	3.8	48	78	14	179	29	28	21	21	1.99
193071273--193071442	92	1.8	93	93	1	297	28	28	21	21	1.98
193071861--193071920	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
193077069--193077117	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
193077938--193078104	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193080486--193080675	40	4.7	40	85	3	247	25	22	25	26	2.00
193080486--193080674	80	2.3	81	89	2	274	25	22	24	26	2.00
193080490--193080698	80	2.6	79	84	8	237	25	22	25	26	2.00
193083664--193084024	43	8.4	43	96	0	659	30	33	25	10	1.90
193084017--193084162	38	3.8	38	87	0	193	29	26	22	21	1.99
193087014--193087190	54	3.3	54	85	6	234	42	17	12	26	1.85
193087008--193087190	81	2.2	81	84	6	253	42	16	14	26	1.86
193087014--193087190	27	6.6	26	80	7	176	42	17	12	26	1.85
193089821--193089845	7	3.6	7	100	0	50	32	0	68	0	0.90
193092627--193092810	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
193094970--193095183	46	4.6	46	76	11	148	29	19	27	23	1.98
193095010--193095230	47	4.7	49	80	8	219	28	19	28	23	1.98
193094965--193095210	93	2.6	93	79	8	243	30	18	27	23	1.98
193098328--193098383	27	2.1	27	86	0	76	32	16	19	32	1.94
193098368--193098435	27	2.5	27	85	7	93	38	23	8	29	1.85
193098401--193098698	27	11.1	27	81	0	328	40	18	8	31	1.81
193098561--193098730	81	2.1	81	81	2	189	41	18	10	30	1.83
193098944--193099023	41	2.0	41	94	0	142	22	22	30	25	1.99
193100957--193101164	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
193100957--193101163	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
193108988--193109195	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
193108988--193109194	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193117768--193117868	29	3.6	28	78	5	105	28	33	16	20	1.95
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193124097--193124274	80	2.2	80	82	3	207	24	27	21	25	2.00
193131453--193131715	47	5.6	47	82	5	268	22	29	19	28	1.98
193131452--193131750	94	3.2	93	71	14	231	22	28	19	30	1.98
193132913--193132942	11	2.6	11	94	5	51	80	3	6	10	1.01
193135192--193135376	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
193135191--193135397	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
193135190--193135397	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
193143177--193143360	40	4.6	40	83	5	192	27	22	26	23	2.00
193143210--193143364	82	1.9	82	86	5	224	27	22	26	23	2.00
193143254--193143381	40	3.2	39	86	4	166	23	23	28	25	2.00
193147092--193147198	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
193152163--193152317	28	5.5	28	77	3	166	29	35	19	16	1.93
193152133--193152319	57	3.2	57	94	1	311	28	36	17	17	1.93
193152133--193152289	29	5.4	29	73	4	147	28	36	17	16	1.92
193154296--193154401	28	3.8	28	91	2	151	30	24	10	34	1.89
193158433--193158534	28	3.6	28	91	0	150	28	24	10	36	1.89
193160986--193161156	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
193169090--193169260	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
193174867--193175021	28	5.5	28	77	3	166	29	35	19	16	1.93
193174837--193175023	57	3.2	57	94	1	311	28	36	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193174837--193174993	29	5.4	29	73	4	147	28	36	17	16	1.92
193177000--193177105	28	3.8	28	91	2	151	30	24	10	34	1.89
193180531--193180609	5	14.2	6	77	19	66	48	16	2	32	1.60
193180527--193180572	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
193180527--193180573	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
193180600--193180656	30	1.9	30	89	7	89	66	3	10	19	1.36
193188856--193188949	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
193188856--193188936	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
193191315--193191403	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
193191315--193191383	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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