Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  573  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
178658007--178658188
39
4.6
40
87
0
154
23
22
31
23
1.99
178666489--178666638
77
1.9
78
93
1
257
24
20
31
24
1.98
178666488--178666638
38
3.9
39
91
3
234
23
20
31
23
1.98
178674258--178674315
30
2.0
30
96
3
109
25
17
25
31
1.97
178678405--178678626
27
8.2
27
80
5
198
38
21
9
30
1.85
178678405--178678637
81
2.9
81
78
7
224
38
21
9
30
1.85
178678622--178678735
27
4.2
27
78
0
120
35
14
20
28
1.92
178678629--178678732
54
1.9
54
88
1
156
35
15
22
26
1.94
178679250--178679308
25
2.5
22
73
23
66
20
25
20
33
1.97
178679411--178679483
27
2.7
26
77
6
74
20
24
17
36
1.94
178679599--178679684
25
3.4
25
88
0
127
23
20
13
41
1.88
178679643--178679681
19
2.1
18
90
4
60
28
15
15
41
1.87
178679615--178679684
6
11.3
6
76
11
52
24
20
14
41
1.89
178682260--178682465
40
5.2
40
88
4
285
27
28
20
23
1.99
178682260--178682469
78
2.7
78
88
4
305
27
28
20
23
1.99
178690437--178690642
40
5.2
40
88
4
285
27
29
20
22
1.99
178692974--178693138
40
4.1
40
84
3
206
22
23
27
27
1.99
178692974--178693141
80
2.1
80
86
3
232
23
22
26
27
1.99
178696725--178696769
11
3.9
11
80
11
54
35
0
2
62
1.08
178698940--178699423
46
10.7
46
89
4
709
37
15
24
22
1.93
178702355--178702399
11
3.9
11
80
11
54
35
0
2
62
1.08
178704517--178704638
38
3.0
39
84
15
174
34
17
24
23
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
178704556--178704646
46
2.0
45
95
2
164
37
15
23
24
1.93
178704617--178704662
24
1.9
24
100
0
92
39
21
17
21
1.93
178704664--178704926
46
5.7
46
92
0
420
37
14
24
23
1.92
178704533--178704746
108
2.0
108
99
0
419
35
17
23
23
1.96
178704544--178704926
92
3.9
105
90
6
415
36
15
24
23
1.94
178704518--178704790
154
1.8
146
92
6
456
34
16
24
23
1.95
178704518--178704926
138
2.8
143
85
10
423
36
15
24
23
1.94
178705620--178705756
35
3.9
35
96
0
247
16
48
12
21
1.79
178706162--178706225
33
1.9
34
87
3
94
59
20
6
14
1.56
178706198--178706233
14
2.5
15
95
4
65
63
11
5
19
1.46
178706160--178706235
32
2.4
30
81
12
89
63
17
6
13
1.50
178706491--178706539
11
4.5
11
82
12
57
0
55
0
44
0.99
178707054--178707185
2
69.0
2
69
16
57
38
4
6
50
1.47
178707057--178707108
22
2.3
23
90
6
88
38
0
7
53
1.30
178707274--178707308
2
17.5
2
87
0
52
45
2
2
48
1.32
178719312--178719897
70
8.2
70
92
5
976
32
16
20
31
1.94
178719312--178719897
217
2.7
217
96
2
1062
32
16
20
31
1.94
178719312--178719897
287
2.0
282
93
5
989
32
16
20
31
1.94
178720699--178720804
35
3.0
35
95
0
194
16
49
12
22
1.78
178721206--178721271
15
4.6
14
72
20
64
63
16
6
13
1.48
178721206--178721270
14
4.5
14
81
16
71
63
16
6
13
1.50
178721201--178721284
29
2.9
29
85
7
116
66
16
5
10
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
178721400--178721446
16
3.4
14
83
13
53
85
2
0
12
0.70
178722090--178722142
23
2.3
23
96
0
97
39
0
7
52
1.30
178722087--178722142
2
29.0
2
82
7
62
41
0
7
51
1.29
178723624--178723731
26
4.2
26
96
0
198
31
6
25
36
1.82
178725324--178725464
27
5.2
27
74
13
121
21
24
20
33
1.97
178725328--178725464
54
2.5
54
87
4
188
21
24
19
33
1.97
178731506--178731612
26
4.2
26
96
1
198
30
6
26
36
1.82
178732781--178732810
8
3.8
8
90
0
51
43
26
26
3
1.70
178733198--178733337
27
5.2
27
84
10
189
17
25
23
33
1.96
178733195--178733337
54
2.7
53
94
3
243
17
25
23
33
1.96
178733195--178733355
54
3.0
53
88
8
229
18
25
22
33
1.97
178734262--178734340
39
2.1
38
88
7
115
20
27
24
27
1.99
178740573--178740739
79
2.1
80
84
3
212
25
21
27
25
1.99
178740573--178740739
40
4.2
40
81
7
196
25
21
27
25
1.99
178742215--178742290
39
1.9
39
81
2
89
23
19
19
36
1.95
178744150--178744176
13
2.1
13
100
0
54
33
7
29
29
1.85
178746856--178746911
23
2.4
23
96
0
103
44
8
5
41
1.58
178751012--178751131
40
3.0
40
81
7
154
27
25
20
25
1.99
178751960--178751987
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
178755497--178755530
11
2.8
12
86
13
52
0
23
0
76
0.79
178755596--178755629
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
178755634--178755679
3
15.7
3
78
13
51
58
2
0
39
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
178755634--178755680
13
3.7
13
82
2
60
57
2
0
40
1.11
178755805--178755888
3
29.0
3
81
11
104
61
1
0
36
1.04
178756145--178756224
12
6.6
12
72
16
67
57
2
2
37
1.26
178761705--178762064
94
3.9
93
76
10
324
27
19
30
22
1.98
178761702--178762064
47
7.8
46
73
13
226
27
19
30
22
1.98
178764112--178764271
29
5.5
30
88
8
213
26
25
14
33
1.94
178764112--178764271
59
2.8
57
88
4
214
26
25
14
33
1.94
178772070--178772229
29
5.5
30
88
8
213
26
25
14
33
1.94
178772070--178772229
59
2.8
57
88
4
214
26
25
14
33
1.94
178776831--178776883
21
2.5
21
78
9
54
39
11
1
47
1.50
178781468--178781597
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
178781484--178781635
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
178781484--178781633
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
178789503--178789634
68
1.9
68
86
3
185
18
28
26
26
1.98
178789571--178789675
40
2.6
40
83
3
122
21
25
21
30
1.99
178799940--178800024
44
2.0
43
86
6
118
34
25
12
27
1.93
178802227--178802265
20
1.9
21
89
5
62
25
15
33
25
1.95
178811852--178812014
39
4.2
39
93
0
263
23
20
31
24
1.98
178811852--178812043
39
4.9
39
88
1
249
23
20
31
23
1.98
178821785--178821930
61
2.4
61
81
8
156
43
12
3
40
1.59
178829193--178829226
2
16.5
2
87
6
50
44
0
2
52
1.16
178836203--178836236
5
6.8
5
87
12
52
17
0
0
82
0.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
178841224--178841435
109
2.0
102
89
6
316
35
14
14
35
1.86
178843623--178843666
2
22.5
2
90
4
72
52
2
0
45
1.13
178851670--178851699
2
15.0
2
92
0
51
50
0
3
46
1.18
178852258--178852299
22
2.0
22
86
9
61
30
7
4
57
1.47
178861065--178861147
29
2.9
29
94
0
139
27
14
31
26
1.95
178869141--178869223
29
2.9
29
94
0
139
27
14
31
26
1.95
178881923--178882052
40
3.2
40
81
2
163
24
28
23
23
2.00
178881939--178882075
40
3.4
40
80
6
143
22
27
23
27
2.00
178889230--178889399
40
4.2
40
84
3
225
25
24
28
21
1.99
178898347--178898383
16
2.2
18
85
9
51
13
24
21
40
1.89
178900327--178900491
40
4.2
40
76
6
151
27
22
26
24
2.00
178903520--178903551
13
2.3
15
89
10
50
18
31
9
40
1.83
178905217--178905277
30
2.0
30
90
0
95
37
8
24
29
1.84
178913619--178913717
48
2.1
48
96
0
180
26
16
31
26
1.96
178918871--178919056
40
4.7
40
88
5
252
26
26
21
24
1.99
178925541--178925672
29
4.6
29
82
9
137
26
26
15
31
1.96
178934018--178934168
40
3.8
39
78
10
128
22
26
23
27
2.00
178934018--178934167
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
178941996--178942122
40
3.2
39
76
8
130
22
28
24
24
2.00
178946750--178947173
48
8.8
48
79
2
438
26
17
28
27
1.98
178946748--178947173
96
4.4
96
90
0
645
26
17
28
27
1.98
178949118--178949292
45
3.8
46
79
13
207
29
30
20
20
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
178949125--178949295
93
1.8
92
94
1
306
28
30
21
20
1.98
178956668--178956839
93
1.8
93
92
2
292
28
29
20
20
1.98
178956661--178956836
46
3.8
46
78
14
191
29
29
20
20
1.98
178956669--178956855
46
4.0
44
73
16
130
28
29
20
21
1.98
178965241--178965408
40
4.2
40
79
6
162
23
26
22
27
2.00
178965257--178965406
80
1.9
80
83
8
198
22
26
23
27
2.00
178973373--178973484
40
2.8
40
81
8
129
23
23
29
24
1.99
178983764--178983936
46
3.8
45
76
13
181
22
20
28
28
1.98
178983759--178983929
93
1.8
93
89
0
270
22
21
28
28
1.99
178991309--178991479
46
3.7
46
73
16
163
22
19
27
30
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770